在马吉翔的主导下，永历朝廷又一次陷入了乌烟瘴气。本来，全国三大省反清，清人手忙脚乱，全国也陷入惊疑。这时的南明，本应该派出jīng兵与反正诸省相配合，开辟几处战场，掀起一次大反攻，这样一来，形势可能出现根本性逆转，起码将有更多省份陆续反清复明。然而马吉翔等人忙于争权夺利，加官晋爵。每当打听到皇帝心情好时，马吉翔就把一大批名单送入宫中，升官赏赐随之而出。整整一年之中，永历政权听凭清军从容地把三处反正之军一个个分割包围而毫无作为。金声桓反正不久，就被清军围在南昌，孤军奋战八个月之久，南明居然没有派一支军队前去支援，最后，南昌城被攻陷，清军屠城，一腔热血要尽忠永历的金声桓壮烈殉难。1649年，清军集全国之力，进攻山西反正的姜瓖。进攻南方的军队纷纷北撤。永历朝廷如果此时挥兵北上，夹击清军，全国形势可能出现根本性转变。然而，永历朝廷此时开始了又一轮内斗。原来一些大臣不满于马吉翔分配赏赐的不公平，结起门派，朝中分成了吴党和楚党，相互争权夺利，争得你死我活。
皇帝也有了养鱼之外的新兴趣——研究《圣经》。原来，在宫中供养的西方传教士的劝导下，王太后带领皇后、太子以及几位太妃都皈依了天主教。这些传教士是一个早在前明就是天主教徒的太监庞天寿引入宫中的。在皇帝一行人困居湖南、走投无路，、jīng神苦闷之际，这些传教士用宗教信念给太后提供了心理支持，在那之后不久，宫中五十多名嫔妃都受了洗。王太后教名列娜，马太后教名娅娜，太子朱慈恒教名康斯坦丁。皇帝虽然无法遵守一夫一妻制，且中国皇权制度是建立在儒家经典之上，因此无法受洗，却也埋下了对天主教的兴趣。此时有了空闲，他就跟着太后开始研读《圣经》。
可惜，上天给永历君臣的时间是有限的。经过一年的战斗，清军平定了山西，再次南下。这次，隐患已消，清军无所顾忌，全力猛攻两广。永历四年（1650年），南雄失守，永历又一次跨上了逃难的龙舟。
这次可真是一去不复返了。通过三省反正，清廷更充分地认识到了永历政权的号召力，决定不惜一切代价消灭掉它。在数十万大军的进攻下，两广全面陷落。
危难之际，皇帝和太后不约而同地想到了上帝。他们在逃亡之中，派出使臣，向罗马送出了一封求援信。太后在信中这样说：窃念列娜本中国女子，忝处皇宫……入领圣洗，三年于兹矣……每思恭诣圣父座前，亲领圣诲，兹远国难臻，仰风徒切……望圣父与圣而公一教之会，代求天主，保佑我国中兴太平，俾我大明第十八代帝即桂王太祖第十二世孙主臣等悉知敬真主耶稣……
三年之后，这封信经历千辛万苦到达了罗马。教廷先后举行了四次枢机会议，起草了回信，给出建议。然而，等信回到中国，已经七年过去了，中国已经沧海桑田。永历帝和他的太后，不但没有得到上帝的帮助，甚至未能看到这封回书。
五
永历六年（1652年）二月二十六，贵州安龙府知府范应旭打开了一本新的支销账簿。他在上面列上了该州新添的一项财政开支项目：兹发来皇帝一个，月给银米若gān。
后妃几口，月给银米若gān。
……
账簿发下来，师爷们看了无不掩口而笑。皇帝一个，后妃几口，银米若gān，这分明是豢养动物嘛！
安龙知府确实是按豢养动物的标准来供应永历君臣的。安龙本不过是明代的一个小小卫所，位于广西、贵州、云南三省jiāo界之处的大山之中，jiāo通极为不便。名义上叫“城”，实际上居民不过百十余家。因为所在之处皆山，建卫所居然找不到足够的平敞之处，小城不得不一半建在山腰，一半处于平地，“城跨山腰，半居平陆”。这里是少数民族地区，经济极为落后，“群蛮杂处，荒陋鄙俗，百物俱无”。
“皇宫”就设在安龙千户所的卫所里，院里只有一所像样的砖房，更名为“文华殿”，供皇帝、太后、皇后几个人挤着住。几十名“大臣”只好租住老百姓的房子。有史以来，应该没有比这更简陋的“朝廷”了。
永历帝是经过千辛万苦逃到这里的。清军攻陷两广，永历帝实在无路可走，只好投奔了孙可望军。孙可望原本是张献忠的部下，张献忠阵亡后，大西军由孙可望、李定国等人接手。由于清军南下，大西军决定“联明抗清”，归顺到了南明旗下。由于他们是“流寇”出身，素不被永历帝信任，只是遥制而已。如今，整个西南只有贵州和云南尚在孙可望等人率领的大西军控制之下，永历只好率领五十名大臣和几百个太监，奔向贵州。
孙可望闻讯大喜。他早就谋划着将皇帝控制在自己手里。谁有了这面大旗，谁就有希望统一整个南明军队。他派出军队，远出迎驾，迎来之后，却把永历君臣安排在这个消息不通的小城里。原来孙可望已经在贵阳自称“国主”，设了六部，当起了实际上的皇帝。如果把永历迎到贵阳，他得隔三岔五去给永历磕头，麻烦实在太多。他只需要永历这个旗号而已，所以有意选择了这么一个jiāo通最不方便、信息最不灵通的小城。这个小城的名字就很合孙可望的意——“安龙”，谐音“安笼”。将皇帝安顿在这样一个保险的笼子里是个很不错的主意。他将这个小小千户所升格为府，任命自己的亲信为知府，任务只有一个——监视永历帝。
永历再次尝到了寄人篱下的滋味。上一次在武冈，虽然同样是被军阀控制，但是起码生活待遇上还像一个皇帝。这次到了安龙，大臣、太监加上数百名兵丁，这两千来号人，孙可望一年只批给银两千两，米六百石。这些还不够在广东时永历皇帝一天的花销！别说是供养皇帝了，平均下来，就是平民百姓也无法糊口。“帝以不足用为言，不答。”他向孙可望申请多拨点钱，孙可望根本不搭理他。
大概从来没有混得比永历还惨的皇帝了。皇帝的房子经常漏雨，二品、三品的大臣只好亲自和泥，爬到房上去修补。永历帝穿着一件旧大衫，手搭凉棚，站在边上观望，一不小心，被洒了一衣泥水，弄得太后在边上直生气，大声呵斥皇帝道：“这么没眼色！泥水混汤的，你上去凑什么热闹？”
老太后已经七十四岁了，这些年来跟着皇帝东奔西跑，吃尽了苦头，身体居然没垮。
虽然简陋，可朝廷毕竟是朝廷。每天早上，永历还是像模像样地上朝，坐在小屋当中的太师椅上。几十名大臣鱼贯而入，三跪九叩，奏知某某人老婆病了，请皇帝赐块豆腐补补；某某人上山打来了一只野jī，要进贡给皇帝尝尝鲜；某某人的孩子昨天饿死了，请皇帝批几钱银子买个棺材……一时间，处理事毕，各自回家，生火做饭去了。
大臣和太监们一个个愁眉苦脸、愤愤不平，成天大骂孙可望。不过，朱由榔却没有太多的郁闷，甚至在心底里，他觉得这里挺好。