而路透电竟以贼匪qiángbào惨nüè之行为，独使我军蒙其重谤，不惟勋等难甘默认，即全军官长均受有完全教育，讵肯明知故纵，弃隳身名。事实始终，历历在目，固非一人一时之言所得掩饰，又岂容悠悠诋毁，淆惑听闻。应请大总统派员来宁，切实调查，秉公核办，以息谣诼，而定是非。冒渎钧聪，伏希垂鉴。”
袁世凯在癸丑之役陆续击溃了革命军后，就颁发了大批勋章和晋级命令。张勋得到勋一位和江苏都督。袁的本意是要把江苏都督给他的亲信冯国璋的，可是这次南京之战，首先攻城的，是张勋所统的辫子军，为了表示大公无私，和嘉奖有功，便不得不改变计划，把江苏都督给了张勋。因此，冯国璋在收编南京城内外的讨袁军残部后，便一声不响地率领他的部队渡江而去。
张勋做了江苏都督后，偌大的一个南京城立刻就看不到一点民国气象，完全恢复清代的气氛。他绝对不准他的兵士们剪掉辫子，因为辫子已成他的军队的特别标志。他看见穿西装剪短头发的人就生气，看见留辫子的就引为同志，于是，南京城内突然流行起拖辫子，扎假辫子的风气盛行一时。他绝对不许用“前清”字样，他认为在他统治下的区域，应该仍是“大清天下”。
江苏都督府的大柱和栋梁他都涂上一道朱红色，把旧两江总督时代的chuī鼓手和pào手都找了回来，每天开chuī三次，开pào三次。这一切都是清代的官制和排场。他不但恢复了厘捐总办、粮台总办、督销总办、道台、知府、知县等等，而且一切都是“扎委”。南京城内就有一个知府“江宁府杨”，和两个知县“江宁县左”、“上元县沈”。知县的衙门里恢复了刑名老夫子、差快等等。县太爷坐堂，恢复了藤条、小条等刑具。南京城内大小官员们都拖着辫子，打轿子上院，谒见时要先递手本，见了“大帅”要行跪拜礼，要自称卑职。所有这一切都是两江总督衙门的规矩。
辛亥起义，张勋被江浙联军赶出南京城时，城内警察曾经欢迎革命军人入城，张勋因此记恨在心，这次他收复了南京后，首先把所有的南京城内的警察一齐革职，用辫子兵代替警察站岗，然后从北方招了一批北洋警察来。辫子兵的各营都用龙头令箭，官长们则穿的是清代的蓝制服，军营中不许悬挂中华民国的军旗，而要悬挂红色白边的蜈蚣旗。民国的国旗也不许悬挂，江苏都督府门前大桅杆上挂的是一个斗大的“张”字红旗。
所有这些怪现象，袁都装做不曾晓得，可是外国使节们对此非常惊讶，他们曾质问南京城不挂民国国旗的原因。袁待外国人抗议了，才打电报责备张勋不该禁止悬挂国旗。
9月17日，南京城内才有五色国旗出现。
当张勋在南京胡闹时，辫子兵乱烧、乱杀、乱抢，无所不为。有一天杀错了人，杀伤了三个日本人，日本全国为之震动，军人们竟向日本外相牧野请愿出兵中国。日本驻华公使山座向袁政府提出了严重抗议，要求中国政府向日本谢罪，同时黜免张勋。袁派张勋的同乡李盛铎到南京来调查，李劝张对日本人让步，以免引起两国关系恶化。张乃和日本驻南京领事船津直接谈判，谈判的结果是张勋亲自到日本领事馆道歉（9月28日），日本放弃了要求撤换张勋的要求。可是日本问题虽告解决，美国和英国也一而再提出了撤换张勋的要求。由于外国人有这样的要求，正好给袁撤换张勋的好借口，何况袁这时在外jiāo上正亲美英，使他对美国和英国的建议愈加认真。10月上旬，他派张勋的老友阮忠枢前来南京，把外jiāo团的意见委婉地告诉张勋，要他自动辞职，以免引起外jiāo上的更大压力。
张勋正兴高采烈做他的“两江总督”，听了阮忠枢的话，直气得一佛出世，二佛升天，跺着脚说：“我的这个印把子，是拿自己的性命拼来的，袁宫保要怎办就怎办，用不着拿洋人来吓唬我，也用不着劳你的大驾来劝我。”阮败兴而归，把张的一切回报了袁。袁对这位张辫帅也有点伤脑筋，又派李盛铎、刘恩源、钱能训、段芝贵陆续前往南京劝张，接受新命——长江巡阅使。段芝贵最长辞令，他说：“总统确有苦衷，不愿意惹起外jiāo上困难。”然后他传达袁的意旨，请张改任长江巡阅使，他描绘巡阅使在官职上是比都督大一级，都督只管一省的军事，而巡阅使却管好几省的军事。
张果然动心了，同时他也没有能力敢于抗命，于是提出了三个调职条件：一是他在江苏都督任内开支的65万元准予报销；二是调职后请再拨开拔费50万元；三是他奉调长江巡阅使必需有实际的权力，要节制湖南、湖北、江西、安徽、江苏五省的水上警察。
段芝贵把张勋的条件回报给袁，袁毫不考虑便全部接受。12月16日，袁发表了新的人事命令，调张勋为长江巡阅使，任命冯国璋为江苏都督。巡阅使这个官位，在袁最初的意思，也同于屯垦使、检查使之类，徒有空名的大头衔，怎知张勋手中有兵，又预约了条件就职，于是巡阅使这个官位后来竟成为凌驾都督之上，割据数省的大军阀。
在二次革命期间，浙江都督朱瑞是中立的。朱瑞，字介人，武昌起义后，他是清军协统，领导浙军，参加江浙联军攻打南京，负责进攻紫金山，因为没有大pào，所以攻打不下。沪军都督陈英士的参谋丁怀瑾率领沪军先锋队助攻，特自上海讨来pào兵一队，并使用江边pào台，发pào三枚入城，目标地是城内北极阁，恰遇两江总督张人俊、提督张勋及各司道在北极阁会议，闻pào声骇散，不二日，道员江某和英领事奉命悬白旗向革命军要求停战，南京遂告光复。丁怀瑾有诗纪事，中有句云：“两张（即张人俊和张勋）心胆应惊碎，一pào声威欲避难。”
民国成立，朱瑞任浙江都督，二次革命时，朱瑞和云南都督蔡锷都是宣告中立的。
朱瑞虽然保持中立，袁对中立的也要整肃，因此，他于9月25日电令朱瑞克日来京商洽要公。朱奉到电报，乃遄赴北京，换了一套军服，按照疆吏入觐大总统的仪式，在总统府承启处等候召唤。忽然有一个承启官悄悄走到朱身边说：“总统吩咐，朱都督是自己人，不要拘泥形迹，请换便衣来见。”朱听了就站起身要回去换装，又被承启官加以阻止，同时引领他走进一间更衣室，拿出一套现制的狐皮袍子和马褂给朱，朱穿上身，对着镜子一照，简直是“增之一分则长，减之一分则短”，完全好像量了身订做的。承启官恭而敬之地说：“总统知道朱都督初次来京，一定还没有订制，所以先给您准备的。”
朱还来不及说谢字，承启官已把他领到了居仁堂，一个矮矮胖胖须胡皆白的老头子，和颜悦色地坐在大厅的中间，也穿着一套狐皮袍子和马褂，颜色、花样、质料都和朱身上的那套一式一样。朱还是初次谒见袁，他知道这位老头便是威名赫赫的袁大总统，紧张得连话也说不出，那料到这位大总统却像老熟人一样，请他就坐，然后东南西北，海阔天空地胡扯一通，谈到高兴时则哈哈大笑，使得朱慢慢地松弛了紧张情绪。朱正感轻松时，袁突然把话题转到南方讨袁运动，并出其不意地问朱：“介人（朱瑞字）你若是反对我，就应该宣布独立，若是反对敌党，就该明白表示，你宣告中立是何用意？”朱对这问题显现得很为难，一句话也答不出来。袁看出朱很窘，马上用别的话岔开，脸上也一直和善而亲切，好像对朱中立这问题毫不介意，谈到末了，站起身来说：“你应该早点回去，地方治安要紧。”