叶的动机已经明了，傅斯年的“bào怒”之火却未完全消解，他对叶的所作所为表示“盛意可感”之后，没有就此打住，而是在复信中不厌其烦地大谈清华、北大与中研院发聘书的不同，谓“此次清华发聘，系继续旧办法;本院发聘，是更改旧办法”。言外之意是中研院的办法要比清华先进和高明得多，你作为中研院的总gān事何以不明二者之高下?又谓“若当时兄嘱毅侯兄去信时，末了写上一笔'盼大驾早来李庄，为荷'，弟亦不至着急矣”。言语中似乎仍是不依不饶。最后，傅斯年表示“为国家保存此一读书种子”，还是要聘请陈寅恪就任史语所职，并以长者对待孙子的架势，指令叶企孙再给陈寅恪发一聘书，并在信中亲自列出了聘书的文字格式：
专任研究员暂适用兼任研究员之待遇
月薪一百元外暂加薪四十元
注：此为十年相沿之公式(最初“为适用特约待遇”)。有换文，两方轮转，后来不转了。如改此式，恐须先在本所所务会议中一谈，弟觉此式似可不必改也。
叶企孙接到傅斯年的指令，甚感不快，回想自己在清华的地位与势力，曾几度出任代理校长，掌管清华一切事务，就连德高望重的梅贻琦也让着七分。而今自己身为中央研究院一人之下的总gān事，居然连发个兼职人员聘书这种小事也要由一个小小的所长亲自授命，真是莫大的耻rǔ。想到此处，叶企孙愤怒地当着总办事处工作人员的面大声说道：“傅斯年此人太过于high-handed(霸道)了!”②遂把傅信弃之一边不再理会。尽管傅斯年“气魄大，要钱、花钱，都有本领”，在别人看来“历来的总gān事，都敬重他而又多怕他”(董作宾语)，但叶企孙却不吃这一套，敬傅而不惧傅，心中有自己的主张。见傅斯年来势凶猛，大有不依不饶之势，于心灰意冷中理智地采取了敌进我退、惹不起躲得起的战略战术，萌生了挂起乌纱帽一走了之的打算。尽管在傅斯年的遥控、施压下，叶企孙最终还是给陈寅恪寄发了“兼任”的聘书，但从此不再过问此事，至于陈寅恪是走是留，是死是活，一切都与他无关了。
1943年1月16日，借梅贻琦赴重庆办理公务之机，与叶企孙进行了密谈，二人商定叶可于夏秋离渝返昆，重操旧业。当天的梅氏日记有“午饭后与企孙久谈”，“特种研究所将来并入各系。企孙明秋可返校”之语(按：“明秋”是指yīn历)。8月，叶企孙不顾朱家骅再三挽留，坚决辞去中央研究院总gān事职，返昆任教。辞职的公开理由是，“觉得长期脱离教书，不合适”，“当初离开昆明时，是向联大请的假，按当时规定不能超过两年”云云。但据叶的家人(侄女)说，其叔父在中研院的同事曾向她透露，最主要的一个原因则是“跟傅斯年合不来”。叶在中研院的助手、后为清华物理系教授的何成钧证实了这一说法，并谓：“叶企孙有东南大学(后并为中央大学)、清华大学与美国学术机构的学术与人脉背景，当时的中央研究院十几个研究所，人员大多都是这个系统的。叶人缘好，处事公道，很得这些所长与研究人员的欢心。而傅斯年是北大与欧洲系统的人物，这个系统在中研院的人数并不多，傅之所以能在此立脚，还有些作为，就是靠他性格中具有的山东响马与水泊梁山好汉们那股敢打硬冲的狠劲。但他那一套不是很受人欢迎，叶先生就曾亲自跟我讲过傅斯年太过于high-handed(霸道)，不能跟他共事等话。据说傅斯年到了台湾也还是很high-handed，这是他本人性格决定的，是没办法改变的事。”③
重返清华(2)
叶企孙于1943年秋辞去中央研究院总gān事之职，回到西南联大，继续担任清华大学“特种研究事业”委员会主席。中研院总gān事一职，由留法博士、生物物理学家李书华继任。1945年，李辞职，朱家骅聘请物理学家萨本栋出任总gān事兼物理研究所所长。
1945年8月，西南联大理学院院长吴有训调任重庆中央大学校长，叶企孙继任其职。抗战胜利后，西南联大常委梅贻琦因频繁往来于重庆、南京、北平之间办理学校复员事宜，叶企孙被国民政府教育部指定代理清华大学校长、联大常委并主持联大校务。在此期间，西南联大分到了两个公费留学生名额，叶企孙力荐年少聪敏的物理学天才李政道。许多年后，荣获诺贝尔物理学奖的李政道颇为感激地说道：“叶师破格地推荐当时只是大学二年级学生的我去美国作博士生……所以没有叶师和吴大猷教授，就没有我后来的科学成就。叶师不仅是我的启蒙老师，而且是影响我一生科学成就的恩师。”
1946年秋，清华大学复员回到北平，重新在美丽的清华园复课。叶企孙担任校务委员兼理学院院长，再度成为梅贻琦之下清华园响当当的二号实力派人物。1948年底，在解放军围城之际，梅贻琦仓皇南飞，清华大学很快被解放军接管，校务暂由文学院院长冯友兰署理。梅贻琦在南飞之前，曾与叶有过相商，据叶企孙在“jiāo待材料”中披露：“清华复员以后，吾曾一度向梅贻琦说：倘有短期出国研究物理学或1949年10月，陈毅参观清华大学与教授们在大图书馆铜门前合影留念。前排左起：叶企孙、张奚若、陈毅、吴晗;后排左起：潘光旦、张子高、周培源
科学史的机会，吾可以考虑。后来，美国某基金会(我记不清那一个了)来信，说已给我一个研究科学史的学侣补助金(fellowshipstipend)，研究地点在麻省理工大学或哈佛大学。吾收到这封信时，人民解放军已接近北京郊区。吾愿意留在清华，等候解放。我没有答复基金会来信，也没有去领款。”当叶企孙决定放弃这个机会时，梅贻琦仍想拉叶离开北平，并有了与叶一同到福建省利用海外一批基金重新建立清华大学基地的打算。但叶在硝烟pào火中经过一番摇摆、观望，最后“自信作孽无多，共产党也需要教书匠”，便决定既不出国也不南飞，坚持留下来迎接对他来说并不了解的新政权。后来由于国民党政权在大陆迅速土崩瓦解，梅贻琦南飞后在福建重建清华的梦想随之破灭。
1950年3月，根据新中国中央人民政府指令，清华大学校务委员会改组，冯友兰被踢出圈外，由叶企孙出任主任委员(校长)，主持全校工作，成为清华大学当之无愧的一号人物。据与叶共事几十年的一位清华老教授说：就叶的性格和思想言，属于敦厚学者型人物，性温口讷，“似不能言者”，且有牢固的自由、独立思想，原不适于寄身“仕”位。虽曾几次代理校务，但那只是他很少有人与之匹敌的声名与学术地位使然，而且多属维持和留守性质，真正长期搞行政工作，既不是他的特长，也不是他的愿望。至于政治，更是他一向唯恐避之不及的。当年在重庆任中研院总gān事时，身为国民党中央组织部长的朱家骅不止一次拉他入国民党，都为其所拒，因而叶的一生一直是个无党派人士。不仅如此，他独善其身，终身不娶，视学生为儿女，度过了悲欣jiāo集的一生。(按：据清华大学物理系教授虞昊说，叶之所以不娶，是由于暗恋着一直孀居的寡嫂之故。)