究竟如何把握庄子哲学呢?严复认为应该多视角、多方面探讨，要避免发生像孔子指出的“识其一不知其二”的情况，“一家之术，如神农之并耕，释氏之忍rǔ，耶稣之信无，皆其说至高，而为人类所不可用，所谓识其一不识其二者也”。[39]其意是说，学问再高深，学说再高明，高到没有用处，对人类也就没有什么意义了。
《庄子》是一部富有哲理的著作，严复的评语也带有浓厚的哲学思考意味。哲学是宇宙观。宇宙观是什么呢?严复认为：“宇宙，皆无形者也。宇之所以可言，以有形者列于其中，而后可以指似，使无一物，则所谓方向远近皆亡;宙之所以可言，以有形者变于其际，而后可以历数，使无一事，则所谓先后久暂亦亡，故庄生云尔。宇宙，即今西学所谓空间时间也。空无尽处，但见其内容，故曰有实而无乎处。时不可以起讫然，故曰有长而无本剽。宇者，三前之物，故曰有实;宙者，一互之物，故曰有长。”[40]
宇宙无垠无限，那么天地和自然呢?“天之可推，以有历数，地之可指，以有人据。”[41]这里所谓“天”，指时间，可用历数推算;“地”则指空间，是供人居住，和上述宇宙的含意是一致的。而“天不得不高”，[42]天高，是自然现象，亦即“所谓自然”。至于“天理”的涵义，严复的理解颇带近代意味。“依乎天理，即欧西科哲学家所谓Wemust
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mature”，[43]可见他心中的“天理”，就是自然规律。“依乎天理”，是要求人们按照自然规律生活。“安时处顺，是依乎天理注脚。”[44]违背了自然规律，就会遭到“天理”的惩罚。
关于哲学的两大派，严复明确指出：“屈大均曰，心从知而得，知之外无所谓心也。常心从心而得，心之外无所谓常心也。……庄生之齐物，亦齐之于吾心尔，知心之外无物，物斯齐矣。屈氏所言，乃欧西惟心派哲学。与科学家之惟物派大殊，惟物派谓此心之动，皆物之变，故物尽则心尽，所言实凿凿可指，特惟心学说者，不可不深究也。”[45]人们常说的“鬼神”和“上帝”也是属于唯心论。“世人之言幽冥，宗教之言上帝，大抵皆随其成心而师之之说也。”[46]唯心论虽能满足人们的想象欲，并能激发人们的信仰热情，但却缺乏科学依据。“至其真说，则皆无据。”[47]由此不难看出严复的哲学倾向性是选择唯物论。
“道”、“气”是中国传统哲学的重要概念，也是《庄子》一书着意讨论的范畴。庄子曰：“夫随有情有信，无为无形，可传而不可受，可得而不可见，自本自根，未有天地，自古以固存，神鬼神帝，生天生地，在太极之先而不为高，在六极之下而不为深，先天地生而不为久，长于上古而不为老。”[48]这里的“道”，指的是宇宙本体。由于随心所欲的过分夸张，赋予了“道”以万能的属性，明显带有唯心论的杂质。严复对此评价道：“自夫道有情有信以下，至而比于列星止，数百言皆颂叹之词，然是庄文无内心处，不必深加研究。”[49]对庄子的“道”不以为然，甚至加以否定，认为这是庄子思想不考虑的一面。
关于“气”的解释，庄子的看法是：“人之生，气聚也，聚则为生，散则为死，若死生为徒。吾又何患?故万物一也，是其所美者为神奇，其所恶者为臭腐。臭腐化为神奇，神奇化为臭腐，故曰通天下一气耳，圣人故贵一。”[50]“通天下为一气”的命题，“气”与生死的关系，“气”与万物的关系，事物之间相互转化的关系等，这里的“气”到底是指物质的客观存在，还是jīng神性的概念?严复认为，庄子本义指的是物质属性。“今世科学家所谓一气常住，古所谓气，今所谓力也”。[51]即古代所谓“气”和今人所言“力”相通，两者都具有物质的属性。严复颇为重视这一命题，他进一步指出：“一气之行，物自为变，此近世学者所谓天演，而因人亦以庄子为古之天演家。”[52]“气”是物质变化的原因，由于“气”的存在运行，形成了物质的演变、发展和进化。严复还举空气为例说明，“厉风济，则众窍为虚，非深察物理者不能道。凡有窍xué，其中含气，有风过之上，则xué中之气随之俱出，而成真空，医家吸入器，即用此理为制。故曰：厉风过，则众窍为虚。向解作‘止’，误。”[53]这里的气与风，即是空气，它和“通天下一气耳”的“气”虽有具体和抽象之别，但其内涵都是包含物质属性。
对《庄子》原有的唯物论倾向的观点，严复多次举例说明其正确性，如“秋毫之端”，他评曰“秋毫小矣，乃至其端，乃至端之万分未得处一焉，此算学家所谓第三等微分也”。[54]又如庄子所谓“视之而不见”[55]与老子的“希”、“微”、“夷”等概念，严复评道：“光曜亦自无物，故曰，予能有无。然尚有光，可以目治，故曰，未能无无。”[56]严复的评语是以近代数理科学为基础，对它们重新解释，作出合乎唯物论的注释。
庄子的《齐物论》一篇，包涵对事物本体的认识和认识事物的方法两层意蕴。这一命题可分两组理解：(一)齐物，论;(二)齐，物论。以这种认识论和思想方法，很容易混淆事物的类属差别，混淆事物各自具有的内在本质。对此，严复认为，“物有本性，不可齐也，所可齐者，特物论耳。”[57]事物千差万别各有本性，不能千篇一律，qiáng求划一;但对于事物的认识，却可能取得一致。在这一命题中，严复超越了庄子原著的某些唯心主义观点，步入了唯物主义的轨道。
当然严复的某些评语中也明显含有唯心论观点，如内篇总评称：“由是群己之道jiāo亨，则有德充之符焉。处则为大宗师，《周易》见龙之在田也。出则应帝王，九五飞龙之在天也，而道之能事尽矣。”[58]借用《周易》来为自己论证，实际上还是九五至尊真龙天子传统观念在作祟。
在认识论上，严复的某些评语重复了庄子原著的形而上学观点。例如，“似道之物，皆无始卒。无始卒者，惟环可言，则由是往复周流之事起矣”。[59]对事物的变化作了循环论解释。又如，“夫终身役役，而不成功，不独人道有如是也，而尤然。日月之经天，江河之行地，寒暑之推迁，昼夜之相代，生之万物以成毁生灭于此区区一丸之中。其来若无始，其去若无终，问彼真宰，何因为是，虽有大圣，不能答也”。[60]“天地若同宇宙，则其物固为不可思议，亦不得云自无而有，若其义如此易了，何须费词乎?”[61]对天地万物的奇妙变化“不可思议”，这又明显沾上了不可知论的色彩。按理说，严复所处的时代与庄子已大不相同，严复所具备的科学素养也决非庄子所能比拟，而他所列举的日月、江河、寒暑、昼夜等，在当时也并非“不可思议”，不能解释。严复在认识论上之所以陷入一种“不可知论”