相反，古希腊哲学思想与自然科学活动相结合，以自然哲学的形式实现了同宗教的分离。古希腊的自然哲学家以自然作为自己的研究对象，《论自然》是他们的论著普遍采用的书名。他们对自然结构等自然问题的各种解释是在感性经验基础上形成的科学假说。这些假说虽然缺乏足够的科学根据，但很少夹有天人合人，神人同体的观念，也不是为了论证社会政治、道德原则，作为“取辨之物”的工具。在这种思想指导下的科学认识活动能够避免政治、道德观念的渗入和gān涉，坚持以自然为对象的不断深入的研究过程。
自然问题成为社会思想发展的养料源泉，揭示自然之谜成为社会思想的根本任务之一，研究自然的科学认识活动成为社会认识活动的构成部分。这个思想倾向是古希腊自然哲学成为近代科学思想源泉的主要原因。
西周天人合一的社会政治思想客观上要求将自然现象与社会人事相联系，要求从社会人事出发，用自然现象的变化来附合、论证社会变迁和人事更迭。思维内容这一特征要求相应的思维形式来表现，使之能构成比较完整的理论体系，不致停留在格言式堆砌的水平上，使之能形成一种比较稳定的思想传统。西周时期《易经》中的yīn阳思想 ，《洪范》中的五行思想，就是适应这种需要而形成的两种思维形式。由“—”、“—”两个直观符号构成的64个卦象，由金、水、木、火、土5 个表征物形成的相生相克的联系图。yīn阳、五行都是作为一种征兆，沟通了天人之间的联系，沟通了社会现象和自然现象之间的联系，从而成为一种先验的，qiáng制性的思维形式框架。任何客观事物的内容都被纳入这个图式中，才能得到解释，关于自然现象、自然物体的认识就是通过这种形式框架的类比才得到的。这两种思维形式，除名、墨两家之外，大都为先秦诸子所接受，到了邹衍手里，完成了两者的融合。
西周官学是先秦诸子思想的出发点。在主观意识上，以挽救社会危机为己任，争开各种治世良方的诸子，大都接受了“维新”的思想传统，托古改制成了他们进行政治斗争，学术论辩的基本形式，天人合一的思维方式也就成为他们各自阐发政治、伦理思想的最有效手段。特别是后来在中国长期封建社会里占统治地位的儒家思想，更是将周礼当作最高规范。以社会政治伦理问题为中心内容，以yīn阳五行为解释框架，以天象证人事为思维的基本途径，这些特点为中国封建社会的主体思想奠定了基调，形成了一种沉重的思想传统。
墨子的科学思想，将自然与社会分离，以自然物体、自然现象作为科学认识活动的独立对象，qiáng调以科学实践为基础的理性分析，反对五行相克的先验图式。这样，墨子科学思想就和上述占统治地位的传统思想大相径庭。在沉重的思想传统的压迫下，墨子科学思想当然很难健康发展。
重农抑商思想后来成为中国封建社会历代王朝长期奉行不移的基本国策，反映了封建中国以自给自足的小农经济为基础的经济结构，是“以思想的形式表现出来的占统治地位的物质关系” 。这个基本国策维护了以家庭为生产单位，以小农业与小手工业相结合的自然经济形态，巩固了宗法社会的政治结构。
马克思曾对商人、商业及商业资本给予较高的历史评价：“商人对以前一切都停滞不变可以说由于世袭而停滞不变的社会来说，是一个革命的因素” 。“商业对各种已有的，以不同形式主要生产使用价值的生产组织，都或多或少地起着解放作用” 。“商业和商业资本的发展，到处都使生产朝着jiāo换价值的方向发展，使生产的规模扩大” 。中国封建社会抑商的结果，抑制了手工业技术的发展规模、发展形式和发展方向。自然经济形态的小农经济对手工业生产的发展没有推动力，而家庭手工业和官办手工业作坊的形式阻碍了手工业生产的社会化，使手工业生产在内部分工和技术深化方面都难以发展，工匠阶层也不能形成一个独立的、qiáng大的社会力量。墨家的科学活动是伴随着战国时期手工业技术发展和工匠阶层兴起而兴起的。同样，由于以后缺乏必要的社会条件和手工业技术的被抑制，以手工业技术实践为基础的墨家科学思想也难以深化而停滞湮灭。从生产技术实践和科学活动的关系来说，这也是必然的。
以农本思想为指导，以小农业、小手工业、小饲养业相结合的小农经济为基础，形成了古代中国以农业为中心的生产——科技体系。历代农书从官编到私修，绵绵不绝，与农业有关的天文、物候、医学、数值计算也相应发达。对手工业生产技术的研究，从西周的《考工记》到明末宋应星的《天工开物》，寥寥无几，屈指可数。况且，《天工开物》在崇祯十年(1637年)初刊后，不久即失传，湮灭了几百年，直到辛亥革命后，才由留日学生从日本重新引回中国。该书在“贵五谷而贱金玉”的思想指导下，也主要注意衣食方面的生产实践。
这种以农业为中心的生产——科技体系，首先“是以土地及其生产资料的分散为前提的，它既排斥生产资料的积聚，也排斥同一生产过程内部的分工，排斥社会对自然的统治和支配，排斥社会生产力的自由发展” 。“小块土地所有制按其性质来说，就是排斥社会劳动生产力的发展，劳动的社会形式，资本的社会积聚，大规模的畜牧和科学的不断扩大的应用” 。因此，社会对自然的研究，对科学技术的需要，都缺乏物质生产方面的动力。科技史证明，社会物质生产的需要是自然科学发展的qiáng大推动力。近代科学技术是和近代资本主义的生产方式一起诞生、发展，互为表里。工场手工业是产业资本产生的重要前提。中国封建社会大量官办手工业是由朝廷置工官来主持、管理和监督的，这是两汉以来的传统。官办手工业和商业资本没有联系，生产的目的与进行大规模商品生产工场手工业不同。在以家庭为单位的生产结构中，手工业的生产目的主要是满足家庭的需要。大量官办的手工业作坊其生产目的也只是为了满足统治集团生活享受的需求。两者都没有纳入社会的流通过程。工匠或是家庭个体式的，是类同农奴，社会没有形成雇佣工人的市场。
第二，手工业生产过程在这种模式的约束下，本身也没有内部分工的要求，生产技术只能在家庭式封闭的环境中得到局部的深化。技术传授是父子世世相传，这是中国古代技术发展的主要形式。《考工记》云：“巧者，述之，守之，世谓之工”。《荀子。儒效》亦云：“工匠之子，莫不继事”。祖传既是技术发展的主要途径，又是专门技术生产最有影响的招牌。祖传的代数越多，招牌的吸引力就越大。一些jīng湛的技术也在祖传的渠道中任其自生自灭。陆游在《老学庵笔记》中曾记载：“毫州出轻纱，举之若无。裁以为衣，真若烟霞。一州唯两家能织，相与世世为婚姻，惧他人家得其法也”。这个例子很典型地说明了，中国封建社会的各种手工业技术没有通过社会的jiāo流而得到普遍的推广和提高，对理论上的概括、总结和提高也缺乏应有的需求和条件。虽然古代中国在技术上有很多辉煌的发明，但大都缺乏科学理论的概括、总结，不能从科学思想、科学方法的高度上加以把握、提高。因此，它们的发展具有很大的偶然性，往往会出现停滞、僵化甚至夭折、湮灭的状况。技术实践本身也不能成为科学发展的动力。在中国长期的封建社会里科学技术的发展呈现出孤立、零碎的状况，未能通过严密的逻辑推理和抽象的数学方法上升到理论，形成一种完整的科学理论、科学思想和科学方法体系。这是中国封建社会应用技术的成就远大于科学理论成就的原因，也是一些先进的技术发明不能产生广泛的社会作用的原因。古希腊的学者通过逻辑和数学的方法，以理论的高度把握由古埃及人和古苏美尔人创造的技术成就，从而创造了当时最先进的科学技术。亚里士多德在广泛经验考察的基础上建立自然体系的逻辑方法;阿基米德通过实验，进行抽象演绎，把科学和工程技术结合起来的经验主义和实用倾向;毕达哥拉斯、欧几里得力图通过严格的数学推理，用定形、定量的数学规律表述自然界的构造和运动的思想;德谟克利特、伊壁鸠鲁将物质运动的终极原因归于物质本身的原子论。所有这些，不仅促使了古希腊科学技术的繁荣，而且使其成为近代科学技术产生的思想源泉。