朝日《汉城条约》的签订，并不如李鸿章所愿是“本案已结，当不致另生波澜”;而是日本政府按其既定方针，嗣后要求与清廷展开双边谈判，以讨得更多便宜的开端。日本策动并参与政变，本已理亏，在军事上又是失败的一方，有什么资格向胜利者讨价还价呢?最根本的就是日本人看透了清廷外jiāo政策妥协退让、委曲求全的本质，也把握了正与法国作战的清政府不愿两线作战，力求息事宁人的心理。而日使竹添逃离汉城前留下的一封推卸责任、嫁祸于人的信件，为日本政府提供了所谓的根据。
1884年12月6日(旧历十月十九日)，袁世凯等带兵入宫之前，曾致信竹添说明理由：
敝军与贵部驻此，同系保护国王，昨日朝鲜内乱，杀大臣八九人，现在城内外军民不服，据报告有入宫环攻贵部的说法。弟恐国王再受惊吓，又恐贵部遭受围困，因此才敢率部进宫，一以保护国王，一以援护贵部，别无他意，务请放心，专此奉布。87
信函自辰刻(早7—9时)发出，至末刻(午后1—3时)仍无回信，袁等即于申刻(下午3—5时)带兵qiáng行入宫。实际上竹添早已收到信函，但直到7日，政变已彻底失败后，竹添为推卸责任方复函袁世凯等，声称自己是奉韩王手谕入宫护卫，而昨日“会接手翰，未及拆视，贵国兵队闯入宫门，乱发小枪。弟恐祸及大君主，不得已亦应发小枪，以尽保卫之谊88。”为自己预留退步并嫁祸于人，这是竹添的狡猾之处。
1885年2月10日，日本政府“决意主和”，并派伊藤博文(时任日本宫内卿)、西乡正道为正副使前往中国进行甲申事变善后问题的谈判。日本在谈判开始前，针对清廷的畏战心理，大造中国如不从朝鲜撤军，日本不惜一战的舆论。先声恫吓的同时，伊藤博文又向清驻日公使徐承祖示好，说自己“平素力主中日必须和好的主意，及此次奉命，仍未失其初心89。”此外，日本还请英国驻华公使以调解的名义向清廷施加压力。伊藤途径上海时，还与在沪的法国公使巴德诺会面，刻意制造日法欲联手对付中国的假象。3月11日，清廷任命李鸿章、吴大翨为对日谈判的正、副使，谈判于4月2日开始。伊藤根据政府的指令，提出三项要求：一、清军撤出朝鲜;二、惩处参与事变的清军将领;三、抚恤事变中日方商民。这三条的核心是迫使清军从朝鲜撤军，因为壬午、甲申两次事变中，日本的图谋均因清军的行动而受挫，故把清军的存在视为实现其目的的最大威胁和障碍。
谈判充分反映了当时中国外jiāo的不成熟。首先，在朝鲜已获军事和政治胜利从而具有优势的清廷，没有乘势追究日方的政变责任，提出自己的要求和谈判方案，而是围绕日方的三条反复辩难，放弃了主动权。其次，由于朝廷一开始就抱定了“和”的宗旨，在谈判中只有退让一种选择，以至于每当日方以罢谈回国相威胁时，清廷就不得不做出让步，委曲求全。最后，也是最主要的是，李鸿章主持洋务多年，是当朝重臣中最懂外jiāo的，在谈判中主要靠他拿主意，但因谙于国际公法，以致落入伊藤的圈套而懵懂不觉，对策失误，损伤国体，且贻大患于将来。
起初，对日本的三条，清廷的态度是，撤军一事可以商量，对其他两条则断然予以拒绝。在任命李鸿章为谈判之全权大臣时，即明确电示:“日人欲我惩在朝武弁，断不能曲徇其请”。在谈判开始后亦曾电示：“朝鲜防营并无错误，日使所请惩处，断不可行。中日兵均有伤亡，两毋庸议90。”在谈判相持不下时，伊藤每每以罢谈回国为要挟。4月7日(旧历二月二十二日)，在中日第三次谈判中，伊藤因中方拒绝赔恤日本商民而“词色怫然”，暗示下次再谈不妥即要罢谈返日。其实，中方同意谈判撤军问题，伊藤此行的主要目的可望达到，他是绝不会退出谈判的。但李鸿章却沉不住气了，担心谈判破裂，引发战争，故于次日向清廷建议：“议处营官、赔恤难民两层，纵不能悉如所请，须求酌允其一，捭得转场而固和局。”李认为，“日人最贪小利”，而“即使加恩优恤，谅不过数万元91。”总署遂于10日(旧历二月二十五日)回电同意以朝鲜名义“酌加抚恤”，而“此项银两可由中国发给朝鲜暂付92。”
其实当时的国际外jiāo并无公理可言，本质上是qiáng权政治;若从国家利益出发，也没有是非可言;但在国际公法上，却有是非可言，虽然只是形式上的，但事关国体，决非银钱之类的小事。赔偿日本人即意味着责任在中国一方。李鸿章不谙国际公法，此其一也。
4月10日，双方集中谈判撤军问题。在伊藤答应日本同时撤兵之后，谈判进展顺利，李鸿章不知是高兴还是为了表现泱泱大国的宽厚通达，犯下了更大的错误。他对伊藤说：
我有一个大议论，预先说明。我知道贵国现在无侵占朝鲜之意，以后若有此事，中国必派兵争战。若是中国有侵占朝鲜之事，日本亦可派兵争战。若他国有侵占朝鲜之事，中日两国全都应当派兵救护。因为朝鲜关系我两国，是紧要的藩篱，不得不加以顾虑。目前无事，姑且讨论撤兵就可以了。
伊藤闻言大喜过望，原想迫使清军撤兵已属不易，未曾想中方竟能允诺双方共同保护朝鲜(由此，朝鲜由中国的附属国一变而为中日双方共同的保护国)，遂立刻表态：“中堂所论，光明正大，极有远见，与我意相同，当谨识勿忘93。”次日，双方谈判和约，中方副使吴大翨提出四款，其中第四款为：“朝鲜本国如有乱党滋事，该国王若请中国派兵弹压，自与日本无涉，事定之后，亦即撤兵回国，不再留防94。”日方则坚决反对此款，并针锋相对地提出五款，核心是两国共管朝鲜。由于争持不下，伊藤再次以退出谈判为威胁，谈判再次陷入僵局。清廷遂于15日(旧历三月初一)电示李鸿章再作让步：“撤兵可以允许，永不派兵不可允许。……万不得已，或于第二条内若gān语句下面，添加‘两国遇有重大事变，各可派兵，互相知照。’95”李接此旨意后，于当日与伊藤举行第六次谈判，商定条约三款内容。吴大翨的第四款被改为：“将来朝鲜国若有变乱重大事件，中日两国或一国要派兵，应先相互行文通知照会，及其事定，仍即撤回，不再留防96。”对于日方要求惩处驻朝清军将领一事，李鸿章也答应“戒饬”、“查处”，并以照会的方式予以公布。至此，伊藤大获全胜，而清廷认为以不多的让步消弥了争端，也自觉满意。
外jiāo争端，无论如何小事，均关系一国之尊严与责任。伊藤以竹添复信为由无理纠缠，企图把事变责任推到清廷身上，中方本应予以严厉驳斥，揭露、追究日方的责任。吴大翨、续昌根据在朝鲜查办时了解到的事实据理批驳竹添的谎言，伊藤实已理屈辞穷，落了下风。而李鸿章以为可以变通处理，所谓“戒饬”、“查实处理”等等不过是搪塞敷衍日人的官样文章而已。孰不知见诸文字后，就如答应赔偿一样，意味着清军有肇事之责，日本反而成了受害者，甲申事变的真正祸首——竹添则安然于事外，实在是清廷外jiāo上的大失败。可笑的是，李鸿章对以“戒饬”代“惩处”，大事化小、小事化了的做法颇为得意，把它比喻为“犹如人家子弟与邻舍口角，其父兄出面为他们转圜，也是情理之常97。”反观伊藤，对于竹添擅自发动政变之责，他心里是一清二楚的。但在谈判中却一口咬定竹添无错处，无责任。只是条约签订，照会发布之后，方在宴会中略为表态：“伊藤私下也认为是竹添不对，说回国后即另派妥当人员前往充任驻朝鲜公使，其中已寓含了撤职的意思98。”李鸿章谓伊藤“貌似平和，内甚狡黠”，诚是也。