1954年9月22日，李济致信刚从台大毕业，正在台湾凤山接受军训的张光直，诚挚真切地说道：“中国学术在世界落后的程度，只有几个从事学术工作的人，方才真正地知道。我们这一民族，现在是既穷且愚，而又染了一种不可救药的、破落户的习惯，成天在那里排架子，谈文化，向方块字'拜拜'--这些并没有什么'要不得'--真正'要不得'的是以为天地之大，只有这些。”又说：“但是，每一个中国人--我常如此想--对于纠正这一风气，都有一份责任。所以，每一个中国人，若是批评他所寄托的这一社会，必须连带地想到他自己的责任。据我个人的看法，中国民族以及中国文化的将来，要看我们能否培植一群努力作现代学术工作的人--真正求知识，求真理的人们，不仅工程师或医师。中国民族的禀赋，备有这一智慧。适当的发展，即可对现代科学工作作若gān贡献。你们这一代是负有大使命的。我很高兴，有这一机缘帮助你走向学术的路径。”这封切中时弊的书信，凸现出李济的心胸与思想情怀，令张光直念念不忘，从而在现代科学的道路上愈加奋力前进，终成一代世界级考古人类学巨擘。
就在写这封信的第二年，由于董作宾离职赴港，李济出任史语所所长并继续兼任台大考古人类学系主任。
第一代考古学家乘鹤远去(1)
第一代考古学家乘鹤远去
董作宾去世，标志着台湾史语所考古组一根坚实的宏伟支柱轰然倒塌，而与董氏在学术上相匹敌的人物，只有李济与石璋如等几位早期殷墟发掘者，整个史语所进入了风雨迷蒙的苍凉岁月，李、石等人在人生的暮年，仍勉力苦苦支撑，其间虽有许多国外大学邀请李济前往任职，但均遭拒绝。为此，一直对业师这一做法不太理解的张光直，直到晚年才有所顿悟：“李济一生之所以一再拒绝美国一些大学提供职位的邀请，没有移民过去，最根本的原因是他感到自己必须留在国内看到安阳研究的全过程。到了李济先生逝世前，殷墟发掘出来的大部分资料均已公诸于世。为此我们不能不感谢李先生数十年如一日尽守他领导殷墟发掘的职责。”张光直所言，应当说与他这位业师的所思所想较为契合。当李济进入80岁高龄的生命后期，他用英文写成了一部全方位总结安阳殷墟发掘的具有经典意义的划时代著作--《安阳》，并在美国和日本等国家先后出版。李氏之所以要以这样的形式处理他最为看重的一部压卷之作，或许如鲁迅在他的名篇《藤野先生》中所说：“小而言之，是为中国”，“大而言之，是为学术”。更切近一点的说法，则是为了这研究中国历史遗存的新的学术成果，能在世界范围更广泛地传播并发扬光大吧。
遥想当年烽火连天的抗战岁月，李济携家带口自南京而长沙，由长沙而桂林、越南、昆明直到四川南溪李庄，一路颠沛流离，历尽艰难困苦。好容易盼到抗战复员回京，内战又起。在山摇地动的1948年底，李济携妻与唯一的儿子--正在上海同济大学读书的李光谟，随一批国之重宝登上“中鼎号”军舰，渡过波涛汹涌的台湾海峡，抵达基隆再转赴台北。按照李济当时的计划，儿子向同济校方请假一年，赴台后暂进入台大读书，如果解放军不过长江，还可继续回到上海继续完成学业。当一家人到达台湾后，正赶上台大放假，年纪尚轻的李光谟在台北人生地不熟，无所事事，甚感寂寞。当时李济一家与劳榦、凌纯声等史语所人员及家眷挤在台大医学院宿舍里，像逃难一样，更令李光谟感到不慡。在这种境况中，李光谟开始给同济大学的同学写信，询问战况并保持联系，几位同学力劝李光谟一年假满后要返回上海，否则耽误了时间不好插班云云。其时蒋介石已经下野，李宗仁代理总统，陈毅大军尚未迫近长江沿岸，国共正在和谈，社会舆论有“国共两党将划江而治”的言传。在这短暂的和平氛围中，李光谟决定回到上海同济与同学们聚会，看看情形如何再决定行止。1949年2月，在台湾共住了55天的李光谟买票坐船回到上海。此时形势的发展已出乎预料，受几位善于做政治思想工作的同学鼓动，李光谟的思想发生了巨变，决定不回台湾，留在同济完成学业。李济夫妇得知此情，焦急万分，时解放军已经陈师苏北，饮马长江，即将发动渡江战役。李济夫妇遥望大陆，发出一封又一封快信和电报，十万火急地催儿子速回台湾，但儿子仍无动于衷。延至4月23日，陈毅大军渡过长江，攻打南京。在国民政府“首都”失守的最后一刻，李济托国民党要人为儿子抢到了一张千金难求的飞机票，令其速飞台北。此时思想已受到“革命洗礼”的李光谟，以决绝的态度给父母写了一封“很革命”的信，表示要留在大陆迎接解放，誓不赴台。李济夫妇得此信函，捶胸顿足，流涕不止，伤心欲绝，但已无济于事。自此，李光谟与父母天各一方，竟成永诀。
此后的岁月，李济夫妇在台北，李光谟于同济毕业后分配到北京，虽父(母)子情深，但海峡阻隔，信息断绝，只有依依思念之情牵动着三颗跳动的心，遥遥祝福。在李济已进入垂垂老矣的暮年，他在写给费慰梅的信中，曾谈到“和我有着同样观点和感情的老朋友们一个个地逝去，无疑削弱了我对周围事物的亲密感”。尽管对周围事物的亲密感不断削弱，但对抗战时期的事物却留有鲜明的印记，并深情地怀念着留在大陆的朋友梁思成、梁思永兄弟，当然更思念自己的儿子李光谟，以及在昆明与李庄相继病亡的鹤徵、凤徵两个爱女。只是，所有的思念只能成为一个时代的遗憾和忧伤供自己慢慢品尝。1979年8月1日，李济因心脏病猝发在台北温州街寓所逝世，是日恰是他亲手创建的台湾大学考古人类学系成立30周年。
第一代考古学家乘鹤远去(2)
“人生有限，文章千秋;薪尽火传，生生不息。”这是台大教授为李济撰写的一幅挽联，也是对其一生学术jīng神与人格魅力的生动写照。李济的jīng神思想伴着他的著作而注入后来者的血液，并成为一种新的jīng神力量，激励后学继续在科学的蜿蜒小径上继续前行。正如张光直所言：“对于任何一个愿意研究中国考古学即愿意研究中国古代器物的人而言，李济的考古学著作都是必读的，直到可以预见的未来仍将是这样。”“很可能有人会批评他没能显示出理论上的全能本领，指责他在晚年没能够甚或不愿意更多重视瓦尔特·泰勒的'结合法'。但是迄今为止，在中国考古学这块广袤的土地上，在达到最高学术典范这一点上，还没有一个人能超越他。随着他的过世，一个巨人消失了。”
石璋如在野外考察时情形(陈存恭提供)就在李济去世25年后，台湾岛内传出了有关石璋如病逝的消息。据《联合报》2004年3月19日报道：
被誉为“考古人瑞”的第一代中国考古学者和中国考古学泰斗、现任台湾“中央研究院”院士石璋如，3月18日上午10时52分因心脏衰竭，在台湾国泰医院病逝，享寿104岁。