持不同意见的，是高瞻远瞩的政治家李斯和雄才大略的始皇帝嬴政。李斯时任"廷尉"（司法官），属于"九卿"（部长级）。他是楚国上蔡人，曾师从荀子学"帝王之术"。学成之后，敏锐地意识到六国皆不足恃，便弃楚投秦，因投靠吕不韦而成为秦王的座上客，算是客卿。而且，正因为是客卿，还差一点被驱逐。李斯以如此身份，若非深谋远虑，绝不会坚持不同政见，与秦国的同僚们唱对台戏。李斯说，当年周王所封子弟、同姓甚多，原以为可以和衷共济，同心同德，辅佐周室的。然而怎么样呢？他们自己倒先打起来了，而且打得不可开jiāo，结下深仇大恨（相攻击如仇雠），周天子并不能制止。现在天下归于一统，海内皆为郡县，岂能重蹈覆辙？不如以重赏代分封，来犒劳诸子功臣。
对此，秦始皇表示同意。秦始皇说，天下之所以苦于战争，就因为有诸侯（天下共苦战斗不休，以有侯王）。如果现在又恢复诸侯制度，岂非重新制造战争（是树兵也）！于是采纳李斯建议，分天下为三十六郡，以后又增至四十二郡。郡下又设了县，并按照全国统一的制度和标准进行司法和征收赋税。这就是"郡县制"。
秦始皇的这一决策意义深远。从此，"封建制"退出历史，"郡县制"登上舞台。它的特点，是"天下一统，四海一家，中央集权，分级管理"，上面有中央政府，下面有各级政权。这种国家制度，一直延续至今。这就是秦始皇的历史贡献，所以说"百代都行秦政治"。然而，秦始皇虽然斩断了争论，问题却没有真正得到解决，新兴的帝国制度仍然面临严峻的考验。毕竟，新制度的建立不是一蹴而就的事情，旧制度的复辟则往往在所难免。何况西周创立的封建制，也并非当真就一无是处。它也有它的道理。实际上就连一些有头脑的人，也认为秦王朝二世而亡的原因之一，是未能"裂地分民以封功臣之后，建国立君以礼天下"。这话是贾谊说的，而司马迁以为然。《史记。秦始皇本纪》在引述《过秦论》时，就说"善哉乎贾生推言之也"。我们知道，贾谊和司马迁都是汉人。此二人在世时，郡县制几乎已成定论，他们还这么说。不难想象，秦末汉初之际恢复封建制的呼声有多高。事实上，大秦王朝刚刚灭亡，封建制就在项羽手中复辟。项羽定都彭城之后，一口气封了十八个诸侯王（其中就有后来灭了他自己的汉王刘邦），天下从此战斗不休，忧虑重开战端的李斯不幸而言中。西汉初年，刘邦迫于习惯的压力，不得不调和折中，在天子直辖的"畿辅"设郡县，畿辅之外封王侯，这就是郡县与封国并行的"郡国制"。显然，这是新旧两种制度讨价还价和政治妥协的结果。
这种不伦不类的制度给西汉统治集团带来了不小的麻烦，不是异姓王造反，就是同姓王叛乱。柳宗元在他的《封建论》中列举了这些事实：公元前201年，韩王信反，汉高祖前往平叛，被困七天。这就是"困平城"。公元前196年，淮南王英布反，高祖又前往平叛，被流矢所中，一命呜呼。这是"病流矢"。此后，惠帝刘盈、文帝刘恒、景帝刘启，居然"陵迟不救者三代"。朝廷不得不殚jīng竭虑，软硬兼施，又是"削藩"（削减藩国支郡），又是"推恩"（分封藩王子弟），直到汉武帝元封五年（公元前106年），才算解除了帝国的心腹之患。柳宗元认为，这就是封建制的弊病。
相反，中央集权的郡县制却很快就体现出它的优越性。柳宗元说，秦末天下大乱，有叛逆的民众，没有叛逆的官员（有叛人而无叛吏）。汉初天下大乱，有叛逆的封国，没有叛逆的郡县（有叛国而无叛郡）。中唐天下大乱，有叛逆的将领，没有叛逆的州府（有叛将而无叛州）。柳宗元认为，这就是郡县制的好处。因此，封建制不可恢复，郡县制不可废除---"州县之设，固不可革也"（《封建论》）。
始皇和李斯的立论，主要着眼点于当时的政治需要（休兵）；柳宗元的立论，则主要着眼点于政权的巩固和社会的安定。然而郡县制的意义却远不止于此。西汉武帝之后，各封国名存实亡，郡县与封国并存的"郡国制"退出历史舞台，以州领郡、以郡领县的"三级地方制度"开始浮出水面（汉初只有郡县二级，州也有一个由武帝所设之监察区变成行政区的过程，此处不细论）。州有刺史（后为州牧），郡有郡守，县有县令，中央政府直接任命的地方官，完全取代了分封的诸侯。皇帝册封的藩王，不再有独立主权。此后，这一制度一直为历朝历代所采用。粗略地说，唐，是道、府、县三级；宋，是路、府、县三级；元明清，是省、府、县三级（中国古代地方行政建制多变，郡取消，州降格，层次也未必就是三级，此处也不细论）。郡县制，贯穿了帝国的始终。从这个意义上可以说，无郡县制，即无帝国制。
那么，帝国又是一种什么样的制度？
帝国制度是从邦国制度过渡而来的。所谓"邦国"，是指西周封建到chūn秋战国时期所实行的一种特殊的国家制度，是我们民族国家形态的初级阶段。当时，中华大地上遍布着许多大大小小的诸侯国（封国）。它们各自独立，相互jiāo往（通婚、通商、结盟、战争），又共同拥戴其中一个（具体地说就是周），作为名义上的"天下共主"（天子），组成号称"天下"的松散的联邦或邦联。这就是"邦国制度"。它的建立，如前所述，就是"封建"（封土建国）；它的特点，则是"一个天下，许多国家"。天下只有一个天子（共主），各国却有各自的国君（君主），因此又是"一个天子，许多国君"。由于这些国家和国君其实是有独立主权的，因此"邦国"类似于联邦或邦联。邦国与联邦或邦联的不同之处，在于有一个名义上的天下共主，诸侯各国也由这个所谓的天子"封建"而成，因此史书上一般都把诸侯国称为"封国"。但我们要说清楚，封建也好，共主也好，都只是名义上和礼仪上的。各国的领地，其实不少是他们自己打下来的。而且，要扩大地盘，还得再打，只不过打下来以后，要到周天子那里去办个手续罢了。但这个手续仍很重要。没有这道手续，就不是邦国制度了。
这些国家在封建之初大多还很幼稚，是否成形也尚待商榷。所谓"夏禹万国，商汤三千"，岂能都是国家？恐怕不少是部落。周武时八百诸侯，也多半有些是国家，有些是部落国家。这样的状态，是与其叫做"国"，不如叫做"邦"的。邦，可以理解为介乎国家与非国家之间的政治组织，即"准国家"。比如联合起来组成"美利坚合众国"的那些State（旧译为州），就是邦。正因为是邦，这才先是组成邦联，后又组成联邦。封建之初的那些诸侯国，就多少有这么点意思。只不过在美国人那里，是十三个邦组成"合众国"。立宪以后，"邦"就变成了"州"。而在周，则是天子"分封天下"。封建以后，"邦"就变成了"国"。