中央指示下发后，习仲勋和中共中央西北局认真总结前一段镇反工作中的成绩和经验，针对工作中存在的问题，从三个方面加qiáng工作。首先，提高广大gān部对镇反工作的认识，着重纠正“宽大无边”的倾向。在各级gān部及各族各界广大人民中，广泛深人地开展宣传教育活动。通过各种形式向gān部群众宣传：镇压反革命是人民民主专政最重要的手段，对反革命不进行镇压，人民的生命财产就无法保障，人民政权就无法巩固;坚决彻底肃清反革命不会削弱统一战线，反而会使各革命阶级、各民主党派、各兄弟民族之间的团结更加巩固;一切对反革命的宽容姑息和袖手旁观，实际上是违反《共同纲领》的，是对人民不利的，是极其错误的;镇压反革命是抗美援朝的主要内容之一，肃清美蒋特务、匪徒及其他残余的反革命势力，实际上就是斩断美帝国主义侵略我国的魔手，是抗美援朝、保家卫国的实际行动;镇压反革命是保证土地改革、生产建设顺利进行的关键。在宣传中还集中驳斥了有意无意替反革命做掩护的言论，使gān部群众对镇反运动有了深刻认识。同时，要求gān部群众特别是gān部认真学习中央指示，领会jīng神，认真纠正“宽大无边”的倾向。经过一段时间的工作，“领导思想上把‘宽大无边’的偏向，大体纠正过来了”。
其次，广泛地发动群众。习仲勋认为，镇压反革命，已经做了一些工作，但并不是做得很好了。虽然领导思想上把“宽大无边”的偏向大体纠正过来了，但是工作还不深人，尤其是对广大群众进行宣传，发动广大群众起来镇压反革命，还做得不够。他要求，必须总结镇压反革命的经验，采取展览会、座谈会、控诉与坦白相结合的办法，动员大家一起动手，掀起一个普遍的、深入的镇压反革命活动的群众运动。凡是反革命活动已遭到打击的地方，他们的活动也愈加隐蔽和疯狂，如果那里群众发动不足，那里就可能成为他们的防空dòng，因此必须把群众广泛地发动起来。由于西北地区各级党委和政府深入细致的工作，广大人民群众迅速行动起来了，积极检举揭发和协助政府追捕反革命分子。
再次，正确执行政策。西北地区民族宗教问题比较复杂，正确掌握政策十分重要。习仲勋和中共中央西北局从实际出发，正确贯彻“镇压和宽大相结合”的方针，收到很好的效果。习仲勋说：“只要我们在领导思想上贯彻两条就可不犯错误。一条是严厉镇压，坚决执行惩治反革命条例，没有这一条，镇压反革命的工作就推动不开;再一条是严格控制，没有这一条就会搞错、搞乱。也只有这两条相结合的指导思想，才可以把镇压反革命工作做好。”西北军政委员会公安部按照习仲勋和中共中央西北局的要求，正确掌握政策，把杀、关、管具体化：只要敢于和人民为敌，破坏人民政权，破坏人民资财，勾结帝国主义，出卖国家利益，怙恶不悛，都应受到镇压;“自动向人民政府真诚自首悔改者”、“被反革命分子胁迫、欺骗、确非志愿者”、“在解放前反革命罪行并不重大，解放后确已悔改并与反革命组织断绝来往者”都可宽大处理，需要管制的由人民群众监督管制。对被管制的也实行了区别对待的政策，以反革命罪恶大小、主次、立功大小、自首悔过是否真诚等为尺度来确定。
习仲勋历来主张少杀人、慎杀人，特别是在群众发动起来以后，他反复qiáng调要严格掌握政策，反对过火的行为和做法。有两件事在gān部群众中很有影响：一件是陕西省旬邑县的姚chūn桂，解放前曾任旬邑县国民党民团团长，但被共产党争取过来，经常为党组织传送情报，使中共关中特委对旬邑县职田镇一带国民党人员的动态、兵力部署掌握得一清二楚。由于姚chūn桂为共产党做事只有极少数人知道，镇反中姚chūn桂被旬邑县人民政府逮捕，并决定将其镇压，当时公审的布告也已经写好。习仲勋了解姚chūn桂为共产党所做的工作，得知后指示刀下留人，保护了为党和人民做过有益工作的姚chūn桂。另一件是宁夏的王含章，早年留学日本，获得博士学位。一九四九年在国共和谈时，他呼吁国民党接受和谈条件，和谈破裂后他联络西北籍国民党立法委员、监察委员十余人在香港《大公报》发表声明，宣布脱离国民党。解放后经董必武介绍回到宁夏参加工作。镇反运动中，宁夏省未经请示错判错杀了王含章。习仲勋得知后，十分生气，认为这是违反统战政策的无组织无纪律行为，要求予以追究，宁夏省受到通报批评，直接责任人受到党纪处分。为了弥补错杀王含章的过错，习仲勋关心、安排王含章的女儿王权华到大连工学院学习，并多次帮助她解决生活上的困难。
由于西北地区在镇反中严格把握政策界限，杀人相对较少，感化了一批反动分子主动向人民政府投诚。据《群众日报》报道，一九五一年三月至五月仅两个多月时间，西安、迪化(今乌鲁木齐)、西宁、银川等地的特务反革命分子在人民政府政策的感召下，自动jiāo出长短枪一百二十九支，子弹三千一百三十五发，手榴弹八枚，证件四百六十三本，反动书籍一百八十三册，电话机八部，收发报机九部及其他pào弹、军用佩剑等武器。
在镇反中，习仲勋还正确处理了一些重大事件，对稳定西北地区的社会起了很重要的作用。西安大华纱厂是当时西北地区最大的纺织企业，职工三千多人，主要生产“雁塔牌”白布。西安解放前夕，大华纱厂资方的高管南逃时有意大幅提高了工人薪酬，导致企业成本急剧增加，生产难以为继。解放后，军管会接管该厂，为了尽快恢复企业正常生产，采取了适当减少工人薪酬、降低生产成本等措施。潜伏的敌特分子乘机煽动工人闹事，围困军管会，抢夺枪支，向人民政府施压。在这种情况下，有人主张武力平息事态，习仲勋得知后指示军管会说，共产党是工人阶级的先锋队，绝不能向工人动武，要耐心做工人群众的工作。按照习仲勋的指示，军管会人员深入到工人群众中宣讲政策，讲明原委，使工人明白了道理，事态得以平息。之后，群众很快发动起来，挖出了潜藏的敌特分子，教育了资方和职工群众，生产秩序迅速得到恢复。
在习仲勋和中共中央西北局的正确领导下，西北地区镇反工作深入开展，收效明显。到一九五一年五月，破获“中国新社会革命党”、“冀豫陕民族正义军”等反革命yīn谋叛乱案件数百起，搜捕了美帝武装间谍乌斯满、乌拉孜伯、李鹏飞及皮革命地下军正副司令、总指挥等匪徒数千名，并开始大力清理积案，先后处决了一批首恶分子，打击了反革命的嚣张气焰。西安及洋县破获反革命yīn谋bào动案三起，捕获首犯及匪特一百四十九名。西安、huáng龙、朝邑等地公安机关，相互协同破获了反革命潜伏组织“中国人民反共救国军秦晋豫边区指挥部”，逮捕指挥孔庆兆等四十七名匪特，收缴多种武器。洋县，破获了“西安绥靖公署爱国复兴总队”案，捕获总队长胡彦云等案犯七十六名，缴获各种武器、弹药、证件等。华县破获了“忠义军独立第一师”yīn谋bào动案，逮捕匪首王尊道等土匪残部七十余名。