十六日上午，习仲勋又就如何解决农业问题做了系统发言。他说：
在农业问题上，一定要揭露矛盾，总结经验，在此基础上统一全党对农业重要性的认识，下最大力气把农业搞上去。我们党领导农民从事革命和生产，具有极为丰富的经验，我们是从农村工作起家的。但现在农业问题却成了拖四个现代化后腿的严重问题。实践是检验真理的唯一标准，一定要认真总结正反两方面的经验，才能提高自觉性，抓好农业这个基础。我感到《决定》草稿的最大缺点，就是没有很好地总结经验和揭露矛盾。要面对现实，建国以来我国农业有了很大的发展，成绩必须肯定。但农业发展的速度不够快，还摆脱不了八亿人口搞饭吃的局面，并且很大程度是靠天吃饭。……解放后我国农业的发展是迅速的，但这十多年来林彪、“四人帮”对农业破坏很严重，加上我们工作方面的问题，农业发展缓慢。现在，“四人帮”垮台了，有可能、也应当认真揭露工作上存在的问题，加以解决。……不破不立，要把农业搞上去，一定要深入揭批林彪、“四人帮”对农业的破坏，拔乱反正，为生产力的发展扫清道路。半年来，我们通过整风，抓住广东农业为什么上不去的问题，揭露矛盾，分清是非，就是动员全党来解决这个问题。
习仲勋赞成《决定》草稿中提出设立国家农业委员会的建议，并提出省、地、县都应设立这个机构，加qiáng对农业的领导。他回到广东后，就立即在广东建立了这个机构，并亲自兼任农委主任。他还建议农业部“可建立一些必要的专业总公司”，“农业的投资也需要增加”。
习仲勋就如何把广东农业搞上去，谈了他在广东前一段提出的四点意见，并着重提出，要按照新形势新任务的要求，改变现在的经济管理体制，在中央统一计划下，充分发挥各地方的积极性，希望中央多给地方处理问题的机动余地。他qiáng调，广东农业要大gān快上，除把注意力首先放在恢复元气上，同时要千方百计创造条件，开辟新的生产门路。要发挥广东的特点，多搞海水养殖业、海洋捕鱼业和牧业，多搞甘蔗等经济作物和副业生产，为人民群众提供较多的食物，为国家建设和外贸出口做出更大的贡献。他还建议国家把开发海南岛作为发展农业的重点地区之一。他说，海南岛是个宝岛，要大力发展橡胶、剑麻等热带作物，“要搞几个大型的现代化的谷物农场，多生产粮食，为大规模开发海南创造条件”。
参加这次中央工作会议的与会成员，大多数是像习仲勋这样经历过二十多年社会主义建设、经验丰富的老gān部。其中相当多的又经过“文化大革命”而对社会主义建设经验教训有许多反思。这次会议恢复了党的实事求是的优良传统，充分发扬党内民主，于是与会成员畅所欲言，敢讲真话，都从各自所孰悉的领域，深刻总结新中国成立以来各条战线的经验教训。大家对于过去那种政治运动不断，一抓生产和经济就被批为“唯年产力论”和“阶级斗争熄灭论”;在发展生产中，又不讲究经济效果，不按客观经济规律发展经济;在国家统一计划经济中，对地方经济统得过死，对价值规律和市场作用利用不够;对农轻重发展次序，说起来是农、轻、重，做起来是重、轻、农;以及片面qiáng调以钢为纲、以粮为纲等问题，基本达成了共识，认为再也不能这样继续搞下去了。
在总结和反思这些经验教训中，自然就联系和涉及许多“文化大革命”中的遗留案件。如陈云在东北组的发言中指出，发展安定团结是党的工作重点顺利转移的关键，为此要解决“文化大革命”中遗留的一批重大问题和一些重要领导人的功过是非问题。如应为薄一波等六十一人叛徒集团冤案平反，为陶铸、王鹤寿等冤案平反，要肯定彭德怀对党和革命的贡献很大，要肯定天安门事件是“一次伟大的群众运动”，要批判康生的严重错误，等等。陈云提出的这些问题，得到与会成员的热烈拥护，也说出了习仲勋的心里话。
中央政治局常委认真讨论和研究了与会代表提出的意见，于十一月二十五日下午召开第三次全体会议，由华国锋代表中央对这些重大历史遗留问题作出了正确的处理决定：肯定天安门事件是广大人民群众悼念周恩来、反对“四人帮”的革命行动;所谓“二月逆流”是林彪一伙对几位老帅的诬陷;为彭德怀、陶铸、杨尚昆的冤案和薄一波等六十一人叛徒集团的冤案平反，并指出“批邓、反击右倾翻案风”是错误的，康生、谢富治的罪行应当揭发和批判;一些地方性重大事件，由各省市自治区党委根据情况实事求是加以处理，有错必纠。
习仲勋和与会代表对中央政治局基本上接受大家提出的意见，感到满意。二十七日上午，习仲勋在中南组会上发言，认为对天安门事件和彭德怀等其他许多重大问题的处理解决得很好，这对今后工作将起重要作用，是全党工作着重点转移的很大动力。他认为自己的老战友彭德怀功大于过，建议中央在提到其错误的措词时应更轻一些。他还认为，这次会议开得很好，是七千人大会以后中央第一次开得这样好的会议。大家畅所欲言，敢讲心里话，这是一个很好的开端。他颇为激动地说：“我十多年没有参加这样的会了，参加这次会议心情非常舒畅，受到极为深刻的教育和鼓舞。”他针对会上许多老gān部对在“文化大革命”中受到批斗尚有意见时，说：“我们经受了很大锻炼，不要计较个人，要多为党做工作。老gān部的特色就是老，要老的很革命，把毛主席为我们党培育的好传统、好作风，传给下一代。”他根据华国锋在这次会议的讲话中，扔然没有就实践标准问题明确表态，旗帜鲜明地指出：“关于实践是检验真理的唯一标准问题，这次会议上不讲两句，恐怕不好。这是个思想路线问题，对实际工作关系很大，外界议论也很多。是非不搞清楚，就不能坚持实事求是，希望华主席最后讲一下。”
在这次中央工作会议上，习仲勋、王全国和薛光军三人缺实非常活跃。十二月三日，在许多同志的发言都转到讨论实践是检验真理的标准问题和酝酿增加中央政治局委员和中央委员等问题时，王全国除在会上旗帜鲜明地坚持实践是检验真理唯一标准的认识外，并宣读了习仲勋和他及薛光军三人写给华国锋和中央政治局的一封信，再次要求在这次会议上要解决实践是检验真理的唯一标准“这个事关大局的问题”。他们对中央领导核心层中的个别领导人仍然坚持“两个凡是”的观点表示不放心，担心会影响全国的安定团结。
王全国读完他们三人的信后，得到中南组绝大多数同志的支持，参加会议的二十九人中有二十四人在信上签名。于是，这封信在上报中央政治局的同时，也全文刊登在会议的简报上。这无疑对会议讨论产生了很大影响。
习仲勋还在会上提出设立中央秘书长的建议。