御肇国天皇是什么意思呢?就是最初治理国家的君主。非常有意思的是，神武和崇神这两个名字是汉风的谥号，截然不同，读音不同，字形也不同。可是按照他们的日本式尊号，始驭天下之天皇和御肇国天皇，虽然汉字表述不同，但是日本话发音是完全一样的。
所以，后人看日本史就震惊了，一个国家怎么可能有两个开国之主?而且就算有两个吧，也不能中间隔这么多代。在中国历史上，只有汉朝，高祖刘邦建汉，世祖光武帝中兴，但毕竟中间被王莽篡了，所以隔了两百多年。元朝太祖成吉思汗，世祖忽必烈，中间隔了三位，忽必烈是成吉思汗的孙子，这两个可以都算开国之君。清朝太祖努尔哈赤和世祖顺治，一个建国，一个入关，中间也就隔了一代而已，顺治是努尔哈赤的孙子。而日本可倒好，第一代和第十代的天皇，中间隔了很多辈，差出好几百年，为什么两个人都是开国天皇呢?
崇神天皇治理国家的时候，瘟疫流行，死者无数，政权不稳，令天皇非常头疼。上古国家，国之大事，在祀与戎，一个是祭祀，一个是打仗。国家疫病流行，人心惶惶，政权不稳，怎么来维稳呢?靠武力是不行的，只能靠祭祀。因此，崇神天皇就去祭祀天皇家的皇祖神，也就是天照大神。几场大规模虔诚祭祀下来，没有任何效果，瘟疫仍在蔓延，这个非常可怕。
崇神天皇十分忧愁，夜不能寐，躺在chuáng上辗转反侧，蒙眬间梦见了一位大物主神，大物主神就和崇神天皇说：你知道为什么现在疾病泛滥，老百姓生活在水深火热中吗?这都是我gān的，老子不高兴，后果很严重!所以这个世上才会出现这样的事儿。崇神天皇一听吓坏了，赶紧跟大物主神说：有什么要求您提啊，我应该怎么做才能让您满意呢?大物主神说：非常简单，你去找一个叫大田田根子的人，只要找到他，让他来祭祀我，天下就会太平。
崇神天皇听了这句话以后从梦中惊醒，回忆起自己做的这个梦，满身冷汗，虽然感到很奇怪，半信半疑，但也不敢怠慢。于是，他诏告天下，要找一个叫作大田田根子的人。还真找着了，崇神天皇立刻驾临当地亲自询问大田田根子，你爹是谁啊?大田田根子说，我爹就是大物主神。
崇神天皇恍然大悟，原来大物主神就是被自己先祖征服的这个地区的主神，赶紧在三轮山建神社祭祀大物主神，并且让大田田根子做主祭。这一招非常管用，不久之后，瘟疫渐渐平息，农事也很快恢复起来，老百姓又开始了安居乐业的好日子。
三轮山是日本古代的神山，在三轮山上修建祭祀大物主神的神社，相当于承认大物主神在日本jīng神领域的地位。崇神天皇这么做，祭祀自己的敌人，祭祀被征服者，是日本史上破天荒的头一次。
怨灵贯穿日本史
崇神不管怎么说都是一代天皇，不是梦到谁都会理会的，那么这个大物主神到底是什么来头，为什么崇神天皇一梦到他便会照他的话去做呢?日本还有一种出云让国的说法，而出云国的统治神是大国主命，那么大物主神和大国主命是什么关系?其实就是一回事儿，根本就是一个人。
崇神这是以大和王朝的名义来祭祀出云的怨念之神，将出云的怨灵镇魂提高到了国家祭祀的高度。也就是说，崇神天皇是在jīng神思想、文化理念上渗入，不惜以整个国家的名义来为出云国的怨灵镇魂，甚至将被征服的出云族的宗教作为日本的国家宗教。
了解日本的历史和文化，有两个很重要的概念，而这两个概念与日本古代政治有着很深的关系。一个是多神，八百万神，天神地祇八百万;再有一个就是怨灵。什么叫作怨灵?日本的怨灵信仰，或者叫怨灵恐惧，认为蒙冤罪而死的人就会成为怨灵。因为含冤而死，灵魂去不了huáng泉，也不愿去huáng泉，就在世间飘dàng。幽灵飘dàng可不是为了旅游，而是为了作祟，制造天灾人祸，诅咒、报复迫害他的对象。有学者甚至认为，日本的历史就是怨灵的历史，日本的宗教就是怨灵信仰的宗教。怨灵镇魂是日本人最基本的jīng神构造，贯穿着整个日本历史。
作为征服者认同被征服者的文化，这一点就非常有意思了。欧洲历史上日耳曼蛮族灭了罗马帝国，但日耳曼蛮族的君主全部皈依了基督教。中国历史上五胡乱华，辽、金、西夏乃至元、清入主中原，也学习中原的文化，“吾修文物，彬彬不异于中华”，被中华文化所同化，这种事例很多。从某种程度上讲，日耳曼蛮族的文化确实不如基督教文明先进，而中国北方游牧民族的文明程度也比当时的中原王朝发展水平要低，所以他们认可手下败将的文明还能理解。但是日本大和王朝的文化并不比被征服者的文化水平低，它能够放下身段来主动认可被征服者的文化，这个是很了不起的一件事情。
为什么日本会出现两位开国之皇，就是因为神武天皇是用武力统一了日本，而崇神天皇确立了日本的宗教和意识形态，日本人认为单凭武力是不能完成日本的统一的，只有确立了支配日本国家的基本宗教才能确立建国的基础。
可惜崇神天皇的后代子孙们，包括日本的政治家们在这一点上比起他们的祖先来智慧就差得太远了，过于迷恋武力而忽视了宗教和文化的作用。
中日历史不同步
日本的历史从神武天皇往后一千年，大概都是神话传说和后人编纂的伪史，荒诞不经。
到了公元3世纪左右，中国的史学家陈寿著的《三国志》里对日本才有了若gān比较明晰的记载。陈寿的《三国志·魏书》里有《倭人传》，里面对倭国有这样一段记载：“其国本亦以男子为王，住七八十年，倭国乱，相攻伐历年，乃共立一女子为王，名曰卑弥呼，事鬼道，能惑众，年已长大，无夫婿，有男弟佐治国。自为王以来，少有见者。”
《三国志·魏书》成书的年代大约在3世纪后半期。据陈寿的记载，卑弥呼跟曹魏有联系，应该是在3世纪前半期。陈寿的记载应该是比较准确的，说卑弥呼曾经派遣使者到魏国朝见了魏明帝曹叡，曹叡封她为亲魏倭王。但非常奇怪的是，在日本的历史中找不到这位卑弥呼女王，而日本历史上第一位女天皇是卑弥呼之后三百年才出现的。有关这段历史，中日双方的记载就不能同步了。
但是日本跟中国发生jiāo往确实很早，据《后汉书·光武本纪》和《后汉书·东夷传》记载，早在汉光武帝时期，当时倭奴国就曾经遣使朝见汉光武帝，汉光武帝赐给倭奴国王一方金印，印文为“汉倭奴国王”。这方印在18世纪被一个日本农民挖掘出土，献给了幕府，得到了二十两银子的赏赐。当时的二十两银子大概相当于今天的六亿日元，可见这方印在当时幕府的眼里是非常宝贵的。这方印现在保存在日本北九州福冈的博物馆里。
日本跟中国往来频繁的时代就是所谓的倭五王时代。根据中国史书《宋书·蛮夷传》中对倭国的记载，5世纪到6世纪初，日本先后受到五位国王的统治，分别是赞、珍、济、兴、武，而这五王从5世纪初到5世纪中后期，先后九次遣使到南朝奉表称臣。这段时期在日本历史上被称为古坟时期，当时的国王死了以后用高坟大冢来埋葬，有的坟冢比埃及的金字塔还要大，最大的就是仁德天皇的坟墓。