翰林院散馆，两人都授职检讨，只是分发的衙门不同，汤斌派在国史院，耿介派在秘书院。当顺治皇帝选派学行俱优的翰林出任地方官时，耿介亦在名单之中，被任为福建按察副使，辖区是福州、兴化、泉州、漳州、延平、建瓯六府，经常出巡，事先下札，严厉禁止迎送馈赠，真正耿介拔俗，不愧其名。
到了康熙元年，由福建调到江西，做鄱阳湖东岸的“湖东道”。这个缺后来裁掉了，耿介因为治绩优，调为直隶大名道，辖区当河北、河南、山东jiāo会之处，自古以来就是军事重镇，也是有名的烦剧难治之区：他的居官信条是：除积弊、革冗费、戒贪墨。恩威并用，政绩大着，是个响当当的清官。
在大名道任上，自然也遇着“逃人”的案子，而且因为地处冲要，比汤斌在潼关遇到的多得多，一年工夫，有三百多件，平均每天就有一件。
耿介也跟汤斌一样，认为“功今固严，曲其全由我”；三百多件“逃人”案，本地的百姓，没有一个牵连在内。光是这一项惠政，就使得属下百姓感戴不止了。
在任只有一年多，由于他的母亲去世，丁忧告归。服满以后，家居不出；这年想起汤斌，由登封到睢州专诚访晤，登门才知道他“仕优而学”，到了夏峰。耿介也是久仰孙奇逢的，回里以后，摒挡就道，跟汤斌做了同窗。
汤斌接到消息，亲到山下迎候，接着了欢然道故，喜不可言。
三藩乱起，朝廷诏举贤才赴军前效力。这时最得康熙皇帝信任的一个大学士熊赐履，奉旨主持此事。
熊赐履字敬修，湖北孝感人；他比汤斌晚两科，是顺治十五年的进士，也是个“道学先生”，由于皇帝崇尚理学，熊赐履深受敬重，他著过一部谈心性的书，题名《闻道录》，说“圣贤之道，不外乎庸，庸乃所以为神也。”这个议论很新奇，但其人之庸，也是可以的了。
他跟汤斌的理学，路数不同，只是汤斌并无门户之见，所以笃信程朱的熊赐履，对他并无恶感；问到左都御史魏象枢说：“我从前读过汤斌的文章，只是不识其人，你看此人如何？”
“汤斌是有道之士。”
“那好极了！我想上奏章举荐他。”
“举荐此人，诚然适当。一不过，”魏象枢顾念汤斌的境况，代为辞谢，“他此刻在苏门读书，家贫亲老，恐怕到军前效力的行装都办不起。我看免了吧！”
熊赐履听得这话，只好死了举荐汤斌的心。
但即令征召，汤斌也一定会辞谢，因为这时孙奇逢下世，夏峰子弟，无不哀思浓重，失了常度，在孙奇逢死前的那几个月，汤斌日夕所思的，就是如何从老师那里多得一些教益。而孙奇逢也持着约略相同的想法，他已经九十二岁，除了重听以外，看来身体还相当健旺，每天一早起身，拜谒过祠堂，就端然坐在兼山堂上，应接问业的弟子。或者远道慕名而来的宾客，仿佛整日都无倦容。其实那是凭多少年修养的功夫在支持；他是最知天命的，得此高寿，已觉上天眷顾特厚，抱着随时可以撒手尘寰的想法，就更不肯虚耗寸yīn，想到理学上的一些成就，大致都已传授了弟子，但平生所经历的忧患艰险，所见到忠烈义行，没有机会能够纪录下来，流传千古。是一大憾事，要趁有限余生，加以弥补。
这就很容易地想到了汤斌，因为他一向有志于表扬忠臣义士，而且兼具史识、史学、史才之长处，是记述他的遭遇的最适当的人选。
“孔伯！”他说，“行年九十有二，家近京畿，颇有见闻，不忍湮没；如果我不告诉你，许多惊天地、泣鬼神的义烈之行，不为后人所知，想来你亦当引为憾事！”
“是！”汤斌兴奋地答道，“固所愿也，不敢请耳。”
“等我细细告诉你，此亦是千秋之业，我们定一个日课，我迷你记，记好了我再看一遍，如有说漏，我替你订正。”
“是！我照老师的吩咐做，时间我看不必固定，老师得闲，或者兴致好的时候，随时唤我好了。”
“不！还是每天定个时候的好，就在晚饭以后吧。”孙奇逢征询汤斌的意见，“我们从哪里谈起？”
汤斌想了想说：“就从‘范阳三烈士’谈起。”
“也好！”孙奇逢说：“‘范阳三烈士’是他人所赐的美名，实在愧不敢当。当时畿南负乡里重望的是鹿忠节公鹿善继的老太爷，名讳一个‘正’字，大家都称他鹿太公，急公好义，极有肝胆，不晓得暗中救了多少人。我与张果中，亦是受了他老人家的感召，勉襄义行。当时的情形是如此
东林与阉党之争，也就是君子与小人之争；当熹宗即位之初，东林的声势甚盛；但君子坦然疏略，敌不过小人的昼夜环伺，到了天启三年“京察”，正人被斥，顾秉谦、魏广微入阁，东林便可危了。
天启四年，左副都御史杨涟，劾魏忠贤二十四大罪，结论中说：
积威所劫，致掖庭之中，但知有忠贤，不知有陛下；都城之内，亦但知有忠贤，不知有陛下。即如前月忠贤已往涿州，一切政务必星夜驰请，待其既旋，诏旨始下。天颜咫尺，忽慢至此，陛下之威灵，尚尊于忠贤否耶？陛下chūn秋鼎盛，生杀予夺，岂不可以自主；何为受制于么魔小丑，令中外大小惴惴，莫必其命。伏乞大奋雷霆，集文武勋戚，敕刑部严讯，以正国法。
这个弹章一上，接连上疏攻魏忠贤的，不下一百多人。魏忠贤颇为恐惧，但终以“奉圣夫人”客氏的力量，蛊惑熹宗，竟得无事，而魏忠贤跟东林的结怨，则到了势不两立的地步。
其时辽东经略熊廷弼正罢职待罪，他本无罪，是受人的倾轧排挤。在他当御史时，对东林并不和睦；而东林君子，反以熊廷弼有胆略，知兵事，有守辽之功，颇为看重。于是由于冯铨与熊廷弼有仇，劝魏忠贤借熊廷弼兴大狱，杀异己，把杨涟等人竟牵连罗织在内了。
这是出于阉党徐大化的建议。魏忠贤的意思，本想加以别的罪名，徐大化认为不如指杨涟等人受了熊廷弼的贿，事涉封疆，杀他们更加容易。魏忠贤深以为然，指使锦衣卫北镇抚司的主管许显纯，逮捕杨涟、左光斗、周朝瑞、魏大中、袁化中下狱，指杨、左受贿二万银子，其余亦多少不等。
阉党的手段极其恶毒，先“追赃”，五日一追比，等“赃银”追出来以后，再送到刑部治罪。东林君子，无不清贫，哪里来这笔“赃银”缴纳，因而每隔五天，便受一次毒刑——明朝锦衣卫的镇抚司，是个暗无天日的地方，所以都被拷打得体无完肤。史可法曾经花了五十两银子，买通狱卒，入监见了他的老师左光斗一次，所见到的，已是“面额焦烂，不可辨；左膝以下，筋骨尽脱”了。
其时群情愤激，甚至有痛哭流涕的；于是孙奇逢置了一个大柜子，上面贴一张纸条，写的是：“愿救左公者，纳银此中。”左光斗对于京畿有许多善政，老百姓感思图报，踊跃输将；三天工夫就捐到了好几万银子，但赶到京师，已经来不及了。最为阉党所切齿的杨涟、左光斗、魏大中三人，已经死在狱中。杨涟死得最惨，土囊压身，铁钉贯耳；时间正在铄土流金的七月里，隔了几天才能进狱收尸，尸首已腐烂，面貌不可复识。