然而，南明的历史大势，注定了这些qiáng人只能各领风骚三五天。正当刘承胤想挟天子之威，统一附近的南明军队之时，清军将主攻方向调整为湖南。隆武二年（1646年）八月，恭顺王孔有德率领大兵，由岳州进兵长沙、武冈、永州。刘承胤派出自己的jīng锐出城迎战，不料一战过后，折损了五员大将。刘承胤马上明白抵挡住清军是不可能的。他立刻放弃曹操梦，转而打算投降。他深信自己投降后待遇错不了，因为他手中有一条大鱼做见面礼——皇帝。有了这份重礼，高官厚禄何愁？因此，他一面亲自出城，前去与清军商量投降事宜，一面嘱咐人看好城门，不让永历出城一步。
永历和他的亲信大臣见清军迫近，刘承胤行踪诡秘，已知情况不妙，“百官仓皇莫措”。永历“与太后涕泣宫中”，愁肠百结，手足无措，只能静等自己成为阶下囚。还是王太后有主意，把自己的所有金银细软都拿了出来，派人送给刘承胤的母亲，向她说情。刘母本不相信自己的儿子是去与清军接洽投降事宜，见到“当朝太后”如此低三下四恳求自己，甚为过意不去，就命人打开城门，放了永历君臣一条生路。
永历皇帝和王太后被扶上两匹临时找来的劣马，几十名亲信大臣紧紧跟随，在半夜时分匆匆逃出城门，什么仪仗乘舆，都丢在了武冈。君臣一路不餐，不眠不休，拔足狂奔。跑了几天，两匹马都跑死了，一队人马跑到最后，除皇帝之外，连后妃们都没了鞋子。到后来皇帝走不动了，幸亏一个叫马吉翔的侍臣“流离艰苦，风雨不避”，背着皇帝走了上百里。一路上不断有人掉队，其中包括皇后才十五岁的嫡妹，也在逃跑的路上不幸失踪了。
四
在广西边境上，瞿式耜率领一万大军，亲自来迎驾。见到衣衫褴褛、蓬头垢面，像叫花子一样的皇帝，瞿式耜一个箭步冲上去，抱住永历的腿，失声痛哭起来。虽然这个皇帝无能，虽然这个皇帝不争气，然而，他毕竟是他的君父，他的主人，也是整个天下的希望所系啊！
永历也泪流满面，他第一次觉得瞿式耜像亲人一样亲切。
情绪平定下来后，瞿式耜向他介绍广西的形势。原来，清军进军广西后，瞿式耜拒不逃走，发誓与此土共存亡。他以一个文臣，上了前线，带领广西军队拼死抵抗，挡住了一路无敌的清军先头部队和随后增援的大批人马。永历帝出逃时，广西岌岌可危，警报遍地，看起来支撑不了几天。而湖南则兵qiáng马壮，看起来是一个安全港。没想到，等他láng狈逃回广西的时候，形势发生了翻天覆地的变化：湖南陷落了，而广西居然以老弱士兵打退了清军的进攻，疆土纷纷收复。
经历如此患难的永历终于幡然悔悟了。湖南的患难让他明白逃亡保不了自己的命，只有刷新朝政，振作士气，使军队有抵抗力，才是最好的保命之方。回到桂林后，永历帝又一次开始了励jīng图治。他每天早晨五点多就起chuáng，天刚亮就开始召见臣工，商量国家大事。他把瞿式耜倚为自己的左右手，凡事都恭敬地请教，可谓言听计从。
瞿式耜也很兴奋。虽然皇帝如此不争气，但是他从来没有放弃对他的希望。现在，把皇帝引上尧舜之路的千载难逢的机会来了，他想尽办法，来教育这个二十五岁的皇帝。他在扇子上手书了八条箴言，进呈皇上，希望皇帝日夜诵读。他每天“五鼓，肃衣冠而起，黎明入阁，夜分始归”，皇帝不吃饭，他不敢先吃，皇帝不睡觉，他绝不先睡，“如孝子之事严亲也”。既为尽忠，也为监视皇帝，怕他再被身边的太监和小人诱惑。
朝政的振作立竿见影。经过湖南惨败和广西的惨胜，瞿式耜的威望大为提高。再加上皇帝毫无保留的信任和支持，朝中有了真正的主心骨，各地武将也开始听从号令，齐心合力，取得了几次抵抗战争的胜利。南明上下，一个个欢欣鼓舞，都称“中兴有望”。
全国形势这时也出现了有利于南明的逆转。清军入关之后，其实一直是靠汉人打汉人。在利用汉族降将的同时，清廷难免对他们一再猜疑。在南明地盘一再被压缩之后，清廷露出了“狡兔死、走狗烹”的苗头，对汉族降将越来越压制，越来越冷遇。再加上永历政权政治终于清明，露出“中兴”之象。在这种形势下，那些心怀不满的降清汉将不断有人“反正”，并且形成了连锁反应：永历二年（1648年）正月，金声桓在江西反正；三月，李成栋在广州反正；十二月初三，姜瓖在山西反正。三大事变在同一年发生，举国震动，明清形势对比一下子发生重大变化，清廷一时慌了手脚。
对于原本前途难测的南明来说，这真是“于无声处听惊雷”。喜讯一个接一个传入朝廷，江西、广东又都归入南明版图，南明国势可谓蒸蒸日上。
李成栋本是民族观念很qiáng的人，降清以后，jīng神压力很大，日日郁郁寡欢。如今在全国反清势力高涨的情况下反正，对永历朝廷相当虔诚。他不因将广东一省归入版图居功，反而因自己曾投降清朝而心怀不安。反正之后，他将永历在广东肇庆的“皇宫”整修一新，派自己的儿子李元胤到广西，请皇帝“返都”。
永历二年（1648年）七月，朱由榔圣驾返回“旧都”广东肇庆。李成栋准备了一支由三十二丈长的特大龙舟组成的船队，金漆彩绘，仪仗鲜明，于百里之外迎接皇帝。八月初一晨，李成栋率文武百官举行了一次隆重的迎驾仪式，亲手抬皇帝所乘的銮舆步行入宫，并特意在宫中准备了一万两现银备皇帝赏赐之用。宫里器具陈设极为富丽。永历当了两年多皇帝，到了此时，终于真正尝到了做皇帝的滋味。朝廷上下都以为在三省反正的大好形势下，反攻复明，大有希望，因而一派喜气洋洋。
然而很不幸，朱由榔此时却再次懈怠下来。他本来是一个意志力软弱之人，在武冈半年的患难生活积蓄起来的意志力量，在广西这一段的“励jīng图治”已经消耗得差不多了。圣驾东移，瞿式耜作为广西巡抚，留守广西，没有跟在皇帝身边。自从船队一离开桂林，逃离了瞿式耜的监督，朱由榔内心就长长地松了一口气。国势向上，一时无忧，没有激起他恢复天下的雄心，反而使他的心气散了。他一封奏章也不想看，一个大臣也不想接见。在豪华舒服的行宫中，他想好好放松一下自己。他命人送来大批珍品鱼鸟和戏本，恢复了王府生活时养成的休闲生活。
皇帝懈怠，必然有权臣出现。这一次，他把大权jiāo给了马吉翔，也就是从湖南逃回广西的路上背着他跑了上百里的那个人。这件事奠定了永历对他的信任，回到广西之后，立刻升了他的官，位仅在瞿式耜之下。马吉翔虽不是太监，但对皇帝的关心和体贴胜似太监，聪明伶俐、善解人意更非一般人可比。和上次王坤成了隐身宰相一样，马吉翔很快就有了“马皇帝”的外号。
然而，马吉翔除了善于钻营和弄权之外，实在一无所长。朝廷从广西搬到广东后没多久，朝政又一次开始一塌糊涂。马吉翔决策颠三倒四，用人唯钱是认。朝廷从上到下窃权弄私，毫无是非功过可言。李成栋一开始对永历君臣都十分尊敬，然而不久后就发现这个政权实在没什么希望。有一次闲聊的过程中，马吉翔为了显示自己实际上掌握着全权，也为了讨好李成栋这个有军权的人物，故意对李成栋说：“您率领部下反正，大大有功，您觉得部下里，哪些人功劳最大？”李成栋随口说了几个人的名字。马吉翔马上大叫：“来人，拿笔墨来！”仆人送来笔墨，马吉翔当场草拟了对这几个人的赏赐公文，命人送进宫去。仅仅两刻钟过去，这边一杯茶还没喝完，皇帝的批复就下来了，马吉翔所奏全部批准。李成栋对马吉翔用这种方式“示威福”深为不满，回到家里对家人感叹：“人言马皇帝，岂不信哉？懋赏不典也，五等显秩也，爵人于朝，与士共之，乃于一座之顷，呼吸如意，何其神也！我弃老母幼子为此举，唯望中兴有成，庶不虚负。今见权jian如此，宁有济哉！”