鉴于上述原因，严复只好另找一部介绍达尔文主义的著作，以实现自己的宿愿。有趣的是，赫胥黎的《天演论》却满足了严复的要求。首先，赫胥黎的这部著作以“简短、生动和几乎是诗一般的描述”，论述了达尔文的理论要旨，这便于严复借题发挥。其次，赫胥黎的这部著作着重对人类处境进行探讨。它儿乎涉及了人类思想的全部历史，从古代希腊、罗马的哲学思想到近代西方的各种思想流派，再到古代东方印度的佛教，都被纳入到他的理论框架中加以讨论。赫胥黎的彻底反斯宾塞的基本jīng神为严复提供了一个捍卫斯宾塞观点的绝妙机会。所以，严译《天演论》即由两部分组成：赫胥黎著作的意译和用来反对赫胥黎的斯宾塞基本观点的评注。
赫胥黎反对将宇宙进化的理论运用到社会政治领域，提倡人类伦理观，qiáng调社会的发展并非一个自然进化的过程，而是一个伦理进化的过程。而斯宾塞则认为进化是自然界不争之事实，而人世的仪礼，乃是人类的一种园艺工作，和宇宙发展过程并不相悖。严复赞成斯宾塞的理论，在宗教观、宇宙观、伦理观和社会历史观上表露无遗;不管其态度是维护传统或反传统，他的思想都深深打上了斯宾塞主义的烙印。
在宗教上，严复认为传统佛道或宋儒理学的义理，也就是他所称的“不可思议”与斯宾塞的“不可知论”(Unknowable)相通。斯宾塞认为世界一切复杂、异种、有组织的事物皆来自“不可知”，老子也表示“万物”皆源于“无”。虽然斯宾塞坚持有非人类的理智与语言所可触及的“不可知”，释迦牟尼也声称“奥谛”(Ultimate)乃不可言语，《道德经》开宗明义亦谓“道可道，非常道”。尽管如此，严复还是积极地去探索奥义的存在。
斯宾塞提倡“不可知论”，是表明他已穷尽事物的奥理，因而拒斥一切“可知论”;严复提出“不可思议”，但其观点与斯氏稍有区别。他认为斯氏的“不可知论”即是佛教之涅祭、宋儒理学的“万物本体”，达到了真正的宗教意境。他说“故世人不知，以谓佛道若究竟灭绝空无，则亦何有慕!而智者则知，由无常以入长存，由烦恼而归极乐，所得至为不可言喻。”[37]对他来说，“不可思议”的观念会产生宁谧与慰藉的心情，亦正是他汲取西方思想的一个准则。此时严复的内在世界存在两面性，一面倾向于寻求富qiáng，崇尚活力、斗争、自qiáng;一面又在一种根本否定整个现象世界及其运动的神秘世界里，去寻求对生活痛苦的慰藉和逃避。
须加指出的是，对社会进化论的信仰和佛学的兴趣同时并存的现象，并非严复一人。在他同时代的人物，如康有为、梁启超、谭嗣同、章太炎、王国维等，都对佛学兴趣泱然，虽然彼此动机各不相同，不过似乎有一种动力在驱使他们在儒学之外去寻找依托，作为维系社会伦理的准则。
在宇宙观上，赫胥黎基于伦理的立场，认为宇宙完全漠视生灵万物;同时他也反对传统的基督教，因为基督教无视一个人的价值。同样是人，不应有适者与不适者之分，这正是他与斯宾塞的歧异之处。
严复从神秘的泛神论和社会达尔文主义出发，对赫胥黎的观点作了驳正。当他读到赫胥黎攻击“自然的非道德性”时，他记起了《老子》中“天地不仁，而以万物为刍狗”的一句名言。但19世纪西方人道主义并没有因此反对自然规律，而“老子所谓不仁，非不仁也，出乎仁不仁之数。”[38]老子的恻隐之心并非悲观，而是愉悦，他欲与永恒的“道”同一，而不愿随万物而幻灭。如果个人的生存并不具任何价值，那么赫胥黎反对“不可知论”的论点就不能成立，因此严复不能同意赫氏通过“微观世界的原子去发现无限宏观世界的基因”的论调，愿将斯宾塞的“不可知论”视为宗教、科学的泉源;在科学方面，他承认达尔文的“社会进化论”可以解释人类社会。
在社会观上，严复激烈反对赫胥黎将宇宙和人类进程相分割的观点，他认为“赫胥黎保群之论，可谓辩矣。然其谓群道由人心善相感而立，则有倒果为因之病，又不可不知也。盖人之由散入群，原为安利，其始正与禽shòu下生等耳，初非由感通而立也。夫既以群为安利，则天演之事，将使能群者存，不群者灭;善群者存，不善群者灭。善群者何?善相感通者是。然则善相感通之德，乃天择以后之事，非其始之即如是也。其始岂无不善相感通者，经物竞之烈，亡矣，不可见矣。赫胥黎执其末以齐其本，此其言群理，所以不若斯密塞氏之密也。”[39]在这里，赫胥黎虽然承认“自我主义”(Self
assertion)在人类经济生活中所起的作用，不过他认为这是shòu性的表现，必须以社会伦理的力量加以控制。然而斯宾塞却引导严复把人类自主的本能当作进化的动力而予以特别尊重。严复像斯宾塞一样，认可以社会道德推动群众和个人发挥潜能，实现自我价值，是人类进化必然的现象;他并没有以进化论来反对社会发展的现象，而是以社会存在的事实来确证进化论。
赫胥黎与斯宾塞之间的哲学争端，主要是围绕自然世界和人类社会的关系间题来展开。赫胥黎认为自然过程和社会过程是相互分离的，而斯宾塞则坚持将两者整合为一。他们两人的争议，使严复在思想中产生了许多熟悉的联想，他回忆起中国古代思想家们的争论，荀子和孟子不是也有过类似的争论?赫胥黎认为人类企图在宇宙间建立一套高超的伦理道德体系是徒劳无功的，这一观点颇似中国古代思想家荀子和柳宗元的论调。荀子是一个“性恶论”者，他否认世界有道德的存在。严复曾指出：
前篇皆以尚力为天行，尚德人治，争且乱则天胜，安且治则人胜。此其说与唐刘、柳诸家天论之言合，而与宋以来儒以理属天，以欲属人者，致相反矣。大抵中外古今，言理者不出二家，一出于教，一出于学。教则以公理属天，私欲属人;学则以尚力为天行，尚德为人治。[40]
严复把近代西方和古代中国思想家们放在一起加以讨论，其目的是为了阐明人类思想的共通性，以代替中西文化二分法。他以大家熟悉的事物(中国传统文化)来解释大家不熟悉的事物(西方近代文化)，其动机自然是为了启蒙，因而他使用的大多数术语、词汇本身就和先秦、宋代的思想流派有着内在联系;但他在内在深处，还有一种观念支配他这样，这就是他认为人类思想的共通性不因时空或文化背景不同而有差异。因此，人们没有必要预设理由认为，为什么赫胥黎在某些问题上不应该赞同荀子、柳宗元而反对斯宾塞、老子和朱熹。
人类生存的价值是植根于自然中，还是与自然进程互相冲突呢?这是中西文化都会遇到的问题。斯宾塞虽处在一个新时代，但他如同中国古代的老子和朱熹一样，完全以自然规律为基准。他认为自然中包涵着内在的规律，它自主的发生作用，并对人类领域产生影响。理学家们则认为自然世界表现的乃是一种否定的(negative)、抑制的(inhibitory)伦理观。荀子和赫胥黎不承认自然过程和社会伦理有什么关联，因为自然本身并不是一种道德。斯宾塞则认为人类世界肯定存在“自主的道德”和“正当的权利”，正是为了追求这一切，人类才创造出各种各样的社会结构。