不过到了六月初一，菱湖西岸太平军的营垒，尽为曾国荃所破，则是记此战役必须大书一笔的，因为从此安庆城外已无太平军，而真正的围城开始了。
适逢其会的是，恭亲王所主持，新成立的“总理各国事务衙门”，在外jiāo上相当活跃，与英国公使达成了一项协议：“禁止洋船济匪”，同时严令“禁止汉jian附载长江英法轮船，贪利济匪”。总理衙门并以同样内容的照会，分致法国和俄国公使。英国海军并派兵舰，巡弋长江作有效封锁。于是安庆城内，大起恐慌，守军乏食，纷纷出降。城内百姓到后来甚至吃人肉以求生。
外围的太平军，当然也要作最后的挣扎，杨辅清会合陈玉成由无为州绕道桐城以北，攻怀宁以西的太湖，同时一路抢割已熟的稻子。这一带属于多隆阿的防区，双方兵力为十比一，但多军士气正旺，迎面痛剿，斩获甚多，太平军桐城西南二面的七座营垒，为多军攻破。但多隆阿甚为机警，防备太平军夜袭，每每扎营以后，又复他去，敌人常常扑空，反为多隆阿所伏击，死伤甚众。
到了七月下半月，太平军集合余部，获得四五万人，重新进入集贤关，筑新垒四十余座，预备固守。集贤关是桐城与安庆之间的一处要隘——安庆府北３０里，有座大龙山，稍东相接的另一高峰，名为小龙山。两山盘亘，下瞰长江，南面两山相夹之处，名为门山，形容其为两山之门，再向南有白麟、火炉诸峰，山脉潜而复现，耸起如脊，所以名叫脊现岭。集贤就是脊现二字，以讹传讹的谐音。集贤关就在脊现岭上，离安庆府１５里，安庆的北门，即以集贤关得名，叫做集贤门。
从以上介绍的形势，可知集贤关易守难攻，但为解安庆之围，实亦不容此处的太平军，固守自保，所以从七月二十起，这四五万太平军，分１０余路猛扑曾国荃所部的长壕。城内太平军亦在四门列队，准备接应，这样到了七月廿八，始终无功。
其时城内外两处太平军，一线jiāo通，就靠菱湖通安庆水门的河道，城外太平军以小艇偷运粮食接济城内，城内则以因为欠缺火药而废置无用的枪pào，接济城外太平军。不幸在七月廿九日，双方的接济，都为在菱湖巡弋的清军水师所截获。
在同一天，朱洪章击退了集贤关向菱湖进攻的太平军，这是安庆之战的最后一仗。从此，不但城内守军已断指望，集贤关上的援军亦放弃了救安庆之想，退出集贤关外，退桐城、退石牌、退太湖、退宿松，有的回天京、有的到皖南。
七月三十，城内守军逃的逃，降的降，残余少数，与曾国荃取得联络，以放一条生路为条件而献城，于是八月一日卯刻，湘军入城，百战艰难，终于克复了安庆。
安庆之克，是平洪杨战史上的一件大事，亦是曾国藩“以静制动”战略成功的一大效验。双方的重视安庆，可由曾国藩的函札中见其大概，咸丰十一年四月初四日致其长子纪泽的家书中说：此次贼救安庆，取势乃在千里以外，如湖北则破huáng州、破德安、破孝感、破随州、云梦、huáng梅、蕲州等属。江西则破吉安、破瑞州、吉水、新淦、永丰等属，皆所以分兵力，亟肆以疲我，多方以误我。贼之善于用兵，似较昔年更狡更悍。
吾但求力破安庆一关，此外皆不遽与之争得失。转旋之机，只在一二月可决耳。
在这封信的十天以前，祁门解围，而陈玉成回军皖北，曾国藩急遣鲍超赴援时，曾有信致其四弟曾国潢，得失萦怀，忧思忡忡，溢于言表：“忽闻四眼狗bī集贤关外，九弟季弟又十分紧急，不得已抽朱云严五百人，赴安庆助守于壕内，及调鲍chūn霆带八千人赴安庆助攻于关外。此次安庆之得失，关系吾家之气运，即关系天下之安危，不知沅、季能坚守半月，以待援兵否？若安庆能转危为安，则事尚可为耳。”
在此时，曾国藩的全部希望，寄托在鲍超身上，他确信，只要鲍超能够赶到，战局即可稳定。但其时风雨大作，道路泥泞，即令鲍超能冒雨行军，辎重用羊角车装载，则无法求速，所以曾国藩所忧虑的是，鲍超未到之前，曾国荃的长壕可能已先为陈玉成所攻破。结果鲍超不负所望，大败陈玉成于集贤关，所以论克安庆之功，关键系在鲍超身上。
安庆既克，曾国藩当日便在对岸的东流接到了捷报，即时有信覆曾国荃说：接喜信，知本日卯刻克复安庆。是时恰值“日月合璧，五星联珠”，钦天监于五月具奏，似为非常祥瑞。今皖城按时应验，国家中兴，庶有冀乎？
安庆克复，竟被视作非常祥瑞，可知关系之重。但文宗却已不见此中兴征兆，于半个月前的七月十六，崩于[奇書網整理提供]热河。如果安庆早克复一个月，病中得此喜信，文宗或许竟能延年，则辛酉政变，可能无由而作，历史便又是另一样写法了。
安庆之克，是清廷的喜事，但浙江，特别是杭州却大倒其楣。从洪杨金田起事以后，失守的名城，不知其数，唯有杭州的遭遇最惨，为百年未有的浩劫。
何以安庆克复，浙江会倒楣呢？这道理说起来很简单，太平军百万之众，皖北不能立足，皖南又有左宗棠的严密防范，自然得要找一条出路，而浙江是唯一的可以“就食”之区。
当时太平军内部，在战略上亦有两派不同的主张，一派以洪仁？为首，认为自古取江山先西北而后东南，由上而下，其势顺而易，由下而上，其势逆而难。所以仍主张反攻皖北，谋取长江以北，huáng河以南的中原。另一派则是李秀成、李世贤兄弟的打算，就双方形势着眼，以为皖北以上，及江西、皖南等地，“敌无可败之势，譬如食果，尚未合时，其味必苦”，这就是说，浙江是一树熟得将烂的果子，振力一撼，俯拾可得。
当然，此时太平军只剩下李家兄弟的兵马，可称劲旅，发言的分量，非洪仁？可比。事实上，“天京”对在外的战将，亦已失去控制。于是李氏兄弟的六七十万人，由常山、开化入浙江，行军如蚂蚁搬家，首尾不绝，历时十余日之久，浙东的守将，闭城自保，不闻不问。加以鲍超在后路追击，更如驱虎入羊群，鲍超由江西抚州，追到边界，收复铅山，亦解了广信之围，便收兵回皖北休息，因为再过去是浙江地界，与己无关。
在鲍超之后还有一队官兵，就是李元度的安越军，兵到衢州，入了浙江地界，大概耳闻目击，无一处不是乱糟糟的景象，觉得犯不着淌浑水、打烂仗，因而屯兵衢州，观望不前，以后敌兵阻隔，更到了杭州，尽管王有龄跟杭州城内的官民，如大旱之望云霓，安越军却始终只在人家的后门口徘徊。
李秀成于九月初二进围浙东的重镇衢州，守将总兵李定太，深沟高垒，务求自保，于是李秀成舍衢州而去，在严州与李世贤会师，商定了进取杭州的计划，分南北两路，李秀成由北路直指杭州，李世贤任南路，继续攻严州。这是九月初十的事，７天以后，严州守将张玉良弃城而走，李世贤连占遂昌、松阳，势如破竹。
大概在九月中旬，上而金、衢、严三府，下而杭、嘉、湖三府，尽是太平军的天下，所余者，杭州、湖州两孤城，以及宁波、绍兴两府。其时宁、绍为浙江全省的饷源，此两府不失，王有龄犹可紧守待援，不幸地，太平军毕竟渡过钱塘江，攻向南岸了。