7月10日孙中山率领应瑞、应琛两舰到汕头，13日派章炳麟先到广州接洽。广东内部虽然复杂，可是对孙中山仍然欢迎。因此孙便于7月17日到广州，广东督军陈炳焜和省长朱庆澜都到江岸欢迎。且在huáng埔公园举行了欢迎大会。
孙中山在欢迎大会发表演说，揭破了复辟是北洋军阀所布置的政治圈套，他说：
“段祺瑞引用段芝贵、倪嗣冲这些复辟派做讨逆军统帅，以逆讨逆，忠jian不分。今天的中国，不是复辟与共和之争，而是真共和与假共和之争。今天真复辟者少，假共和者多。”
这真是一针见血的话。
7月22日程璧光和海军第一舰队司令林葆怿自吴淞率领所属舰支开赴广东，唐绍仪、汪兆铭、伍廷芳等同行。就是这一天，他们由海军舰队发出宣告，通电自主，他们提出佣护《约法》，恢复国会，惩办祸首三项主张。并称自《约法》失效，国会解散之日起，一切命令无所根据，应视为无效，亦不承认发布命令之北京政府。
孙中山与驻沪海军是事先约好的，海军第一舰队南下护法，这使段祺瑞在北京大为震动。段内阁为了紧急应变，立即调升第二舰队司令饶怀文为海军总司令，并以林颂庆为第一舰队司令，杜锡珪为第二舰队司令。7月25日段内阁并发表广东省长朱庆澜和广西省长刘承恩对调。朱庆澜以广东自主为理由，拒绝接受这个命令。
广东在当时的西南，是政治和军事中心，不过广东内部的情势很不稳，虽然不像四川那么表面化，可是也是极复杂。段祺瑞对广东是采取一方面自外面施加压力，一方面在内部制造分化，利用地方派军人的排外主义，企图制造广东内部主客两军互相混乱，使北洋军能乘虚而入。当时北洋派势力已占领了福建和江西，这两省和广东毗连，段打算拿这两省当作进攻广东的跳板，同时从海道运兵在广东沿海地区登陆。段这个计划受阻于江西，因为江西督军陈光远是直系，直、皖两系对于向南方用兵意见不一致，所以后来段乃派兵取湖南另开一条取广东的路线。
广东内部一直不稳，几种势力明争暗斗。桂系军人陈炳焜是广东督军，自居于统治者地位，但是省长朱庆澜也有兵权，他统率警卫军及地方派军人。他们之间是对立的，督军和省长对立，桂系军人和广东地方派军人对立。另外，在北江还有滇军两师兵力驻防，由李烈钧率领，是国民党的基本武力。广东地方派军人有时和国民党联合以对抗桂系，有时又在南方与北方之间、国民党和桂系之间摇摆不定。
两广是在督军团叛变和国会被解散时宣称“自主”的。北京复辟时，桂系便高唱出兵，不过实际上却没有行动，主要是想利用时机以统一广东的军权。驻粤滇军以及朱庆澜所属的警备军也想北伐，但是桂系不肯给予军事装备。李烈钧事后曾指责陆荣廷，说他故意躲在家乡武鸣装病，坐失北伐良机，让段祺瑞重登政坛玩弄一切。
广东的桂系既然是统治者，对于滇军和地方武力便吝不予军费，bī得驻防各县的地方军纷纷就地筹饷。朱庆澜以省长名义发行救国公债，滇军则提印花税甚至扣留鸿安公司的鸦片以充军费。桂系便以此为理由打击滇军和朱庆澜。
桂系所搞的自主，完全是一种投机手段，他们认为自主是半独立，在半独立情形下，他们采取联冯倒段的策略。因为是半独立，对于北京政府的命令便根据自己的利益来决定应付办法。陈炳焜在孙中山到广州后不久即赶到梧州请示陆荣廷应该如何应付，陆认为抗拒孙会惹大反感，首先应该排斥朱庆澜而把地方武力夺过来。陈返穗后即照陆意思做，策动肇阳罗镇守使李耀汉驱逐朱，以省长职位饵李。朱在李耀汉的压迫下向省议会辞职，并要求准予将省长亲军20营jiāo给陈炯明接管，这批亲军朱是从龙济光手上接收过来的，当时有兵额40营，接收后编为省长直辖的地方保安部队，其后被陈炳焜分出20营，余下的编为“省长亲军”，由陈炯明为司令。朱去职时打算把这批亲军改编为海军陆战队，仍以陈炯明为司令，名义上则属于程璧光的海军节制以免落入桂系手中。
8月26日朱庆澜把省长大印jiāo给省议会，根本不理睬陈炳焜就去了香港。陈大为愤恨，当天在布告中说他是“私人出走，有心扰乱治安。”
8月28日广东省议会选举胡汉民继任省长，这种选举并不合法，可是广东既已经自主也只有从权了。省议会选胡的理由是因为胡做过第一任广东都督。可是桂系当然是持反对态度，因此陈炳焜派人到省议会抢了省长大印，且以督军命令接收了省长亲军。另一方面陈炳焜早已向北京政府保举李耀汉为广东省长。段内阁对于这个自主的省区竟承认北京政府的人事任命大权，实在喜出望外，他巴不得桂系和国民党矛盾扩大，所以北京政府于8月31日正式命令李耀汉为广东省长兼肇阳罗镇守使。在国民党来说，当时最重要的工作是召集非常国会，因此自不愿在省长问题上与桂系闹翻，宁愿拿省长来jiāo换桂系对组府问题不加gān涉。于是胡汉民便向省议会辞谢省长，举李耀汉为代，省议会乃举李为省长。
这期间，国会议员在孙中山邀请下已纷纷南下，8月中旬，国会议员到广东的已有130余人，多数为国会中的政学会、益友社、民友社三系议员。8月18日孙中山在huáng埔公园欢宴他们，席间大家决定贯彻护法主张，组织护法政府。19日国会议员们发出通电云：
“民国不幸，祸患频仍。倪逆称兵。国会被毁。张贼复辟，国体动摇。造乱之徒乘机窃政，托名讨贼，推翻《约法》，擅立政府，易置总统。执法以绳，厥罪为均，又复叠逞狡谋，围湘窥蜀，输兵南下，其势骎骎，凭借北洋，压制全国，充类至尽之义，吾民宁有噍类之存？所幸诸公独持正义，兴师讨贼，信誓在人，救我黔黎，定兹国难，公等之责，吾民之望也！同人等或受国民之托，职务未终；今被国贼之驱，责任难弃；用依《约法》自集于粤。人数未满法定，本难遽行开会。惟念时局之危，间不容发，西南散处，意志辄殊，对外则冯、段宣战，我将何以处德、奥？对内则huáng陂孤陷，我将何以设政府？凡兹重要，亟待讨论。爰绎主权在民之则，师法人国变之例，特决定本月廿五日于广州开非常会议，以谋统一，以图应变。区区之意，如斯而已。”
《国会非常会议组织大纲》于6年8月29日在广州议决公布：
第一条：国会非常会议，以现任国务议员组织之。
第二条：国会非常会议之议事，以参众两院议员会合行之。
第三条：国会非常会议至内乱戡定，《临时约法》之效力完全恢复时为止。
第四条：国会非常会议非十四省以上之议员列席，不得开议。蒙古、西藏、青海、华侨各选区以省论。
第五条：国会非常会议之议事，以列席过半数议决之。
第六条：国会非常会议之正、副议长，就现任两院正、副议长内推定之，正、副议长均有事故时，得选举临时议长。
第七条：国会非常会议得设各委员会。