和古今大贪一样，桓玄喜好古人书法、图书、名宅、腴田。只要听说别人有他喜欢的东西，必把对方请到府中，以赌博的方式取为己有。试想，和桓玄赌博，谁敢不输啊！桓玄“尤喜珠玉，未尝离手”，数世贵公子，竟然天天把名贵首饰握在手心，把玩不已。
各项工作准备就绪，公元403年yīn历十一月丁丑，卞范之作“禅诏”，派临川王司马宝bī安帝照猫画虎抄了一遍，禅位于桓玄，“百官诣姑孰劝进”。十二月庚寅，桓玄筑坛于九井山。壬辰，继皇帝位，追尊桓温为宣武皇帝，桓温正妻南康公主为宣武皇后，封其子桓升为豫章王。
灵宝终为篡逆贼（2）
继位之后，当然要改元。桓玄喜欢吉利文字，就改元为“建始”，诏下，右丞王悠之忙进言说“建始”是“八王之乱”中赵王司马伦篡位用过的年号。桓玄马上下令更改，改为“永始”，但这个年号又是当年大jian王莽当权西汉时的不祥年号。冥冥之中，似乎已经预示了桓玄政权崩溃的结局。
接着，桓玄下诏封安帝为平固王，迁于寻阳软禁。此举还算厚道，桓玄对司马宗室及安帝兄弟均未加屠害。
改朝换代已毕，桓玄的仪仗大队从姑孰出发，向建康皇宫进发。当日大风异常，所有的仪仗旗皆被chuī折刮散。桓玄临登御座，大龙椅子忽然散垮，朝臣们皆仓皇错愕。幸亏殷仲文有捷思，忙在一边说：“陛下圣德深厚，地不能载也。”知识分子拍马屁，就是有板有眼，恰到好处。桓玄大悦。
晚上宴请群臣，桓玄内殿中坐帐以huáng金为檐饰，四张雕木金龙，羽盖流苏，极尽奢华。但群臣私下相语：“此帐颇似王莽篡位时所造的‘仙盖’，金龙者，亢龙有悔也，皆不祥之兆！”
桓玄为了宣示他的仁主形象，以皇帝之尊，亲坐殿中面审罪人，罪无轻重，都一律释放，以示其“宽仁”。百姓中不少有当街拦乘舆呼冤叫贫的，桓玄时时散金银与之，行此小惠，以惑人心。同时，他本性苛细，喜欢炫耀自己的学问大，臣下奏事，连笔划之间稍有细误，都会被这位皇帝以御笔朱点而出，“必加纠挞，以示聪明”。由此，天子似吏，其臣下苦不堪言。桓玄凡事都“亲力亲为”，东插一腿，西伸一脚，自任官员，手书条令，最终导致纲纪不治，案牍山积，法令不行。
桓玄好排场，大开建康诸殿大门，重修宽广的驰道，兴造可容三千人坐的大辇，以两百人牵曳（可入吉尼斯大全）。他还爱好出外打猎，令人制作了极其jīng巧的“徘徊舆”，机关众多，转动灵活，近乎现代汽车的古代版。同时，桓玄日夜笙歌，游宴无度，即使在为其兄服丧期间，也“不废音乐”。由于土木频兴，徭役繁重，督迫严促，致使百姓愁苦，纷纷思乱。
说来也怪，桓玄篡位后，东晋各地守将立时起兵的人很少，只有益州刺史毛璩（东晋名将毛宝之孙）拒不受命，传檄周遭，进屯白帝，准备进军讨伐桓玄。
为了拉拢朝臣镇将，桓玄对刘裕分外看重，提拔他为徐兖二州刺史，并在朝会后盛大的酒会上向他亲自敬酒。
桓玄的皇后刘氏有鉴人之明，对老公说：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐终不为人下，不如早除之！”
桓玄不从，表示：“我正要平定中原，只有刘裕这样的人才英武可用。等到关、洛平定，我再想除他的办法。”
刘裕还京口，正所谓放虎归山。他马上与何无忌等人密谋兴复晋室，讨伐桓玄。同时参与密谋的，还有竟陵太守刘迈的弟弟刘毅。主意已定，刘裕遣人入京联系，又招兵买马，以刘穆之为主簿。公元404年chūn，何无忌诈称诏使，率人骗开京口城门，直冲府门，立斩桓修，占领了京口重城。
刘毅之兄刘迈怯懦，在京城接到刘裕等人的密信后，惊吓过度，手持密信向桓玄“自首”。桓玄大惊，立封刘迈为重安候，斩杀与刘裕有联系的王元德、童厚之等人。第二天，桓玄想想不妥，又杀掉了刘迈。刘迈这个侯爷当得冤枉，不过十二个时辰。
眼见天下乱起，桓玄只得硬着头皮加以应付。他以堂兄桓谦为征讨都督，以姐夫殷仲文代领桓修军职，派手下悍将吴甫之、皇甫敷率兵抵挡刘裕。桓谦等人要求马上齐集大军先发制人，桓玄以持重为由，不从。
眼见桓玄眉头紧锁，忧色满面，其左右就劝解：“刘裕乌合之众，势必无成，陛下何必如此忧虑。”
桓玄此时倒有见地：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无余储，樗蒲（一种博戏）一掷百万，何无忌酷似其舅（刘牢之）。此三人共举大事，何谓无成！”
果然桓玄的乌鸦嘴很灵。皇甫敷、吴甫之二将与刘裕苦战江乘（今江苏句容），均被斩首，全军覆没。而此时的刘裕，其实手下总共只有将士不满两千人。
闻听二将死讯，桓玄惊惧。他命桓谦、卞范之等人合军二万，坚守覆舟山（今南京太平门附近）。不进退守，桓玄败象已定。
刘裕军早晨进食一饱，悉弃余粮，以示必死之心。进至覆舟山下，刘裕先派羸弱之兵多带旗帜登山，以为疑兵吓唬敌军。接着，又把军队分成无数小队，数道并进，布满山谷。桓玄得报，以为刘裕“军士四塞，人多无数”。
桓谦所统军士，大多是北府兵旧人，以前大多受过刘裕指挥。进攻开始，刘裕、刘毅身先士卒，手下将士皆死战前冲，无不以一当百，呼声震天动地。桓谦军队一时大溃，许多先前的北府兵也不战而降。
桓玄方面，在派遣桓谦等人出战的同时已经做好逃跑的准备了，让殷仲文在码头城附近预留数艘大舟。接到桓谦败讯，桓玄率兵数千人，带着儿子桓升和侄子桓浚两个小孩，以赴战为名，从南掖门往外逃奔。
途中，桓玄昔日的下属胡藩扣马进谏，劝他率余军与刘裕决战。桓玄以手指天（大意是“天亡我也”），鞭马而走，跑至码头，坐上船就跑。由于逃亡仓猝，众人一天都没进食。
夜间，左右进献粗米饭一碗，桓玄惊惧jiāo加，竟不能下咽。其子桓升才六岁，“抱其胸而抚之”，安慰这位悲伤的“父皇”。桓玄“悲不自胜”。
灵宝终为篡逆贼（3）
刘裕入据建康，焚桓温神主，尽诛桓氏未及逃跑的宗族。
桓玄逃至寻阳，带上废帝晋安帝等人，“迁都”江陵。一月之间，倒也威势复振，有众二万，“楼船器械甚盛”。至此，如果总结失败教训，养兵休整，桓玄还有翻盘的可能。但他却埋怨诸将无能，轻怒妄杀，使属下之人纷纷离怨。
桓玄接连接到败报。桓振（桓玄堂侄）、郭铨、何澹之、郭旭等人数道皆败归。不忿之下，桓玄自率战舰二百艘，以苻宏、羊僧寿为先锋，前往峥嵘洲（今湖北鄂州江上）与刘裕军决战。
当时，桓玄兵多船坚，刘裕兵仅有几千人。但桓玄心怯，大战前即在指挥舰旁停靠了两艘便于逃跑的小船。属众知之，皆无斗志。