第八条：军政府组织大纲，由国会非常会议制定，并宣布之。
第九条：国会非常会议于军政府有jiāo议事件，或由六省以上之议员联合提议时，得随时开会议决。人民请愿事件经委员会审查后，得提出议决之。
第十条：本大纲有议员四十人以上之连署，得提议修改，以列席议员三分之二以上议决之。
第十一条：本大纲自宣布之日施行。
8月31日非常国会通过《中华民国军政府组织大纲》，并宣布如下：
第一条：中华民国为戡定叛乱，恢复《临时约法》特组织中华民国军政府。
第二条：军政府设大元帅一人，元帅三人，由国会非常会议分次选举之，以得票过投票总数之半者为当选。
第三条：《临时约法》之效力未完全恢复以前，中华民国之行政权。由大元帅行之。
第四条：大元帅对外代表中华民国。
第五条：大元帅有事故不能视事时，由首次选出之元帅代行其职权。
第六条：元帅协助大元帅筹商政务。
元帅得兼任其他职务。
第七条：军政府设立各部如左：
一、外jiāo部。二、内政部。三、财政部。四、陆军部。五、海军部。六、jiāo通部。
第八条：各部设总长一人，由国会非常会议分别选出咨请大元帅特任之。
前项选举，以得票过投票总数之半者为当选，但遇总长缺位未经选举以前，大元帅得为署理之任命。
第九条：各部总长辅助大元帅执行职务。
第十条：元帅府及各部之组织，以条例定之。
第十一条：军政府设都督若gān员，以各省督军赞助军政府者任之。
凡有举全省兵力宣布与非法政府断绝联系者，依前项之规定。
第十二条：本大纲至《临时约法》之效力完全恢复，国会及大总统之职权完全行使时废止。
第十三条：本大纲自宣布之日施行。
9月1日非常国会根据军政府大纲选举大元帅，孙中山在91票中以84票当选，次日补选元帅二人，陆荣廷以76票，唐继尧以93票当选。
9月10日军政府宣告成立，孙中山就大元帅职。非常国会并选出唐绍仪为财政总长、伍廷芳为外jiāo总长、孙洪伊为内务总长、张开儒为陆军总长、胡汉民为jiāo通总长。孙中山并以大元帅名义任命李烈钧为参谋总长、林葆怿为海军总司令、方声涛为卫戍总司令、李福林为亲军总司令、章炳麟为秘书长、许崇智为参军长、李耀汉为筹饷总办。
护法政府并未得到西南军人的支持，云南唐继尧不理不睬，而桂系陆荣廷更为冷淡。
非常国会选出唐继尧为元帅后，9月8日唐来电不受元帅，非常国会和孙大元帅都去电劝勉，同时派章炳麟为劳军使，携带元帅印前往昆明，请唐接受。
不久孙中山又发表唐继尧为川、滇、黔三省靖国军总司令，唐态度仍不合作，甚至滇军师长张开儒被护法政府派为陆军总长，也不就职。
在非常国会选出陆荣廷为元帅的当天，陆致电非常国会表示自己的政见，反对另组政府，主张黎元洪总统复职，同时通电全国声明“以后广东发生任何问题，概不负责”。
非常国会对陆这个态度未敢谴责，且于9月3日补作一项决定，迎接黎元洪南来继续执行职权，孙中山也通电表示迎黎的态度。
桂系的广东督军陈炳焜则表示另一种态度，他于9月8日招待广州报界，解释自己的立场，他说：“冯代总统的地位是合法的，段内阁的地位是非法的，所以我们反段不反冯。”至于在广州组织军政府问题，他说，“我不能表示赞成的态度，也不愿采取gān涉的态度，但是广东人民不能担负军政府和非常国会的经费开支。”
护法的军政府是设在广州的huáng埔公园。当时南来的国会议员可分为三大系，即（一）政学系，（二）益友系，（三）民友系。政学系自称为旧国民党系的稳健派，其领袖李根源是拥护岑chūn煊的，岑和陆荣廷有部属关系，而岑、陆又和李根源有护国时期在肇庆军务院的关系，云南唐继尧亦因这种关系而有瓜葛，因此政学系在云南和广西占有人和之利。政学系内分为两派，一派是南关五十号，由杨永泰出资组织，为民主政学系之一部分，约有30余议员，拥岑chūn煊为领袖，重要人物有章士钊、冷遹、张耀曾、谷钟秀、杨永泰、徐傅霖、李肇甫、文群、孙光庭等。一派是石行会馆，系由李根源竭力组成，约占70余议席，利用漠不相关之莫荣新为傀儡。两派主张完全一致，在南方称为主和派，与民友社的主战派对立。
益友系就是益友社，为旧国民党系嫡派中的温和派，其机关原为“褚寓”，主张采进步的唯民的倾向，态度温和，是政学系和民友社中间的调和人，也是非常国会中的多数党，议席近300人。以吴景濂、褚辅成、王正廷等为领袖，这三人中吴为众院议长，褚为副议长，王为参院副议长。
民友系就是民友社，是旧国民党中的急进派，在国会中为最硬派，故有主战派之称。
其机关部原为照霞楼，在旧国会中为唯一激烈派。其包含的分子有（一）同盟会嫡派，以林森、谢持、马君武、丁象谦、居正、田桐等为中坚，（二）韬园俱乐部以孙洪伊为首，（三）为共和派。
在非常国会中，政学系人数虽不多，可是最能翻云覆雨，其他还有新新俱乐部系，系新补两院议员的集团，在非常国会中议席近200人，其政治见地虽随个人之历史与地位而不同，但大多数和益友社系较接近，其党纲采全体合议制，著名人物有张知本、何陶、尹成福、刘云昭、赵中鹄、孔昭成。
内中倾向褚寓的有60名，倾向照霞楼的约50名，倾向政学会的约60名。此外还有蒙古议员俱乐部、文社、广东议员俱乐部、广西议员俱乐部、云南议员俱乐部等五小政团。
原来国会议员南来参加护法的只有100余人，召集正式国会不足法定人数，乃借用民国2年议院法第七条“议员于开会后满一个月尚未到院者，应解其职”之规定，把没有南来的参、众两院议员解职，然后由候补议员递补，凑足法定人数。
护法军政府成立后，段祺瑞要下命令通缉孙中山和非常国会议长吴景濂，冯国璋不肯发表命令，因此由北京检察厅以“背叛民国”罪提起公诉，由司法机关行文全国，通缉孙中山。段不满意，至9月29日，冯终被迫下了通缉令。
护法军政府也下令通缉段祺瑞、梁启超、汤化龙、倪嗣冲四人以资报复。
北洋军阀史话
一二四、段祺瑞在湖南碰壁
段祺瑞第二次组阁后，一心要完成他武力统一中国的美梦，这是他想超越袁世凯的一个野心，这个野心，尤其在借款有着落后更为积极。他的敌人是西南军人，西南包括云南、贵州、四川、广东和广西五省。段的用兵计划准备由四川进攻云南和贵州，由湖南进攻两广。湖南距离北洋派的占领区最近，本身实力又不qiáng硬，是一个假道的理想地带。段打算由湖北、江西两路夹攻湖南，他原打算派吴光新为湖南督军，可是吴表示愿意向四川方面发展，于是段乃决定调淞沪护军使、第十师师长卢永祥为湖南督军。其后因为段拟议中要段芝贵继任江苏督军一案行不通，乃不调走卢永祥。这时候湖南人唱出“湘人治湘”的口号。在北京的湖南著名人士，如熊希龄、范源濂等也主张湘人治湘，维持现状，反对北军入湘，加以谭延闿以湖南省长而兼督军，颇得湖南人们的拥戴。