因此，海瑞到应天巡抚任上，就拿徐阶开刀。
徐阶一向是支持海瑞的，他甚至是海瑞的救命恩人。海瑞因痛骂皇帝而被捕下狱，刑部参照儿子诅骂父亲的条例，主张处以绞刑，被徐阶压了下来。嘉靖皇帝自己对于杀不杀海瑞也一直都很犹豫。他一会儿承认海瑞说得也有道理，一会儿又觉得不杀了这个目无君父的畜生简直忍无可忍。徐阶便找了个机会悄悄对嘉靖说：像海瑞这样的草野狂夫，根本就不值得为他动怒。他无非明知皇上圣明，故意来找些岔子，以便沽名钓誉。皇上杀了他，反倒成全了他。不如gān脆不加罪，他也捞不着虚名，大家也更会颂扬皇上德被四海。这话虽然不中听，但对海瑞却是小骂大帮忙，非如此不能将其从那bào君的虎口中救出。当时徐阶如果在嘉靖的耳边煽风点火添油加醋，十个海瑞也得粉身碎骨。
海瑞出狱后，徐阶对他信任提拔有加。海瑞这一阶段的青云直上，与徐阶有很大关系。海瑞虽然迂阔，还不至于不识好歹。对于这位于己有救命之恩又有提携之恩的首辅，内心十分地感激。徐阶主政以后，也确实做了不少好事，比如清除了严嵩的党羽，法办坑害人的巫师，减免了四十万两盐税，人民拥护，海瑞也拥护。于是，徐阶在海瑞心中，就成了一个正人君子。当徐阶受到高拱、李芳等人攻击时，海瑞是坚决站在徐阶一边的。此时海瑞对徐阶，可以说是感激、敬重，还有些崇拜。
然而海瑞到应天巡抚任上后，对徐阶的态度就大为改变。因为海瑞一到任，就发现此地最为严重的社会问题，是乡绅豪qiáng大量地占有土地，使耕者无其田，而税收无由出。这些土地，都是土豪劣绅们从农民手里侵夺的，农民当然很想收回。听说连皇帝都不怕的青天大老爷海瑞来了，穷苦无告的农民们便纷纷向海瑞提出控诉，据说仅松江府华亭县（也就是现在的上海），提出控诉的农民就达万人之多。松江府华亭县正是徐阶的故乡，而徐阶也正是侵占民田最多、最为小户农民痛恨的一个大地主。徐阶一家，是个大家族，几代没有分家，因此成员多达数千。他们一家占有的土地，数字也很吓人，有说二十四万亩的，有说四十万亩的。这么多的土地，当然不可能是他的家人诚实劳动所得，只能来自巧取豪夺。更为严重的是，他们兼并土地以后，还仗势拒jiāo赋税。地方官畏于徐阶的官威，不敢认真催收，只好在其他自耕农身上加重盘剥，以完成征收赋税的任务。无法忍受的农民走投无路，又只好把土地抵押甚至奉献给徐家，以换取保护。如此恶性循环，结果是：天怒人怨，民不聊生。
徐阶一家这种损公（国家）又损人（农民）的利己行为，使清廉、正直的海瑞十分震惊，而徐阶的形象，在他心目中也一落千丈。当然，上述不法行为，主要是徐阶的弟弟和子侄们gān的，徐阶也曾有所劝阻，但劝阻并不得力，实际上睁眼闭眼，默许放纵，姑息养jian。海瑞眼里是揉不得沙子的，何况此事与他的原则抵触太大：既不符合他均贫富、一天下的社会理想，又不符合他廉洁奉公、遵纪守法的政治标准，当然不能容忍和姑息。
事情最后的结果是：徐阶的长子、次子和十多个豪奴被判充军，三子被革去官职，数千家奴被遣散十之八九，掠夺的民田至少退还了一半。
对徐家的这一处分究竟是出自何人之手，史家尚有不同说法。有人认为主要是高拱和蔡国熙所为，也有人认为应该归功于海瑞。
海瑞当时内心可能是希望徐阶能主动退田，民田一退，民愤便可平息。那时要帮徐阶一把，也就比较容易说话。可惜徐阶很不自觉，仅仅象征性地退了些许，便想敷衍了事，蒙混过关。海瑞是个认真的人，便去催。徐阶却推诿说这些田地都是儿子的，不好做主。海瑞只好再次去信催促，说最近查阅退田名册，得知阁下的盛德出人意表，可惜退数不多，希望再加清理。过去一些做儿子的，连父亲的错误都可以改正，现在阁老以父亲的身份，来改正儿子的过错，应该无所不可。同时，海瑞又给首辅李chūn芳写信，说徐阶为小人所蒙蔽，产业之多，令人骇异。如今“民风刁险”，徐阶退田如不过半，只怕对他自己不利。可见海瑞还是想维护徐阶的，只是不肯牺牲原则而已。看来，退田一事，主要功在海瑞；而充军罢官的处分，则多半出自高、蔡二人之手，并且是在海瑞罢官之后。
不管海瑞如何用心良苦，力图在不牺牲原则的前提下保全徐阶，他都等于同徐阶翻了脸。官场中人依照他们以人划线的逻辑，都已派定海瑞是背叛了徐阶，变成了高拱同伙。因此这一回，海瑞已把徐阶集团的人得罪了个gān净。
然而高拱集团也不领情。因为海瑞早就得罪了高拱。隆庆元年（公元1567年）时，徐、高二人勾心斗角。高拱的党羽齐康弹劾徐阶，说他的儿子和家人横行乡里为非作歹。这是事实，因此徐阶也就只好请求退休。这时，朝中负责监察的官员都是徐阶的亲信，便群起反攻。
闹得不可开jiāo之际，海瑞说话了。他上了奏疏，说齐康之所以弹劾徐阶，目的是让高拱掌权。海瑞当时声望正隆，如日中天。他的奏疏，当时是对高拱的沉重打击。结果高拱辞职，齐康罢官。高拱东山再起后，当然要报复海瑞。他可不会因海瑞要徐阶退田就放过海瑞的。
海瑞这一回还把张居正也得罪了。张居正原本是徐阶一党。他能够成为阁臣，全因徐阶的引荐。入阁以后，也一直与徐阶站在一边。徐阶退休后，害怕高拱报复，也一直与张居正保持联系，这回当然也要拜托张居正从中斡旋。张居正认为这件事很简单：苏州知府虽然是蔡国熙，可应天巡抚是海瑞呀！徐阶于海瑞有恩，哪有不关照之理？顶多也就再打个招呼就行了。于是张居正给海瑞去了一封信，很滑头地要他兼顾一下“存老之体面，玄翁之美意”。存老就是徐阶。徐阶字存斋，所以称他存老。玄翁就是高拱。高拱字中玄，所以称他玄翁。当时高拱是首辅，张居正是次辅。张居正要帮徐阶，又不想得罪高拱，所以这么说。他没有想到海瑞原则性极qiáng而高拱报复心极重，结果不但徐阶的体面未能保存，自己的面子也扫了地，因此对海瑞极为不满。海瑞罢官后，历次有人保荐海瑞，均因张居正从中作梗，一直没能起复。
张居正不肯让海瑞复职，当然还有一个原因，那就是觉得像海瑞这样什么事情都不肯通融的人，留在官场是个祸害。反正，海瑞现在算是把徐阶、高拱、张居正都得罪了。这三个人，在当时官场中势力极大。得罪了他们三个，也就差不多得罪了整个官场。
海瑞善良、正直、刚毅、果敢，勇于负责，不怕困难，宁折不弯，决不妥协，意志坚定，勇往直前。但正是这些优秀的品格使他四处碰壁，走投无路。
真心拥护海瑞的，大约只有贫苦的农民和百姓吧！但，在海瑞的时代，他们的拥护又顶什么用！
三、无法医治之国
其实，对于海瑞的政绩，许多人都不否认。
海瑞被免去应天巡抚之后，继任人是朱大器。高拱和张居正都给朱大器写了信，也都谈到如何看待海瑞政策的问题。高拱和张居正虽然是政敌，也都主张罢免海瑞，但对海瑞的评价都很高，也相当一致。第一，他们都认为对海瑞不可全盘否定，高拱甚至开宗明义就说：“海君所行，谓其尽善，非也；谓其尽不善，亦非也。”第二，他们都认为海瑞的目的是“除弊”而动机是“为民”，只不过做法不妥。张居正甚至用替海瑞辩解的口气说，“其施为虽若过当，而心则出于为民”，总之动机和出发点是好的。第三，他们都认为海瑞的政策只需调整不可推翻。张居正说得比较客气，说：“霜雪之后，稍加和煦，人即怀chūn，不必尽变其法，以徇人也。”高拱则说得斩钉截铁：“若于其过激不近人情处不加调停，固不可；若并其痛积弊、为民做主处悉去之，则尤不可矣。”这“尤不可”的一个“尤”字，说明高拱对海瑞的肯定要超过否定，甚至宁肯不否定海瑞的不足之处，也不能否定海瑞扫除积弊、为民做主的大方向。