建州女真自从董山被杀以后，群情激愤，加上明廷在关市上的官员种种刁难，犯边的事件屡见不鲜。而边吏、太监等不以国事为重，贪功循私，任意杀戮。成化二年十二日，建州女真指挥苦女屡次扰害清河(今辽宁省本溪市东北清河城)、靉阳(今辽宁省凤城县靉阳)。明廷出兵，活捉了苦女等，处以磔刑[107]。时过不久，海西兀者前卫(今黑龙江省呼兰河中下游流域)都指挥散赤哈上番书状告开原(今辽宁省开原老城)验放官接受了他的珍珠、貂皮不给货钱。兵部责成都御史陈钺调查此事。陈钺招散赤哈赴广宁对证。散赤哈率领所部十多人，从抚顺(今辽宁省抚顺市北抚顺城)关入。正值开原管辖指挥官的同僚、参将周俊驻守抚顺关，因为官官相护，周俊怕散赤哈到了广宁对质，bào露真相，就借口海西人素来不从抚顺关进入，拒绝散赤哈入关。散赤哈大怒，便与建州女真联兵，纠集各部，多达数千人，大掠奉集堡(今沈阳东南奉集堡)。边警报到广宁，都御史陈钺，不察是非曲直，不分青红皂白，竟将接近边境的耕户也僧格等十八户女真贡使拘留在沈阳，命令辽阳副总兵韩斌出兵，将十八户女真平民家属全部杀害[108]。从此，边境更无宁日了。
由于皇帝昏庸，太监当权，控制边关。脱罗等女真各部要求朝贡、互市更加困难了。如何对待扰边的女真首领，朝廷的争论极大，以兵部侍郎马文升和兵部尚书余子俊为代表的比较清廉的官员认为，边防重地，系国家存亡的大事，不可轻易动兵。马文升指出：出现边关多事，是因朝贡的使者被边吏求索，致使某些首领心中怨恨所造成的。应该严惩边吏，宽待“诸夷”，不必兴师动众[109]。余子俊也极力主张以守为上策，对女真不宜“深治”，况且建州都指挥伏当加等，只是因为不得都督职务，才扰乱边境的，罪行还不重，如兴兵征讨，决非祖宗治夷的初衷。因此，成化十四年(公元1478年)，明廷派遣马文升，大通事都指挥詹昇等前去招托建州、海西各部。建州三卫掌印都指挥俄罗、卜花秃、完者秃等，都听抚入贡[110]，这样边患才平息下来。
然而，当朝太监汪直得宠于皇上，他求功心切，与都御史陈钺合谋，谎报边警。一边诬告马文升，一边请求皇帝，同意出师征剿。成化十五年，成化帝终于同意他们的请求。命令太监汪直监督军务，抚宁侯朱永为靖虏将军兼总兵官，分兵五路，再次大规模地讨伐建州。女真各部知道大军将至，青壮年逃匿深山，老弱被明兵杀害的却多达六百九十多人，被俘四百八十多人，攻破四百五十多寨，掠获牛、马一千多匹。大军所过之处，房屋被焚毁，人民逃散。官军不惜掘骷髅回师报功。在明廷军事压力下，伏当加等女真首领被迫叩关朝贡。
当朱永等出师途中，遇到了建州的贡使哈速、郎秃等七十多人前去广宁。汪直不分是非，一律诬为“窥伺”边境，将哈速等五人无辜杀害，其他的人捕送京师邀功。后来竟无理地把郎秃等七十四人远戍两广安置[111]。
因太监汪直的诬陷，马文升被撤职，辽边更混乱了。成化十六年(公元1480年)，建州女真为了报旧仇新怨，各部联兵结势，深入辽东，骚扰清河、靉阳等地，竟长驱四百多里。凡是掠到边境男女都将四肢分解、碓脊、火蒸以泄其忿，劫夺牛马，焚烧庐舍。这样由统治阶级所挑起的民族矛盾更加尖锐了。
陈钺等惟恐失去所冒领的功劳，便坚守城池不出，并且隐瞒边情不报，使边关多事更胜于往时[112]。
在边官贪功妄杀，女真各部纷纷扰边的时候，努尔哈赤的四世祖脱罗，仍然与朝廷保持良好的关系，他反对扰乱边境。成化十五年(公元1479年)，当马文升招抚边境各部首领的时候，建州三卫掌印都指挥脱罗等，都听抚前来朝贡。后来，在一次朝贡中，当伏当加为其兄保能请职升级时，脱罗挺身而出，在会同馆截获伏当加，指责他乱边多达七、八年，导致许多女真人死亡，今天又隐瞒真实情况，欺君入贡，依照国法应当诛灭。
脱罗的所做所为震动了朝廷，颇得朝廷大臣的关注，为了保证脱罗的安全，决定把伏当加贬戍广东安置，并以脱罗有功，晋升为建州左卫都督[113]。
脱罗死后，于正德元年(公元1506年)，他的儿子脱原保承袭父职为都督。他继父、祖遗业，继续效忠于明廷，以时朝贡。正德十三年(公元1518年)，建州的一些部落侵扰辽阳，岁无虚月。镇巡官张贯等要集结兵力，进行讨伐，都督脱原保等知道后，率领一百多人，叩关调解，以通和好，安顿边境[114]，平息了朝廷再次出兵征伐，保护了建州的生产和安定。脱原保掌事十八年，直到明嘉靖初年，不知所终，才不见于史籍[115]。
努尔哈赤的世系出自脱罗三弟锡保齐篇古[116]。锡保齐篇古的儿子是都督福满，即为清代的兴祖。兴祖与脱原保是叔伯兄弟。所以，努尔哈赤的祖系不是大首领嫡系长子的后裔，史称是建州左卫“枝部所出”，就是这个原因[117]。都督脱原保、福满死后，建州左卫日益败落。嘉靖中叶以后，景祖觉常刚(又称觉昌安、叫场)、德世库、刘阐、索长阿、包郎阿、宝实兄弟六人，即所谓六祖。六祖都没有接受过明朝都督职衔，惟有景祖觉常刚的官职升到都指挥使[118]。觉常刚生有五子，依次为礼敦、额尔衮、界堪、塔克世、塔察篇古。其中第四子塔克世(又称他失、塔石)是努尔哈赤的父亲[119]。
都指挥觉常刚时期，建州左卫部落间势力分散，互不相属。觉常刚智勇兼备，长子礼敦勇力绝伦，父子团结族众，试图统一建州各部，他们率领族人战胜qiáng族大部的扰害，一时统一了五岭以东(系指苏子河下游西南的五岭)、苏克苏浒河以西二百里区域，qiáng盛起来，从此自称六贝勒[120]。六贝勒势力刚刚兴起，恰遇栋鄂部[121]势盛，两部相抗衡，关系日趋紧张。六贝勒没有足够的力量对抗栋鄂部的挑战，不得不向海西哈达部(首城在今开原东“南城子”)王台借兵。哈达万汗王台与六贝勒联兵与栋鄂部开战，结果两败俱伤。栋鄂部损失惨重，六贝勒也势力大衰[122]。
十六世纪中叶以后，建州、海西女真各部农业都有了长足的进步[123]。加上与汉区和朝鲜长期通商互市，在物质方面奠定了社会统一的初步基础。嘉靖晚年，建州右卫都指挥使王杲(努尔哈赤的外祖父)控制建州各部通往清河、抚顺各市的货源，贩卖貂皮、人参、松子，jiāo易大兴，“结彀连骑，炫熿于道”，获取重利，大有统一建州三卫之势，俗称阿古都督[124]。建州左卫觉常刚及其子塔克世等全族归附了王杲，塔克世本人成了王杲的部将[125]。
这个时期，女真各部首领势力最大的是海西哈达部王台，他忠于明廷，士马jīngqiáng。对各部远者招徕，近者攻取，其辖地达千里。王杲所属的建州三卫也听从他的约束。但各部之间没有严密的组织管辖，部落生产、经商各听其便。觉常刚经常率领部下几十人到辽东各个市场jiāo易，以建州所产的粮食、麻布、马匹，jiāo换汉区的猪、牛等生产和生活资料，明人称他是“市夷头目”[126]。觉常刚自领敕书三十道，授职为都指挥使[127]。与王台、王杲相比，地位较低。