所以，当时最好的统治方式就是武士掌握实权，天皇临朝不理政，就像以前镰仓幕府时代、藤原氏摄关政治时代一样。后醍醐天皇却看不明白，在最不应该得罪人的时候，把能得罪的人都得罪了，恰恰跟清朝末年清政府gān的蠢事一样。
武士们在幕府被消灭之后，群龙无首，恩赏没能实现，土地所有权又不被天皇承认。建武新政实行了仅仅一年，镰仓幕府的余党就发动了叛乱，席卷关东各州。足利尊氏和他的弟弟足利直义，不待天皇旨意，私自以平叛为名杀回关东，很快平定了北条氏的余党，然后以镰仓为根据地，不经天皇同意，事实上建立了日本历史上的第二个幕府——室町幕府。
室町幕府建立之后，足利尊氏自封为征夷大将军，管理东国，公开跟天皇叫板了。天皇也无计可施，只能静观待变。而新田义贞除了对天皇不满，更不满的是足利尊氏。他觉得足利尊氏没有他的功劳大，反而比他位置高，对足利尊氏羡慕嫉妒恨。看到足利尊氏公开反叛朝廷，他向天皇表示愿意出兵讨伐足利尊氏。
天皇非常高兴，任用新田义贞为御前近臣。不料新田义贞色胆包天，竟然去勾引天皇宫中的女侍。天皇发现后，并未加罪，还把这个女侍做了个顺水人情，赏给了新田义贞。女人如衣衫，兄弟如手足，这个时候需要的是大将，不能因为女人伤了和气，新田义贞对天皇更加感恩戴德。
天皇任命新田义贞为主将率兵征讨镰仓地区的足利尊氏，被足利尊氏打得大败。足利尊氏为了取得合法地位，找到了被后醍醐天皇废掉的光严上皇，要求光严上皇下达讨伐新田义贞的院宣。光严上皇乐得如此，下了院宣。这样一来，足利尊氏就不再是朝敌了，而变成了官军。
两边都是官军，互相宣布开除对方朝籍，互相宣布对方是叛匪。
楠木正成以死报国
足利尊氏率领大军直抵京都，后醍醐天皇只好逃到比叡山里投奔僧兵去了。好在后醍醐天皇逃离京都是轻车熟路，这事儿他gān了不止一回两回。这是建武三年(1336年)，天皇新政搞了不到三年，就被手下大将打到山里去了。
后来新田义贞和楠木正成合兵，总算是打败了足利尊氏，把足利尊氏逐出了京都。后醍醐天皇又回宫了，双方展开了拉锯战。
在拉锯过程中，楠木正成跟天皇讲：“足利尊氏新募兵将，连连得胜，其锋甚锐。我方如果以疲惫之师去格斗，没有胜算。所以不如请陛下退到比叡山中，让贼众占据京都，我到河内国去断绝贼兵粮道。这样的话，贼兵日散，我兵日聚，可以夹攻敌人，一举破敌。”楠木正成毕竟是百战名将，提出的主张非常可行。可惜后醍醐天皇不懂军事，听了一个酸腐公卿的话，认为王师有天助，要求跟敌人堂堂正正展开决战，命令楠木正成去援助新田义贞跟足利尊氏决战。
楠木正成万般无奈，拜别天皇之后，跟他十一岁的儿子楠木正行讲：“你现在已经超过十岁了，你要记住我的话，这次战役系天下之安危。恐怕我再也看不到你了，倘若我战死，那一定就是足利氏的天下，你千万不要降敌。咱们族中只要还有一个男子，你就带着他们到金刚山去反叛足利氏，以身殉国，有死无他。”
楠木正成解下天皇御赐的宝刀，jiāo给自己十一岁的儿子。儿子要跟他同去，被他拒绝了。楠木正成到了前线，跟新田义贞汇合，俩人知道己方兵微将寡，与足利尊氏正面对抗，乃是求死之道，所以俩人喝了一夜的诀别酒。
第二天，新田义贞率三万人马抵抗足利水军。正成更可怜，手里只有七百人马，却要面对足利号称五十万的陆军，很快被敌军包围。正成勇武绝伦，跟常山赵子龙一样，浑身是胆，在敌军中七进七出，几次冲到足利尊氏的弟弟足利直义马前，但是都被敌兵打散。
正成兄弟只剩下七十三骑，本来可以突围逃走，但是正成决心以死报国，报效天皇，根本不想走。兄弟俩走入民宅，解开身上的甲胄。正成问弟弟正季：“你死后有什么打算?”正季回答：“我愿意七生人间，以杀国贼。”
楠木正成殉国
兄弟俩诀别之后，取出利刃对刺而死。
一天二帝南北京
楠木正成一死，新田义贞大败。后醍醐天皇眼见大势已去，诈降了足利尊氏，足利尊氏扶持光严上皇复位。可是光严上皇厌倦了人世的纷争，让位给自己的弟弟光明天皇。
后醍醐天皇还是拒绝jiāo出三件神器，利用自己最熟练的逃跑技巧，暗地里又逃出京都，到了京都南部的吉野重建朝廷。从而形成了京都一个朝廷、吉野一个朝廷的局面，史称一天二帝南北京。日本正式开始进入南北朝时代，天皇家第一次公开地分裂了。
楠木正成死后，他的儿子楠木正行闻讯之后痛哭流涕，拔出父亲留下的宝刀就要自刎。不愧为楠木正成之后，年仅十一岁就这么刚烈。但他妈妈看见之后夺下宝刀，跟他讲：“你怎么这么糊涂，怎么可以如此轻率地殉葬?你应该继承父亲的遗志，讨国贼，报父仇。”
楠木正行听罢，恍然大悟，立刻断了自杀的念想，更加坚定了报仇的信念。他听说后醍醐天皇到了吉野，就赶去迎接。天皇大喜，一看忠臣之子来了，不顾正行年幼，现在来看还是小学没毕业的一个儿童，封他为检非违使、左卫门尉，兼四国守护。后醍醐天皇在吉野建立了据点之后，势力越来越大，把自己所有的皇子都封为大将军，让大家到处发动武装力量，讨伐足利尊氏。新田义贞也是野火烧不尽、chūn风chuī又生，经过一番休整之后，重新投入了讨伐足利尊氏的事业之中。
可惜足利尊氏兵qiáng马壮，势力太大了，几战下来，北朝连连得手，南朝不断战败。新田义贞也在战场上被流箭所伤，自杀身死。接二连三的败报打击之下，后醍醐天皇心灰意冷，把皇位让给自己的儿子，不久便龙驭宾天。
后醍醐天皇是一位悲剧人物，小姐的身子丫鬟的命，一心想要恢复祖业，无奈志大才疏，不但自己一生壮志难酬，还连累了部下很多忠贞之士。
10.室町幕府很搞笑
色情狂祸乱京都
后醍醐天皇死后，南朝更是风雨飘摇，人才凋零。而北朝却谋士如云，猛将如雨，欣欣向荣，两者形成了鲜明的对照。
足利尊氏此时志得意满，老冤家新田义贞、楠木正成全挂了，他认为大敌已除，南朝是苟延残喘，秋后蚂蚱蹦不了几天了。他所拥立的光明天皇，为了讨他欢心，正式任命他为征夷大将军。足利尊氏在京都的室町建立了宅邸，正式建立幕府，后人称足利家的幕府为室町幕府。
室町幕府跟之前的镰仓幕府和之后的江户幕府都不一样，特点是实行两头政治。室町幕府的首领是足利尊氏，但是他手下有两个权势熏天的人物，分掌幕府的两大权力。
一个是他的弟弟足利直义。直义从起兵反抗镰仓幕府，到建立室町幕府，对足利尊氏的作用非常大。直义作为将军的弟弟和建立幕府最大的勋臣，掌握了幕府的行政、司法事务，武士们都把足利尊氏和足利直义并称为两将军。