在平息平凉、固原匪患的过程中，根据中共中央和习仲勋的有关指示，西北军政委员会及时派出慰问团慰问群众，发放救灾款，派医疗队给群众疗伤治病。同时，西北军政委员会公安部和平凉专署具体拟定了剿匪的政策和策略，首先在回汉群众中揭露匪特，解释人民政府的民族政策，实行先在汉族地区剿匪，公开镇压挑拨民族仇杀的汉族匪特头子;在回民地区暂以防御为主，缓和民族矛盾，改善回汉民族关系，把群众和土匪严格区分开来，坚决保护群众、特别是少数民族群众，实行剿抚结合。在工作中，区分不同性质的问题，对官僚主义造成的问题，不要同土匪特务问题混为一谈，主动争取和团结一切可能同我们合作的人，包括地主、阿訇、喇嘛、王公、千百户等等，甚至争取已经脱离敌人组织、今天不再反对我们的敌特人员。当时所采取的这些措施，紧紧围绕着民族问题这个核心，把复杂的矛盾层层解开，集中打击了一小撮匪特。当地政府又积极“做好群众工作，大力发扬民主，诚恳地征求回汉各界人民的意见，纠正与改进过去一切工作中所发生的偏向与缺点，加qiáng和群众联系，整顿gān部作风”，迅速稳定了形势，取得了剿匪斗争的胜利。
与此同时，宁夏、青海和新疆等地的剿匪斗争也取得了重大胜利。八月二十七日，西北军区司令部致电彭德怀、习仲助，报告青海军区剿匪部队所取得的胜利。正在出席中共中央西北局常委会议的彭德怀、习仲勋十分高兴，立即复电：“我一军一部追剿恶匪马虎臣、马文英、马祯、冶青祥等，已歼其大部，甚快甚慰!该匪是互助、门源、祁连、民乐、永昌间祁连山南端最大一股政治土匪，并望一、三两军进剿部队继续努力，克服困难(进山部队带皮衣棉衣)，彻底gān净、一个不留的捕捉散匪。”
到一九五一年底，西北地区的剿匪斗争取得阶段性胜利，几百支大的股匪已基本消灭，只有少数漏网匪首和惯匪还在甘青新、甘青川和甘青jiāo界的山区活动。这些土匪的匪首多是马步芳部的旧军官，同台湾国民党保持着联系，其中有的为匪数十年，杀人成性;有的是部落头人，为了维护自己的统治和既得利益，继续为匪作恶。他们挑唆民族关系，裹胁群众，与人民政府为敌。习仲勋对继续解决这部分政治土匪十分重视，西北军区有关匪情的电报，他每报必读，对一些重要的都及时作出指示，提出要求，转有关部门落实，有的还及时上报中共中央和政务院。对西吉事件和阿木去乎问题，他处置果断，措施得力，使事件尽快得以平息。
甘肃的西吉、海原、固原和隆德四个县(四县今属宁夏回族自治区)，是回汉民族聚居地，数百年来民族纠纷不断。一九五〇年chūn平凉叛乱平息后，以马国瑗(西吉沙沟教主之于)、马国琏(隆德新店教主之子)和杨枝云(海原韭菜坪教主)为首的一部分少数民族上层人士，受国民党特务分子的煽动，网罗了三百多名地主、恶霸、惯匪和国民党残留军政人员，以道堂、寺院为基地，打着“保回保教”的旗号，提出“依靠地主，团结富农，不管中农，打倒贫农”的主张，叫嚣“前方细菌战(指朝鲜战争)，后方斧头gān”。一九五二年四月初，他们再次煽动数千人叛乱，波及四个县的六十六个乡，裹胁群众上万人，攻打区乡政府和西吉县城，抢劫公粮一百多万斤，破坏电杆电线八十多里。
叛乱发生后，习仲勋和张治中立即指示平凉军分区和地委、专署负责人深入各县，具体领导防匪剿匪工作，在军事进剿的同时争取群众、孤立匪首。西北军政委员会再次派出慰问团，慰问在叛乱中受伤害的回汉群众，召开各界人士座谈会和群众大会，“传达军政委员会对他们的关怀与慰问”，“讲明平息匪乱的各项政策与有关救济、医疗的原则，以及人民政府的民族政策等”，迅速发放救济款，帮助群众恢复生产。习仲勋还指示中共中央西北局宣传部和中共甘肃省委及时“驳斥敌人，揭穿敌人的叛乱yīn谋，用向匪区发传单及召开群众会的办法宣传之”。
武装叛乱的主力被剿匪部队击溃后，匪首马国瑗、杨枝云等带着少数残匪继续流窜，企图东山再起。少数阿訇及地主也在暗中活动，秘密开会，制造谣言，散布“大爷再有口唤，还不得不去”的言论，恫吓威胁群众。针对这种情况，习仲勋指示要充分发挥少数民族上层人士的作用来平息匪乱。他在几十年后回忆说：当时单凭“武的不行。甘肃有个大教主叫马震武，他一句话可以煽动回族群众起来叛乱，一句话也可以把这个叛乱平息下去。他能起到我们一个党员所起不到的作用”。习仲勋亲赴兰州，分别找中共甘肃省委副书记孙作宾和马震武谈话，指出：“对叛乱的民族上层分子，‘只看现在，不问过去。哪怕他昨天还拿枪和我们对抗，只要今天放下武器，投向人民，就可以宽大处理’的‘来降免死’政策。”之后，马震武同孙作宾深人西吉滩，“用党的宽大政策招降了马国瑗，其他大小匪首也随之全部投降。至此，西吉叛乱始告平息”。
在甘青川边界的剿匪中，习仲勋注意发挥藏族上层人士huáng正清的作用，收到了很好的效果。抗美援朝战争爆发后，马步芳、马鸿逵的残部马良、马元祥等人，聚集在甘青川jiāo界处夏河县南部的藏族部落阿木去乎，企图利用民族和宗教问题，把这一地区变成所谓“陆上台湾”，迎接蒋介石反攻大陆。国民党台湾当局还委任马良为“中华反共救国军第一〇三路司令”，马元祥为“第一〇二路司令”，十多次为他们空投特务和武器弹药。一九五二年四月中旬，这股反动武装纠集千余人，围攻地方政府，煽动藏民部落叛乱。
当时，许多部落头人受马良、马元祥的蒙骗和收买，与人民政府为敌。阿木去乎地域辽阔，多是树林和草原，匪特凭借这些条件猖獗活动。习仲勋和西北军政委员会决定，先进行政治争取，即组成甘南藏区访问团，由藏族上层人士huáng正清任总剧长，前往阿木去乎开展宣传和政治争取工作。有些人对任用huáng正清顾虑重重，而习仲勋对huáng正清充分信任，多方做解释工作。访问团临行前，习仲勋关切地对huáng正清说：“你是总团长，任务繁重，相信你会圆满完成任务的!希望你大胆工作，不要有什么顾虑。有什么困难和问题，随时给我打招呼。”huáng正清没有辜负习仲勋的期望，“按照习书记jiāo待的办法”，深入甘南藏区，向头人、宗教人士和广大群众宣传党的方针政策，开展团结教育工作，使大部分藏族部落疏远了马良和马元祥。之后，习仲勋和中共中央西北局、西北军区按照中共中央和中央军委的指示jīng神，进行较大规模的军事进剿，成立甘青剿匪指挥部，任命huáng正清为第三副司令员。出发前，习仲勋为huáng正清饯行，并送他一支小手枪，叮嘱说：“带上它好护身，组织相信你能完成任务”，同时授受他应对国民党特务拉拢的策略。huáng正清十分感激习仲勋的关怀和信任，在剿匪中不rǔ使命，发挥了重要的作用。由于方法得当，策略正确，阿木去乎叛乱很快得以平息。