刘牢之招来刘裕，说：“我想北去广陵，举兵以讨桓玄，你能跟随我吗？”
刘裕拒绝。“将军以劲卒数万，望风降服。桓玄新得大胜，威震天下，朝野人情均已去矣，您又怎能到得了广陵呢？至于我吗，现在只能还于京口。”
刘牢之外甥何无忌尾随刘裕走出营帐，问：“我怎么办？”
刘裕说：“镇北将军（指刘牢之）必不免于祸，卿可随我还京口。桓玄若守臣节，当与卿事之，不然，当与卿共图之！”
刘牢之不死心，大集僚佐，商议要踞江北以讨桓玄。
众人默然久之。参军刘袭站起，大声道：“事之不可为者莫过于反。将军您往日反王兖州（指王恭），近日反司马郎君（指司马元显），今复反桓公（桓玄），一人三反，何以自立！”言毕，刘袭拂袖而去。刘牢之身边佐吏多散走。
刘牢之见大势已去，又悔又惧，忙派儿子刘敬宣去京口迎取家眷。过了几天，见刘敬宣失期不至，刘牢之以为事泄，一家人可能全为桓玄诛杀，便慌忙带领几个家丁往北逃。行至新洲，老英雄徬徨无计，悔得肠子都青，夜间自缢于林中。刘敬宣慌忙来奔时，见老父已自挂东南枝，来不及哭丧，乘黑渡江逃往广陵。
听闻刘牢之自缢，其故僚旧吏念昔日情谊，选取上好棺木，殡葬老上司，归葬丹徒。桓玄死人也不放过，命人斩棺出尸，砍掉刘牢之的脑袋，bào尸于市。
对于桓玄来说，真是福无双至今日至（恐怕日后“祸不单行明日行”）。邪教头子孙恩听闻晋朝内乱，又进寇临海，被东晋临海太守辛景打得大败。这次再无好运，晋军追得孙恩上天无路，入地无门，惶急之下，这位邪教头子投海而死。
邪教洗脑真厉害，徒众们又觉得孙恩是入水成仙。随他自杀的徒党jì妾竟有数百人。剩余贼众千余人，复推孙恩妹夫卢循为主，遁逃而去。桓玄高兴之余，又觉卢循是大族出身（其曾祖是晋朝司空从事中郎卢湛），就封卢循为永嘉太守。卢循不理会，很快就又兴兵攻打邻近州郡，桓玄只得令刘裕去征讨，打得卢循连连败北，乘船逃往岭南，驱逐了当地的东晋广州刺史，占领了广州。至此，暂时按下此人不表。
灵宝终为篡逆贼（1）
——桓玄破灭的帝王梦
桓玄，字敬道，又名灵宝，据说其生母马氏半夜见有流星下坠于铜盆中，变成了二寸左右的火珠，就以水瓢接取吞服，过后就怀孕，生下桓玄。因此，桓玄的小名就叫灵宝。晋人爱神异附会，肯定是以讹传讹的故事。但有一点是真实的——桓玄从小就姿貌端妍，聪慧不凡，桓温非常喜欢这个儿子。桓温有六子，临终遗命以桓玄袭其南郡公之爵。
桓温的一年丧期满，昔日的文武属官都齐集于桓温之弟桓冲的府中拜辞。面对满府的僚属，桓冲抚摸着桓玄的头，对这个年方七岁的小孩子说：“这些人都是你家的故吏啊。”桓玄虽小，听此语忆念慈父，顿时泪流满面，使得一府文武都大相叹息。
长成之后，桓玄形貌瑰奇，风神疏朗，琴棋书画，无不关涉，又写得一手好文章。由于东晋朝廷一直疑忌桓家子弟，桓玄二十三岁时始得太子洗马这样的“素官”，根本没有实权。
孝武帝时，桓玄知道当时众议其父桓温晚年有篡夺念头，便上书皇帝指称桓温“投袂乘机，西平巴蜀，北清河洛”，有兴复的大功，不仅如此，桓温还有“废昏立明、翼戴宗庙”的不世之勋，为其父申屈明谤。失意之时，青年桓玄曾登高望远，叹息道：“父为九州伯，子为五湖长。”（当时他作义兴太守的“小官”）
凭借门第贵显以及父亲名望，桓玄在优游中纵横捭阖，文武并用，最终能在东晋的混乱政局中节节而胜，一步步清灭了殷仲堪、杨佺期、刘牢之、司马道子父子，终于掌握了东晋朝廷的最高权力。
桓玄掌权后，“增班剑为六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名”，已大有权臣跋扈的风范。同时，他又对桓氏族人大加封赏：以其兄桓伟为安西将军、荆州刺史，以堂兄桓谦（桓冲之子）为左仆she，加中军将军，领选（掌管朝中用人权），以堂兄桓石生（桓豁之子）为前将军、江州刺史，以堂兄桓修（也是桓冲之子）为右将军、徐兖二州刺史。同时，又委命自己的谋士卞范之为建武将军、丹阳尹，又命自己的姐夫殷仲文为侍中（此人还是殷仲堪堂弟）。
与前代诸权臣一样，大事安排完毕，桓玄出镇姑孰，但朝中大政皆要他点头后才可施行，“小事则决于桓谦、卞范之”。
桓玄初当政，黜jian佞，擢俊贤，百姓欣然，朝臣推戴。没过多久，这位名家子弟的真面目便bào露出来了，“凌侮朝廷，幽摈宰辅，豪奢纵欲，众务繁兴，于是朝野失望，人不安业”。
不久，桓玄相继诛杀了高素、竺谦之、刘袭等昔日的刘牢之手下诸将，遇害之人，皆北府旧将，多是晋廷有功之臣。
异己清除得差不多，桓玄“讽朝廷”封自己为豫章公，食邑七千五百户。接着，他又自导自演，先上诏表示要“北伐姚兴”，又自己派人以朝命“下诏阻之”，bào露出他虚荣好大言的轻佻习性。
在姑孰，桓玄又造数艘轻巧小船，遍载书画古玩奇物。有左右问其原因，桓玄说：“兵荒马乱，倘有意外，这些东西轻而易运。”大家闻之一笑，心里皆开始有轻视桓玄之意。
安帝元兴二年（403）九月，桓玄亲兄桓伟病卒，桓玄想以堂兄桓修代领荆州刺史一职，为其属下所阻，说：“桓谦、桓修兄弟专据内外，权势太重。”于是，桓玄就以堂兄桓石康（桓豁之子）为荆州刺史。
兄长病死，桓玄也加快了篡晋的步伐。其左右亲信卞范之、殷仲文等人都暗劝他早受晋禅，私下已经把九锡文和册命准备妥当了。元兴二年yīn历十月丙子，晋廷以桓玄为相国，总百揆，封十郡，为楚王，加九锡，楚国置丞相以下官。封王、开府、置官、加九锡，这是篡位的第一步。
桓谦私下问来京城述职的彭城内史刘裕：“楚王（桓玄）功高德重，朝廷上下均认为将有禅让之事发生，卿以为如何？”
刘裕马上表示：“楚王，桓宣公（温）之子，勋德盖世，晋室衰微，民望已移，乘运禅代，有何不可！”
桓谦大喜：“卿谓之可，即可耳！”
其实，早在来京之前，刘裕与高参何无忌就想在山yīn起兵讨桓玄，但当地人孔靖劝他：“山yīn离建康道远，举事难成。现在桓玄未篡位，不如待其篡位之后，于京口起兵纣之。”刘裕期待的，就是桓玄篡位事成的那一天。枭雄气度，自是不与凡人相同。
十一月，桓玄又假惺惺“上表请归藩”，同时，他又派人让大傻子安帝“手诏留之”。
桓玄还到处使人散布钱塘临平湖开、江州甘露降这样的“符瑞”，宣示自己登帝位的“吉兆”。和王莽一样，才子出身的桓玄又想在国内废钱用谷帛作jiāo换单位，恢复肉刑，“制作纷纭，志无一定，变更回复”，最终一件事也没办成。