辛亥革命以后，孙中山暂时执掌国柄，蔡元培成为中华民国首任教育总长。正当蔡元培沿着修齐治平的理念实现自己的辉煌梦想和政治抱负时，却由于政见纷争、人事倾轧，他愤然离职出走，暂避欧洲。经历了四年多的漫长等待，蔡元培终于在1917年这个苦寒的冬日，以崭新的姿态、坚定的信念，跨进北京古城这座在中国历史上声名显赫的最高学府的灰huáng色门槛。
跨过时代的门槛(2)
这一与往昔大不同的就职，为当时中国僵硬得如gān尸状的教育体制开辟了一个化腐朽为神奇的通道。面对蔡元培的雄心锐气，一些官员和御用策士们深感震惊，以少有的清醒及政治dòng见作了如下预言：蔡元培之入主北大，于北洋政府“无异猪八戒肚中吞了一个孙悟空”，是自取痛苦和死亡的不祥征兆。情势所迫，大势所趋，无论是当朝的“猪八戒”，或山中魔王们，已顾不得这许多，只有听凭这个制造过炸弹并心怀异志的“齐天大圣”，钻进肚中任意翻着跟头上下折腾了。
跨进北大的蔡元培，立即于一潭死水中投下一块坚硬如铁的“知识革命之石”。在北京大学那长满苔藓的校园与暗伏着蓬勃生机的宽阔讲台上，这位怀揣新思想与现代科学知识的校长，与他的同事及学生们一道，负载起抗争与奋斗、梦想与追求的新使命。在周围尚处于蒙昧与混沌状态的历史时刻，蔡元培审时度势，提出了“囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包”十六字箴言。这个光芒万丈的治学方针，如大海cháo声，振聋发聩，故都上空，犹如“晦雾之时，忽睹一颗明星”。①正是凭着这种果敢坚qiáng的jīng神，蔡元培把故宫脚下日渐沉沦腐败的京师大学堂，逐渐改造成为一块“jīng神的圣地”。北大从此不再是成批生产封建体制内候补官僚的冰冷机器，而是成为具有“独立之jīng神，自由之思想”、散发着人性光辉和科学理念的人才成长的摇篮。这个摇篮在散发出科学与民主jīng神光辉的同时，也“为文化的积累留下了一个永久的崖层”。自此，一代又一代中国人的梦想，都系于这片风雨迷蒙中升浮而起的圣地之上。
正是因为有蔡元培提倡并严格遵循“兼容并包”的治学方略，才催生了浩瀚壮阔的北大与北大jīng神。这个脱胎换骨的新式大学堂，不仅接纳了陈独秀、李大钊、胡适、鲁迅等文化另类和“叛逆”者，还包容了huáng侃、刘师培与脑后拖着辫子的清朝遗老辜鸿铭等传统文人与硕学鸿儒。改造后的北京大学增进了新的科学知识，科学与文学开始在这块新生的圣地上分庭抗礼，历史、哲学和绵延千年的“四书”、“五经”也必须根据现代科学方法加以研究和解析，中国知识领域几千年来一直由文学独霸的状况有了新的气象。在陈独秀、李大钊、胡适等新派“领袖人物”统率的革命闯将与qiáng劲的老派对手jiāo锋过程中，各种文化思cháo如乌云滚动中爆裂的雷电，相互碰撞，激dàng，jiāo融，在古老的京都与中华大地迸发出一串串耀眼的火花。
在火花闪耀中，蔡元培亲手制造的文化炸弹，一不小心被点燃了引线。北京街头热切的呼唤伴着声声怒吼，终于爆响了20世纪黑暗中国的第一声惊雷。
1919年5月4日，北京爆发了中国历史上最著名的大规模学cháo--号称“德先生与赛先生”的新文化革命运动。整个北京高校校园和街头巷尾，风卷làng滚，泥沙俱下，豪杰并起，猛士如云。身处激流làng涛中的京城高校学生肩扛大旗走出校园，汇集于天安门前游行示威，随后赶赴赵家楼痛殴卖国汉jian曹汝霖，一把火烧了赵家楼，引发了朝野上下及社会各阶层的大震动--号称中国新民主主义革命的伟大爱国运动由此揭开了序幕。一直充当着这场运动的前驱、承载了巨大风险而幸存的北大，作为“民主堡垒”的象征，深深地扎根于中华民族的大地上，并为一代又一代爱国志士所缅怀、铭记。
跨过时代的门槛(3)
汹涌澎湃的五四运动大cháo逐渐退去，继而是南北中国láng烟四起、军阀混战、城头变幻大王旗的糜烂格局。急剧的动dàng使蔡元培在北大校长任上时仆时起，难得安宁。1923年1月17日，不屑在党派倾轧中屈就的蔡元培，毅然向大总统递jiāo了辞去北大校长的呈文，同时致函教育部宣布辞职，并明言其辞职之因非为私情，而为公理，同时对外界披露了辞职的缘由。
这一事件的直接导火索脉络清晰，并不复杂。曾在北京大学教书，并短时间做过北洋政府财政总长(1922年9月19日-11月29日)的罗文gān，其人格为蔡元培所深信。在政客们相互倾轧攻伐中，罗被冤枉，遭到逮捕。号称司法独立，实则被北洋军阀控制的司法机关，宣布对罗无罪释放。罗文gān出狱四天，国务院一帮政客再度开会，由教育总长彭允彝提案，形成决议，复把罗文gān逮捕关入大牢。面对置司法公正于不顾、翻云覆雨的政治勾当，忍无可忍的蔡元培挺身而出，以他的“不合作主义”宣布辞职以示抗议。他在致北洋政府呈文中慷慨激昂地说道：“钧座尊重司法独立之命令朝下，身为教育最高行政长官之彭允彝，即于同日为gān涉司法独立与蹂躏人权之提议，且已正式通过国务会议。似此行为，士林痛恨!佥谓彭允彝此次自告奋勇，侵越权限，无非为欲见好于一般政客，以为jiāo换同意票之条件耳。元培目击时艰，痛心于政治清明之无望，不忍为同流合污之苟安;尤不忍此种教育当局之下，支持教育残局，以招国人与天良之谴责。惟有奉身而退，以谢教育界及国人。”
7月20日，蔡元培登船赴欧考察、进修，以一走了之的决绝态度表示了他的请辞决心。这一走就是三年，尽管北大事务由总务长蒋梦麟代理，但蔡的校长名义仍然保留如故。1926年7月8日，蔡元培从欧洲归国，再度提出辞去北大名义上的校长之职，未得获准。出于对时局失望和对军阀政客的qiáng烈愤懑，生性耿直的蔡元培再也没有回到充溢着民主、自由空气的北大校园视事。②
在北洋军阀的统治即将全面崩盘的前夜，1927年6月13日，身为国民党中央监察委员并立志改革教育体制的蔡元培，在南京向国民党中央政治会议提jiāo设立中华民国大学院案。根据《大学院组织法》，以大学院“为全国最高学术教育机关，承国民政府之命，管理全国学术及教育行政事宜”。17日，国民政府批准此案，并特任蔡元培为大学院院长。同年10月1日，中华民国大学院在南京正式成立，蔡元培与国民党南京政府外jiāo部长伍朝枢、财政部长孙科、司法部长王宠惠等高官大员，于民国政府举行就职典礼。自此，蔡元培有了一个比民元时期更加游刃有余的环境和畅顺的人脉关系。借助于短暂的天时、地利、人和，他提出了新的准则，即努力争取实现在官方背景下的学术和研究独立状态。当时的有识之士吴稚晖等辈与蔡元培保持了一致的观点，希望中国有几十个或更多的知识分子专心致志从事窄而深的学问，等一二十年之后，逐渐形成社会的重心，以转移社会学风，政府与学术机构因势利导，中国便可以在知识上得以大幅度提高，甚至可与西方学术界角逐争胜--中华民国大学院的适时成立，为实现这一理想打下了第一块基石。