但曾国藩很快就发现，日课固然能使他认识到自己的毛病，但在改过上并无很大助益。诸如溺情于围棋，好动不好静，对人言不由衷，好名好作诗，读经jīng力不集中，心有旁骛种种毛病，日日自查日日有，近一个月下来，戒掉的只有抽水烟这一项。他向倭仁请教，得到的答复是，要有耐心，以今日之我战胜昨日之我绝非易事。孔子之“大德不逾闲”，即便是圣人也难以完全做到。孔门高第颜回可以三个月不违仁，这是不可学的。即使“日月之至”的境界，亦非圣贤不能，“我辈但宜断断续续求其时习而说。”唐鉴则告诉他，“最是‘静’字功夫要紧，大程夫子是三代后圣人，亦是‘静’字功夫足。王文成亦是‘静’字有功夫，所以他能不动心，若不静，省身也不密，见礼也不明，都是浮的。总是要静。又曰：凡人皆有切身之病，刚恶柔恶，各有所偏，溺焉既深，动辄发现，须自己体察所溺之病，终身在此处克治。”
显然，天性不可克制，即使后天养成的陋习，也绝非短时间内可以祛除，急功近利不可行，修身要求的是终身的实践。行有不得，反求诸己，日课两月之际，曾国藩再作反省：“自立志自新以来，至今五十余日，未曾改得一过，所谓‘三戒’、‘两如’及静坐之法，养气之方，都只能知，不能行，写记此策，欲谁欺乎?此后直须彻底涤dàng，一丝不放松。从前种种，譬如昨日死;以后种种，譬如今日生。务求息息极静，使此生意不息，庶可补救万一。慎之，勉之!”倭仁加上的批语是：“力践斯言，方是实学。”97
但说归说，做归做，只过了一夜，他又故态复萌。先是晏起，而后“赴何子贞饮约。……酒后，观人围棋，几欲攘臂代谋，屡惩屡忘，直不是人!……至岱云处，与之谈诗，倾筐倒篋，言无不尽，至子初方归。比时自谓与人甚忠，殊不知已认贼做子矣。日日耽著诗文，不从戒惧谨独上切实用功，已自误矣，更以之误人乎?”是日，倭仁批语的分量也加重了：“我辈既知此学，便须努力向前，完养jīng神，将一切闲思维、闲应酬、闲言语扫除尽净，专心一意，钻进里面安身立命。务要另换一个人出来，方是功夫进步，愿共勉之!”98
到了十二月初七，冯卓怀重立功课，而曾国藩“自十月朔立志自新以来，两月余渐渐疏散，不严肃，不谨言，不改过，仍故我矣”。于是向好友看齐，再立课程如下：
敬整齐严肃，无时不惧。无事时心在腔子里，应事时专一不杂，如日之升。
静坐每日不拘何时，静坐半时。体验来复之仁心。正位凝命，如鼎之镇。
早起黎明即起，醒后勿沾恋。
读书不二一书未点完，断不看他书。东翻西阅，徒徇外为人。每日以十页为率。
读史丙申购廿三史，大人曰：尔借钱买书，吾不惮极力为尔弥缝。尔能圈点一遍，则不负我矣。嗣后每日点十页，间断不孝。
谨言刻刻留心，是功夫第一。
养气气藏丹田，无不可对人言之事。
保身十月廿二奉大人手谕曰：节劳，节欲，节饮食。时时当作养病。
日知所亡每日记《茶余偶谈》二则，有求深意是徇人。
月无忘所能每月作诗文数首，以验积理之多寡，养气之盛否。不可一味耽着，最易溺心丧志。
作字早饭后作字半时，凡笔墨应酬，当作自己课程。凡事不可待明日，愈积愈难清。
夜不出门旷功疲神，切戒切戒。99
课程虽立，可从日记中看，曾国藩依然故我，“每日悠悠忽忽，一事未作。”甚至到了十六日，听说菜市口行刑，即欣然随人前往观看，“仁心丧尽，比时悔之而不速返。徘徊良久，始归。旷日荒谬至此，尚得为人乎?……复走子贞处，无事夜行，心贪嬉游，尚说甚学!又围棋一局，要日课册何用?”100转过年来，甚至日课也坚持不下去了。正月初九方补记初五以后之事，“所以须日课册者，以时时省过，立即克去耳。今五日一记，则所谓省察者安在?吾谁欺乎!真甘为小人，而绝无羞恶之心者矣。”101次日早起，他忽然吐血数口，联系到不时出现的耳鸣、眼蒙等症状，102曾国藩归因于气血素亏，思虑过度，不能静养。决定遵从父亲的嘱咐，节劳节欲节饮食，所谓节劳，就是“寡思虑”，不能太用功。
截至三月初，朋友“问余(日)课册，予但有日记而无课，闻之不觉汗下”。103实际上，此后他虽然还在每日日记中自省，可日课一事已名存实亡了。三月初十大考翰詹，曾国藩名列前茅，引见之后擢升翰林院侍讲，又于五月得四川乡试考差，一去近半年。之后公事渐繁，他也就不再有时间jīng力从事日课了。
在与天性和嗜欲的这场战争中，曾国藩败下阵来，做圣人虽不成，但绝非一无所获。俗谚：人贵有自知之明，自知之明从何而来?自省也。从曾国藩以后的日记中可以看出，这一段日课的经历使他养成了自省的习惯，并贯彻终生，受益终生。人不怕有毛病，怕的是有毛病而不自觉，若要自觉，则自省的功夫必不可少，它是个人修身与砥砺自新的前提。许多人难于进步，就在于他们不懂得自省，从而陷溺于嗜欲本能之中难以自拔，浑浑噩噩地虚度了一生。
但在学问上，曾国藩大有进境。“公为学研究义理，jīng通训诂，为文效法韩欧而辅益之以汉赋之气体。其学问宗旨，以礼为归。尝曰：古之所为经世之学也，学礼而已。于古今圣哲自文周孔孟下逮国朝顾炎武、秦蕙田、姚鼐、王念孙诸儒，取三十有二人，图其像而师事之。自文章政事外，大抵皆礼家言。”104李鸿章所论，有一事不确，即所谓“jīng通训诂”。曾国藩虽亦涉猎汉学，然自云：“数年看《说文》，总无心得。”105
曾国藩为学的另一大特点，在于无门户之见，故能兼收并蓄，融会贯通而自成一家。对于当时汉学崇尚考据、颜李倡导力行，曾国藩认为都有矫枉过正之弊，他们对于理学的批判，因门户之见而失于偏颇，因噎废食，不足为法。106道光二十六年夏秋之jiāo，曾国藩病肺热，僦居城南报国寺静养，与好友刘传莹相与问学。其时，曾国藩已脱出初学时的藩篱，对学术有了自己的主见。“公尝谓近世为学者，不以身心切近为务，恒视一时之风尚以为程而趋之，不数年风尚稍变，又弃其所业，以趋于新。如汉学、宋学、词章、经济，以及一技一艺之流，皆各有门户，更迭为盛衰，论其原皆圣道所存，苟一念希天下之誉，校没世之名，则适以自丧其守，而为害于世。公与刘公传莹讨论务本之学，而规切友朋，劝诫后进，一以此意为竞竞焉。”107
刘传莹，字椒云，湖北汉阳人，时为国子监学正，于汉学尤其是考据、舆地之学深有造诣，但无汉宋门户之见。“刘君之为学，远师朱子，近法顾氏(指清初大儒顾亭林)，以义理为归，而考之实事，不尚口辨，不驰声誉，并世辈流，殆罕其匹。”108两人对学问的看法，深相契合。巧合的是，报国寺前有座祭祀顾亭林的祠堂，而顾氏亦深通考据、舆地之学而无门户之见。所谓“务本”之学，是相对于追随cháo流的“风尚”之学而言的，指的是自孔孟程朱至国朝大儒之学。不知是否从这时起，顾亭林成为曾国藩心目中的偶像，109但顾氏倡导学以致用，转移风气，陶铸人才及“以天下为己任”的志愿，肯定震撼了他，感动了他。“转移习俗而陶铸一世之人，非特处高明之地者然也。凡一命以上，皆与有责焉者也。”110“一命”者，古时对小官的称呼，意为凡身任公职者，都负有率先垂范以转移风俗，陶铸人才的责任。钱穆先生称，此即曾氏毕生学术之所在，亦即其毕生事业之所在。111别具慧眼，真正抓住了曾氏学术的本质。