墨子思想对农民起义的另一个影响表现在农民起义的领袖以其本身的人格力量加上类似宗教领袖的神秘性，使其成为农民起义队伍的凝聚中心。
应该说，历代农民战争开始举义旗的时候，在起义队伍的内部实行了一种“军事共产主义”式的平等制度。各种宗教式的严格纪律对起义的农民——从将军到士兵都有相同的约束力。起义的领袖以他本人的人格力量和神秘的威慑作用比较有效地维持了这种秩序。这种宗教式的狂热使农民起义的队伍在其早期往往能保持其旺盛的政治热情，团结一致，纪律严明和士气高昂的势头。随着农民起义的逐步胜利，起义队伍的扩充，占领区域的扩大，相应的组织机构也复杂和发展起来。起义队伍不再仅仅是单纯的军事组织，而且要处理各种行政问题，并且面临了起义队伍内部的财产再分配问题。原来只求温饱生存的基本目的，在胜利中已被湮灭。财产的再分配和起义队伍内部的等级制度使农民起义领导阶层的腐化成为一种不可避免的倾向。在宗法农业社会的环境中，原来贵贱贫富的等级现象在起义队伍内必然再现。起义领袖的人格力量消失在某种超自然的神秘感之中，很有感染力和吸引力的榜样蜕变成为顶礼膜拜的宗教偶像。原来严格的教规式纪律，也由于起义队伍内邻财产分配的不平等和领导阶层的腐化而不可避免地松懈、瓦解了。为了维持、巩固农民起义队伍及政权建设的需要，农民起义领袖不得不借助儒生谋士，以儒学的理论和政治实践重新构造农民起义队伍的组织和进行政权的建设。
农民起义从指导思想到组织形式由墨学向儒学的转变说明了一个问题，在中国宗法农业社会里，宗教力量不能维持其长远的社会政治作用，它不能替代儒学从政治制度到思想观念所起的决定性作用。墨家的巨子制度，墨学的兼爱大同思想，严格的墨者之法，这三个因素都具有宗教的萌芽。中国土生土长的宗教——道教正是吸收了墨学的这些思想，构成了其基本的教义、教规和教制，也正是这些因素，道教思想影响了农民起义。恃别是在农民起义的早期，墨家这些思想的印记更为明显，但是到了农民起义的后期，却按照历史发展的铁律仍不得不回归到儒学。宗教式的狂热不得不屈从于重宗法血缘的社会传统。
道教虽然吸引了大批信徒，有时也被统治阶级所利用，但对整个中国的宗法农业社会来说，毕竟不是主流，在政治上也成不了气候。因为在以家庭为单位的小农经济的社会里，人们更注重现实的血缘关系和家族情感。对祖先的祭祀，无论在伦理上和政治上都超过对六合之外神格力量的敬重。两汉的经学虽有谶纬神学的倾向，但其以封建三纲为核心的宗法政治理论，在中国宗法农业社会里具有长久的生命力。只要家族宗法的社会结构，小农经济的生产结构还存在，那末，宗教对这个社会来说只能是一种jīng神调节剂，人们并不会从政治角度重视它。太平天国假借西方基督教的形式和中国社会根深蒂固的重家族伦理的社会心态相悖，从某种意义可以说，这是太平天国失败的一个原因。
中国封建社会历代农民起义在指导思想、组织形式方面往往带有墨学色彩，这是小生产劳动者固有思想的一种反映。历代农民起义不同形式的失败结局说明了墨子的学说、思想不能适应中国以家庭为本位，以小农经济为基础的宗法农业社会的理论需要，就是历代此起彼伏的农民战争这么巨大的物质力量也未能使墨子的社会政治理想得到实现。
三、墨子科学思想的兴衰与中国传统科学的模式
墨子科学思想与中国传统的科技体系标志着两个不同的发展趋向，作为一种比较参照系，通过墨子科学思想的兴衰历史及其原因的分析，我们可以理解在中国传统文化环境中科技发展模式的基本特征及其赖以长期稳定发展的社会原因。
(一)墨子科学思想的兴与衰
墨子科学思想在战国时期兴起、发展，至秦骤衰，在以后漫长的封建社会中又得到两次不同程度的复兴。
魏晋时期，两汉经学隐入谶纬神学，不可避免地衰落了。政治上的动乱，使独尊儒学的思想专制局面濒于解体，思想界又一次活跃起来，墨学也得到了一次复苏机会。这次复苏的一个特点，就是《墨经》中的科学思想受到重视，张湛、司马彪都曾引《墨经》为《庄子》、《列子》作注，例如，《列子。汤问》篇说：“均。发均县，轻重而发绝，发不均也。均也，其绝也莫绝。”张湛注云：“发甚微月色，而至不绝者，至均故也。今所以绝者，犹轻重相倾，有不均处也，宁有绝理，言不绝也”。《列子》虽是伪书，但它大致成书于汉末魏晋时期。上引的《列子》片段及张湛的注和《经说下》的有关论断，在思想上是一致的。《经说下》指出：“均。发均县，轻重而发绝，不均也。均，其绝也莫绝”。又如，《列子。仲尼》篇说：“景不移者，说在改也”，张湛注云：“景改而更生，非向之景”。这种说法同《经下》的论断相一致，“景不移，说在改为”。
《墨经》的科学思想对魏晋时期的科学家鲁胜、刘徽等科学家的科学思想和科学活动产生了明显的影响。
鲁胜是一位对科学有钻研的学者。《晋书。隐逸传》记载，他曾亲自进行天文观察，“以冬至之后立暑测影，准度日、月、星”，并著有《正天论》。“其著述为世所称，遭乱遗失，惟注墨辩，存其叙曰”。从鲁胜传记可见，鲁胜对科研相当热心，有一定的科学素养，对《墨经》了作了较为深入的研究。胜“兴微继绝”，为“亡绝五百年”的《墨经》作注，第一次引说就经，将经上下，经说上下四篇单独成书，使得墨子的科学成果得以汇集，使墨子的科学思想、科学理论、科学方法、技术实践得以构成一个科学体系。这种体例上的整理，是鲁胜对墨子科学活动研究的结果。鲁胜的《墨辩注叙》主要介绍了“坚白之辩”、“无序之辩”、“同异之辩”、“是非之辩”，说明鲁胜是深得《墨经》科学思想之jīng要的。
刘徽的《九章算术注》对一些重要的数学概念给出了严格的定义，并由对《九章算术》中的公式和命题作了合乎形式逻辑的证明，从而构成了具有逻辑证明，推理结构的数学理论。这是对《九章算术》以数值计算为中心的，非逻辑结构的数学体系的重大突破。刘徽的《九章算术注》的成就和墨子科学思想的影响是分不开的。具体表现为以下几点：
第一，刘徽研读和引注过《墨子》这部书。他在《九章算术。衰分》篇第一条说：“墨子号令篇以爵级赐，然则战国之初有此名也”。 可见，刘徽的数学活动是直接受到墨子思想的影响的。
第二，刘徽在《九章算术注。序》中说：“事类相推，各有攸归，故技条虽分而同本gān者，知发其一端而已。又所析理以辞，解体用图” 。这样，才能做到“告往而知来，举一隅而三隅反者也” 。刘徽的科学认识活动，首先是对实践中获取的大量经验材料，进行别异分类的整理。其次是用明确的，合乎逻辑的语言形式进行理论分析，证明公式和命题的合理性，并用几何图形显示空间形体，进行简化分析，再用已证明的公式和命题，进行演绎推理，以探求未知关系。刘徽关于科学认识过程的看法和墨子的科学思想相合拍。