再次，严复主张改变传统的教育结构，引进西方的教学内容和教学方法，使中国的教育渐次走向近代化。
严复认为传统学校已腐朽不堪，弊端百出，不能适应富国qiáng兵的需要，造就新人才。他说：“至于吾民，则始亦无论学校已废欠矣，即使尚存如初，亦不过择凡民之俊秀者而教之。至于穷家之子，编户之氓，则自襁褓以至成人，未尝闻有敦教之者也。”[58]整个学校教育趋向保守，毫无新的刺激，因此“师无所为教，弟无所为学，而国家乃徒存学校之名，不复能望学校之效。”[59]虽曾有所变动，但“其所课者，仍不离乎八股试贴，或诗赋杂体文。”[60]为更新教学内容，严复主张加重自然科学在教学内容中的份量。他说：“格致之学不先，偏僻之情未去，束教拘虚，生心害政，因无往而不误人家国者也。”[61]他还援引日本为例，“日本年来立格致学校数千所.以教其民，而中国忍此终古，二十年以往，民之愚智，益复相悬，以与逐利争存，必无辜矣。”[62]日、中在教育内容改革所呈现的差距，导致了国民智力相差悬殊的结果。在当时科举之风尚盛的情况下，严复极其重视自然科学的学习，这是难得的先见之明。
输入近代西方的自然科学，其必不可少的一条途径就是学习西文。然而，“自中土士大夫欲通西学，而以习其言语文字为畏途，于是争求速化之术，群起而谈译书。”[63]鉴于这种情况，严复驳斥了那种想靠他人译书来了解“西学”的懒怠想法，指出：“且西书万万不能遍译，通其文字，则后此可读之书无穷，仅通译书，则读之事与译相尽，有志之士，宜何从乎?”[64]他还特别批评了鄙视学习西文的狭陋之见，“若以通他国语言为鄙事，则东西洋诸国当轴贵人，例通数国语言，而我则舍仓颉下行之字不能读，非本国之言语不能操，甚目直用严谈，援楚国之说以自解，孰鄙孰不鄙，必有能辩之者矣。”[65]以后，严复多次qiáng调学习西方的重要性，“至于十五以后，是必宜使习西文，英、法、德、意择一皆可。其所以必习西文者，用一切科学美术，与夫专门之业，彼话皆已极jīng，不通其文，吾学断难臻极，一也;中国号无进步，即以其文字与外国大殊，无由互换智识之故。惟通其文字，而后五洲文物事势，可使如在目前，资吾对勘，二也;通西文者，固不必皆人才，而中国后此人才，断无不通西文之理，此言殆不可易，三也;更有异者，中文必求进步，与欲读中国古书，知其微言大义者，往往待西文通达之后而能之，此亦赫胥黎之言也，四也;且西文既通，无异入新世界，前此教育虽有缺憾，皆可得此为之补苴。”[66]把是否通晓西文的重要性提到能否走向世界的高度来对待，并断言以后要成为人才，非jīng通西文不可。这在当时不能不说是极富远见的见解。
严复还破除传统禁例，大力提倡女子教育，认为这是中国走向qiáng盛的基础，也是中国教育迈向近代化的重要内容。他说：“中国妇人，每不及男人者，非其天不及，人不及也。自《烈女传》、《女诫》以来，压制妇人，待之以奴隶，防之以盗贼，责之以圣贤。”[67]结果使广大妇女陷入一种愚昧无知，任人宰割的悲惨境地。“故使国中之妇女自qiáng，为国政至深之根本;而妇女之所以能自qiáng者，必宜与以可qiáng之权，与不得不qiáng之势。禁缠足、立学堂固矣，然媒妁之道不变，买妾之例不除，则妇女仍无自立之日也。”[68]为此，严复亲自为《女子教育会》写序，为中国妇女解放摇旗呐喊。
严复的这些思想主张，本质上是要推进中国学术、文化、教育由传统向近代转型，这自然会招来守旧势力的反对，甚至得罪许多人，但他已顾不上这些。他曾感慨报刊文章难做。中国办报三十多年了，“向见各报，其论事也，似是而非，若有若无，确者十一，虚者十九。方怪其何以若是，反其后经于世故者渐深，乃知人间之情伪相攻，爱恶相取，崎山区险阻，不可方轨而驰也。彼之为此，盖有不得不然之道焉。”他自己不愿这样做，宁肯“就吾见闻，敬告天下”，如果一定要八面玲珑讨好，那就宁愿不办报。“则何如无此报馆之为愈乎?”[69]由此不难看出，戊戌维新时期，严复确还保有朝气蓬勃的jīng神面貌。
在戊戌变法的一百多天里，维新派力量颇盛，严复遂被人推荐出山。当时贵州学政严修曾向光绪皇帝奏议，为提拔起用维新人才，应于八股取士的普通进士科之外，另辟一种特别的进士科——经济特科，凡在内政、外jiāo、理财、军事、科技等方面有一技之长的人，无论已任未任，仿照博学鸿词科例，由上层官僚推荐。凡被推荐之人，即可参与考虑，录取后，其地位和安排和普通进士一视同仁。光绪帝采纳了这一建议，遂嘱内外大臣荐举，且令“俟咨送人数汇齐至百人以上，即可奏请定期举行特科。”[70]于是，各地官员纷纷推荐，被荐者二百多人，严复亦是其中一员。推举他的是顺天府尹胡谲芬和詹事府詹事王锡蕃。王称他是“通达时务”的人才，应该“量才器使”。推荐按语如是写道：“北洋水师学堂总办严复，本船政驾驶学生，出洋学习，于西国典章名理之学，俱能探本溯源，jīng心研究，中学亦通贯群籍，著述甚富，水师情形，尤其所熟悉专习。久在北洋供差，奉公之外，闭户寡合，其立品尤为高单。”[71]在这种背景下，光绪帝诏令严复来京觐见。有关两人这次会见的情形，《国闻报》有详细记录：
“上月二十九日严又陵(复)观察蒙恩召见乾清宫，垂询办理海军并开办学堂事，甚为详细。语次，上问：‘本年夏间有人参汝在天津《国闻报》主笔，其中议论可都是汝的笔墨乎?汝近来尚在《国闻报》馆主笔否?’严复对曰：‘臣非该报主笔，不过时有议论jiāo与该报登载耳。’上又问：‘汝所上报之文，其中得意文章有几篇?’严对曰：‘无甚得意者，独本年正月间有拟上皇帝书一篇，其文颇长，当时分作六七日登报，不知曾蒙御览否?’上云：‘他们没有呈上来，汝可录一通进来，朕急欲观之。’严对曰：‘臣当时是望皇上变法自qiáng，故书中多此种语，今皇上圣明，业已见之行事，臣之言论，已同赘旒。’上曰：‘不妨，汝可缮写上来，但书中大意是要变什么法?’严对曰：‘大意请皇上于变法之先，可先到外洋一行，以联各国之欢，并到中国各处，纵人民观看，以结百姓之欢云云。’上微叹曰：‘中国就是守旧人多，怎好?’此外，垂问事甚多，约奏对三刻钟之久。严观察既退，遂回寓，将chūn间登报稿本，上紧修缮，以备进呈，想日内已经御览矣。”[72]这是发生在1898年9月14日的事。事隔一周后，慈禧就发动了政变，严复的上皇帝万言书还未递到光绪帝手里，光绪就被幽禁于瀛台，严复也匆忙赶回天津。
严复的《拟上皇帝书》，言词相对谨慎，他痛沉现状：“臣尝旷观时变，蚤夜以思，既深识大局之自为难图，又大愿陛下之不可不勉，于未变法之前，陛下所亟宜行者三;既变法之后，陛下之所宜先行者四。”[73]未变法前所亟宜实行的三事是：“一曰联各国之欢”，“二曰结百姓之心”，“三曰破把持之局”。为什么要先做这三件事呢?“盖不联各国之欢，则侮夺之事，纷至沓来，陛下虽变法而不暇;不结百姓之心，则民情离涣，士物衰靡，无以为御侮之资，虽联各国之欢，亦不足恃;而不破把持之局，则摇手不得，虽欲变法而不能也。一其事在各国，二其事在万民，而三则在陛下之心。”严复的这封上皇帝书，并没有什么实质性的变革要求，只是一些权宜之计，即使如此，随着戊戌变法的流产，也失去了其见诸实践的机会。