郭氏这一番发言，通过媒体辗转传到台湾后，再度引起震动，许多学人为之摇头叹息。此时“妄人”董作宾已死，无力再作评论了，而尚活在人间的李济为此提出了公开批评，认为郭是个“才子”，“天分很高”，但是“没有自信”，之所以没有自信，是由于在做学问上缺乏“自约”的jīng神。
远去的甲骨学大师(1)
远去的甲骨学大师
却说在台湾的董作宾继傅斯年出任史语所所长不久，开始主持史语所在南港建造的办公大楼和宿舍工程事务。一晃几年过去，面对家中人口众多，薪水微薄，生活极为艰难的境遇，开始思虑起改变之策。正在这时，香港大学东方文化研究院有聘请之意，薪水高于董在台湾几个机构服务收入的总和。连续的劳累和穷愁，董作宾身体状况极为虚弱，很希望找个清闲的地方好好休息一段时日。时南港的工程已经完成并jiāo付使用，董觉得无愧上司与同仁之托，便答应港大之聘，于1955年8月辞去史语所所长职，向台大请假，赴香港就任。董走后，由李济接任所长，屈万里任所务秘书。
董作宾尽管得到了较高的薪水和休息的空闲，但毕竟港岛的学术氛围无法与台湾比拟，且作为立志以研究甲骨文为终生职业的学者，离开了由大陆运往台湾的殷墟出土甲骨，如同鱼儿离开了大海，学术生命受到严重制约，内心的孤独与焦躁可想而知。1956年，董作宾在香港发表了《甲骨学前途之展望》一文，以忧伤的笔触写道：“展望世界，甲骨学的前途，甚是暗淡。甲骨学的沉闷，也就是中国史研究之消极停滞，茫无端绪了……”
1958年，胡适由美抵台出任“中央研究院”院长后，力邀董作宾返台继续从事以前的教学与研究工作。已是心力jiāo瘁的董作宾听从胡氏的召唤，于1958年秋辞掉港大职位重返台北。
返回史语所的董作宾已无职务可言，亦无组可归，只好专任台大教授，处境很是尴尬。胡适深感过意不去，经过一番苦心孤诣的琢磨权衡，终于想出了一个令各方面都能接受的两全办法，即在史语所成立一个甲骨学研究室，由董作宾担当主任主持工作。当时史语所内的考古馆已落成，正好让此研究室进驻并有充足空间来作甲骨文研究。对于这个微妙的方案，据石璋如说：“就编制而言，成立'室'而非'组'，是因为在组织规程中，室可大可小，大者可与所平等，小者可附属于所。不过这时我们也没有想太多。”甲骨学研究室就在这样的特殊背景下，于1958年11月鸣锣开张，其成员有原在李庄时期的屈万里、张秉权、刘渊临等，共同协助董作宾工作。
胡适弄出的这个方案，由于内中含有不足为外人道的微妙关系，自然引起外界的议论与猜忌。如李敖就曾公开放言：“董作宾丢掉史语所所长以后，无组可归，于是专门成立了一个'甲骨学研究室'，这是为了脱离李济的压力、挽回自己面子的一个伏笔--他也预备有朝一日脱组而出，另成立'甲骨学研究所'。可是所未成而身先殁。”董作宾是否作如此想，已无从查证，而不幸于1962年去世却是实情。这一年走在他前面的“中央研究院”老熟人还有两位，一是老上司朱家骅，另一位是同事董同龢。
远去的甲骨学大师(2)
对于三人的死，石璋如在晚年曾以哀伤的心情说：“五十二年真是不幸的一年，有好几位同仁过世。1月3日晚，王志维电告朱前院长于当日下午去世。朱先生是研究院奠基南港的重要人物，任期也长，对研究院有所贡献，老同仁对他都有感情，听说了讯息都非常难过。”时年70岁的朱家骅去世后，于5月15日安葬于阳明山。按石璋如的说法，“由于上山耗时较久，十点钟始举行安葬式，稍微公祭一下十点半即结束，比起胡先生简单得多”。很显然，与胡适比起来，朱氏的葬礼“简单得多”的根本原因恐怕不是一个上山费力耗时可以解释的，其背后深层的原因自是复杂。但不论如何推想，这个在民国时期政坛、学界曾呼风唤雨，威震朝野三十余年的重量级两栖“大鳄”，就这样从芸芸众生的视线中消失了。
朱家骅入葬34天后，即6月18日，史语所研究员董同龢随之而去。“董同龢先生是我们同辈之中最聪明能gān，也最用功的人，常有自己的主张，连傅先生也说服不了他。在抗战大后方，他还是副研究员的时候就获得过杨铨奖学金，可见才气之高。”这是石璋如的回忆文字，所说获杨铨奖金之事，发生于抗战时期在四川的李庄，那时的董同龢可谓风华正茂，意气风发，心高气傲，大有紧随傅斯年“目空天下士”的气势。可惜天妒英才，正当学术事业的盛年不幸患了肝癌，未能挣脱死神的召唤，让后人为之扼腕长叹。
据石璋如回忆：“到11月23日，董作宾先生也过世了，恰逢美国总统甘乃迪(按：肯尼迪)遇刺身亡日，我们说董先生是大人物，能与甘乃迪同日过世。董先生的身体底子并不坏，只是不爱运动，而且董先生既忙着《大陆杂志》社的事，又担任所长，去香港任教回台又担任甲骨文研究室主任，事情非常忙，因此同仁曾劝他装假牙，但他忙到没有空去。牙齿不好就吃不好，连带消化不好影响建康。董先生要是早日治好牙齿的问题，身体就容易养好了。”作为同乡兼同事，一起共事几十年的石璋如，可谓对董作宾具有深透的了解，但世间的事往往旁观者清，当局者迷，董作宾可能意识不到一个牙齿的问题竟能引来这么多麻烦，且引得死神找上门来，最后把老命丢掉。不过，石氏之说也只是一家之言。据董作宾的儿子、曾给蒋介石当了几十年御医的董玉京说，董作宾在此前许多年就已患有“高血压”、“心绞痛”、“心肌梗塞症”和有家族性遗传的“糖尿病”等等，正是这成堆的疾病综合征，导致董在不该中风的年纪就已得过一次轻瘫，而且一直未能复原，直至去世。
从董玉京编写的年表可知，在1959年，也就是董作宾从香港返台8个月后的5月10日，就“忽膺中风，不能言语，入台大医院治疗三月而愈，然自后语言即告蹇涩”。其后，董氏的身体每况愈下，直至再度心脏病复发和中风不治。前往医院探视的石璋如等人看到：“董先生嘴巴歪了，也无法言语，当时大家医学知识有限，均不知是何毛病，后来才晓得是中风(脑溢血)。董先生住院期间，女儿常在旁照顾，董先生经常昏迷，神志不清，连拉出屎都浑然不觉，吃得也很少，偶尔才神智清醒，还能说笑，这时症状应该是稍有改善了，吃得也比较多。特别是11月22日，董先生清醒过来，jiāo代了一些话，我们都稍微安了些心。没想到23日董先生就过世了。像他平常是这么痛快的一个人，身体要是不好，也不能拖这么长时间，在卧病住院近八个月期间，想必受了不少罪，难受之至。”
1962年，董作宾在台北青田街寓所1962年11月23日，董作宾于台大医院病逝。举殡日，即以台大、“中研院”、“教育部”、亲朋故旧等组成治丧委员会，其规格与胡适去世时基本相同，治丧主委同为“教育部部长”huáng季陆。治丧委员会决定把胡适、董同龢等中研院学者安葬的墓地正式命名为“南港学人山”。当天公祭时，huáng季陆、钱思亮、王世杰、孔德成、李济等为主祭，蒋介石亲自书写挽额致赐。国民党元老于右任、莫德惠、叶公超以及“副总统”陈诚等大员参加，学术文化界同人哀悼，执绋者千余人，有20余家机构，6辆小车，4辆大车，一路浩浩dàngdàng，从殡仪馆送到南港，葬于“学人山”高山之阳，与胡适墓为邻。一代甲骨学大师就此安息在这里。