北洋军对南京的作战任务，是由张勋部攻打太平门，雷震chūn部攻打南门，冯国璋部攻打北门。张勋使用掘地道、埋地雷种种方法，轰倒了一段城墙，于9月1日攻进了太平门。城破后，北洋军放火烧了下关，城内还有三五成群的讨袁军残部在巷战，这时的讨袁军总司令何海鸣，躲在马棚草堆下得以乘机逃脱。从9月1日至3日，张勋大纵兵士任意地jianyín抢劫，他于9月4日才进城。洗城的那三天中，雷震chūn军在南门，张勋军在北门，好像划分势力范围一样，挨家挨户地烧杀抢掳，上自天花板，下至yīn沟都不放过。许多妇女投秦淮河自杀。由于讨袁军总司令huáng兴是湖南人，坚守南京的部队也绝大部分是湖南人，因此张勋对湖南人恨得最厉害，湖南会馆先被查封，湖南人被杀的也不计其数。
在抢劫过程中，城内大街小巷出现了各式各样的怪现象，有些兵士脱下军衣，把步枪当作扁担来搬走他们的“战利品”，有的qiáng迫人力车替他们搬运，有的则因抢夺赃物而互相枪击。张勋虽然打了一次胜仗，可是等到士兵们归队点名时，却少了很多，这些士兵不是战死而是失踪，他们为什么失踪呢？原来他们打完了仗，老总们都饱掳满载，发了一笔不小的财，于是他们便开小差回家去享福了。
南京市民用罢市运动来抗议辫子军的罪行，张勋用武力对付，qiáng迫商人开市，他认为开门七件事最要紧，乃勒令柴、米、油、盐、酱、醋、茶店铺首先开门，其余的则一概不理。
9月9日，沪宁火车首次通车，南京市民们扶老携幼，不约而同地都赶到火车站，想搭车离京，以逃避辫子军暗无天日的洗劫。火车站上人山人海，拥挤不堪，人人都争先恐后要离开南京这座黑地狱。因为辫子军在南京的洗劫，毫无终止的迹象，同时又听说张勋且要驻节南京，遂使南京市民们一传十、十传百，这是由于张勋过去治理南京的余悸还深印在大家心上。
提起张勋实在是中国近代史上的一个怪物，他的辫子军杀人放火无所不为。当清帝退位前，他曾率军勤王，勤王军在天津被洋兵挡阻，他才怏怏回到德州。这次听到革命党又在南京“造反”，“袁宫保”又要和革命军打仗，他乃自告奋勇率兵剿“匪”。袁派他会同冯国璋攻南京，这正给他恢复自己因辛亥革命而失去的江南地盘的大好机会。
张勋和辫子军攻下南京后，大肆洗劫，使到天愁地暗，中外震动，连袁世凯听了也为之惊讶，于是发电给南京各军师，全电如下：
“阅路透电，称南京城内住宅商店，茅舍草屋，无不被抢，妇女老小贫富，多被jianyín，其余均入外人家避难，各军皆然，而张部蓝衣兵实占多数。各官长目睹不理，所谓不伤一人，不惊一户之宣告，完全背弃。日本民居，亦多被害，有自日领署出者，被兵枪毙三人，受伤一人云云。此次大兵南下，伐罪救民，似此qiángbào行为，如果尽确，则是丧尽名誉，大gān军律。查各国军人素尚文明，即俘虏亦无凌nüè。吾国削平内乱，自残同类，已属可矜，况无辜良民，久困匪中，日望援救，闻者坠泪，见者痛心。若以盗贼之行为，尤而效之，各国传布报纸，目为野蛮，于立国大势，所关非细。且乱党乘间抵隙，执为口实，更足以煽动人心，东南大局，何时可定？各弁目等，谁无身家妻子，入伍为兵，退伍即民，易地以观，忍乎不忍？民纳税以给饷，兵出力以卫民，不能卫之，而反扰之，天良何在？为之官长者，目睹何忍？本大总统治军数十载，素以保民为宗旨，闻此情形，不禁泣下。仰即传集各该官长，剀切诰诫，并明查暗访，得有jian抢实据，立按军法严办，以期湔洗于万一。至保护外人生命财产，更属文明通例，尤应格外留意，勿因细故，败坏大局为要。”
张勋复袁电一：“大总统钧鉴：鱼电谨悉。此次南京城下之日，各军争功，蜂拥而进，与匪军巷战一二昼夜，全城鼎沸，子弹纷驰。嗣后匪军逃窜，乘机抢掠，土匪助nüè，益肆凶残，多有假冒官军情事。当此之时，秩序已紊，加以各军号令不一，非以严刑，难期整饬。勋因破除情面，随派gān练弁兵，巡行街市，随地正法者二百余名，截留衣物无算。然后始得渐就平复，此金陵各国旅居洋人之所共见。今路透电，乃以蓝衣兵独占多数为言。查勋军入城，仅占东北一隅，此处荒僻，民户无多，其余各处繁盛之区，均由各军分扎，孰抢孰否，不难按户而稽。且前次我军夺取天保城各要隘时，匪军屡次乔扮勋军装服，希图混进。且蓝衣之说，亦难据为确实证据，亦何所用其回护。应请简派公正大员来宁，亲赴被难之家，确实调查，以昭信谳，而全军誉。”
张勋虽复电给袁，推卸洗劫南京的责任，可是辫子军的bào行，中外目睹，所以袁世凯和北京参谋本部、陆军部都来电彻查，使他也极为伤脑筋，不得不再二再三申复。下面是张勋的第二、第三次给袁复电：
张勋复袁电二：“大总统钧鉴：拱密。参陆西部阳电，传奉钧令，敬悉。此次南京倡乱独立，城内闾阎，本已重遭糜烂，迨及城下之日，诸军萃集，巷战连朝，土匪溃军，乘机焚掠，于时秩序已紊，诸统将专事杀敌，兼顾难周。一二不法军人，趁各军号令尚未统一之际，继匪军劫掠之余，见物辄取，固所不免，当经派员率队巡行街市，但见有持挟衣物抢掠者，无论军匪，概行立地正法。计共斩决二百余名，截留衣物无算，均jiāo商会分别给主认领，并将约束不严之该管官弁斥革。中外商民，皆所共见。现仍会同诸军竭力稽查，认真根究，务得实犯，严加惩办。谨此复陈，伏乞垂察。”
张勋复袁电三：“大总统钧鉴：鱼日电谕敬悉。重承责问，滋切悚皇。此次叛兵占据金陵，反复哄争，闭关自毒，地方秩序，业已破坏不堪。迨海陆各军，会合围攻，全城均当战线，攻者愈力，守者愈坚，居民迁徙避藏，受无妄之灾者亦愈众。既而逆首知势不敌，窜匿无踪，合数万之悍贼骁匪，以及失业游民，麇集一隅，漫无约束，其任意勒索，多方蹂躏，人言凿凿，闻者寒心。勋等逆料及此，迭经通饬营队，晓谕军人，务以恪守纪律，不扰善良为第一要义。复传集各官长剀切告诫，不啻三令五申。惟民匪同困重围，本属断腕求瘳之计。若战斗中而复责以保护，智勇俱难为力。坚城既破，我军如墙而进，肉搏冲锋，贼匪梗顽，尚在竭力抵御，黠者褫装弃械，随处搜括，纷纷溃逃。
地痞流氓，争取所遗衣械，遂得假冒兵士，乘机劫夺，快意须臾。与勋前攻天保城时，叛军多草帽蓝衣，希图扰乱伎俩，如出一辙。贼倡其先，匪踵其后，荒衢僻巷，亦几十室九空。其时我军师旅团营，参伍综错，注重占领要隘，警备非常，不能遽尔分兵四出剿捕。营垒粗就，始得派遣游骑周匡侦巡，余孽渐次肃清，而公私已dàng然尽矣。勋等驰入宁垣，察视情形，虽不至如路透电所云之甚，然疮痍遍地，目击心伤。一面会同出示招集流亡，并分别严申军令，拿获抢劫之犯，随时立正典刑，兵士间有取携，亦挥涕斩殉不少宽假。连日捕杀约百余人，所有赃物，概发商会招领，市面略定，人心少安。勋与国璋，督师分道南来，既未能不战而屈人，又无从临战而弭祸，彷徨中夜，内疚良多。