为了帮助女校招生，秋瑾顾不得与家人多叙天伦，很快便奔走于杭州、绍兴等地，热情地向各地女校学生宣传“乘汽艇，吸自由之空气”东渡求学的好处，指出从学校毕业便可“委身教育，或任教师，或任保姆”，能“灿祖国文明之花”。但终因势单力孤而收效甚微。到1905年5月，秋瑾乘船再赴日本。
时值盛夏，一路奔波使秋瑾刚回到日本便卧病在chuáng。就在这个时候，孙中山从欧洲抵达日本，筹划成立中国资产阶级的第一个革命政党——中国同盟会。
7月30日，在东京赤坂区桧町“黑龙会”的会所，同盟会举行预备会议。会上通过了以孙中山提出的“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”口号，作为同盟会纲领，并根据huáng兴提议，一致推举孙中山为同盟会总理。随即，8月20日同盟会正式大会举行，正式通过会章，决定设总部于日本东京，总部下设“执行”、“评议”、“司法”三部，由huáng兴、宋教仁、陈天华、马君武等人主持，为了向国内各地发展力量，组织革命活动，又推定各省区的“主盟人”即任分会长;并另举廖仲凯为天津部负责人、蔡元培为上海部负责人。这样，过去各自分散的革命团体，从组织纲领上结合为全国范围的革命政党。中国资产阶级民主革命进入到一个新的阶段。
秋瑾是在病chuáng上听到这些消息的，当她病愈之时，同盟会成立大会已结束十多天。这时，青山女校已经开学近一个月了，秋瑾便匆匆忙忙地投入到青山女校的学习中去，她进的是师范科。这个班由驻日中国留学生总监督范濂和日本近代女教育家、青山实践女校校长田歌子发起合办，修业期为三年，除国文教员是章士钊外，其他都是日本教员，上课都有专门翻译。实践女校校规很严，单独外出或单独与人会见，必须有保证人，这给秋瑾联络革命同志带来很多不便，为了在学习同时进行革命工作，秋瑾坚持住在留学生会 馆，每日奔波好几里。
一天傍晚，当她拖着疲惫的身子回到寓所时，发现自己门口站着一个人。等走近了，那人已喊了起来“秋女士，近日可好啊 ?”
“啊!冯先生，”秋瑾喜出望外，“你怎么来了?”
“我怎么就不能来 ?”冯自由笑着说，“我这次可是有要事找你啊 !”
秋瑾赶忙开门，把冯自由让到屋里坐下。
“秋女士，你怎么步行回来?!这么晚，也不叫辆车 。”冯自由问道。
“唉，囊中羞涩啊 。”秋瑾笑着答道 ：“自从家父去世之后，家中一日不比一日，只能省着点啦。不过这也好，可以练练脚力，以后好为革命奔走嘛 !”
说着，两人同时笑了起来。
“秋女士，”冯自由接过秋瑾端来的茶，说道：“同盟会成立，想必你也听说了。我们‘三合会’也接受了同盟会领导，各会党也都正组织在一起，准备反清大业 。”
“三合会加入同盟会，那，那我们怎么办呢 ?”
“我也正是为此事而来 。”冯自由呷了口茶，接着说 ：“我已跟同盟会联系好，正逐步把三合会的弟兄介绍加入同盟会。9月4日，你跟我去见见huáng兴，加入同盟会 。”
“那可太好了，我这几天还正为此事发愁呢 。”秋瑾兴奋异常，她从抽屉里拿出几块钱，对冯自由说：“走，今天我请客，咱们喝一杯去 。”
同盟会成立之后，各省留学生要求参加者络绎不绝。在同盟会第一次大会召开半个月后，秋瑾在huáng兴的寓所里参加入会仪式。她举起右手宣誓道 ：“联盟人浙江省会稽县人秋瑾，当天发誓，驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权，矢信矢忠，有始有卒，如或渝此，任众处罚 。”誓毕又接受了同志相见的握手暗号和三种秘密口号。秋瑾成为浙江籍留日学生中加入同盟会的第二人。
随着同盟会的不断壮大，在秋瑾入会后的几天，同盟会召开第二次大会。
这天上午，秋瑾急匆匆前去找huáng兴，以联系有关浙江同盟会会员之事。当她踏进房门时，看见屋里还有一个人。那人花白短发，梳得很整齐，一双眼睛炯炯有神。
还未等秋瑾开口，那人已伸出一双大手。慡朗地笑道 ：“不用猜，来者一定是‘鉴湖女侠’了 。”
秋瑾迟疑了一下，说 ：“您是孙先生吧 ?”
“在下孙文 。”那人答道。
“真没想到能在这儿碰到您 ，”秋瑾显得异常激动，“这可真是太好了。”她说着回头冲huáng兴笑了笑。
“孙先生，您看同盟会现在该做些什么呢?”秋瑾迫不及待地问道。
“那您看呢?秋女士 。”孙中山反问道。
秋瑾想了想说道 ：“我看同盟会人员增多，我们不妨在各地策划起义，从各地bào动然后全国起义，推翻清政府 。”
“鉴湖女侠果然雷厉风行，所言甚是。只是现在同盟会的组织大都在国外，国内还没有像样的团体。再者现在也没有足够的军备。我正准备同huáng兴到南洋去，寻找爱国华侨，在他们支助下，从南洋打回广州，在广州建立政府，与北京抗衡，指挥全国革命 。”
“那，那我们能做什么呢 ?”
“秋女士，你不用着急 。”孙中山又笑了起来，“有工作会马上找你们的。好了，我还有事，你们慢慢谈，我告辞了 。”
说着，孙中山便起身往外走。huáng兴和秋瑾一直把孙中山送到门外，等孙中山上了马车，才一道回来。
很快，同盟会第二次大会召开，秋瑾被推举为同盟会浙江主盟人和评议员，主持本省留学界入会事务这时，她不仅到青山女校上课，还经常到东京麴町区神乐坂武术会练习骑she，学习制造炸药，翻译密码，战地救护，陆军编制等等，以便更好领导今后的起义她刚回到寓所，就听楼下几个女同学议论纷纷，她上 去一打听，原来国内革命党人吴樾，为了抗议清廷的立宪骗局，怀揣炸药 ，前去车站 ，想行刺五个出国“考察”的大臣。不料人多拥挤，怀中炸药爆炸，吴樾壮志未酬，不幸牺牲，而五大臣中仅有两人受轻伤。一听此事，秋瑾竟激动、难过得彻夜不眠，她拔剑击柱，奋笔疾书 ：“昆仑一脉传骄子，二百余年汉声死。低头异族胡衣冠，腥膻污人祖家耻……皖中志士名吴樾，百炼钢肠如火热。报仇直以酬祖宗，杀贼计先除羽翼。爆裂同拼歼贼臣，男儿爱国已忘身 。”她号召天下同仁“大江南北齐相和，英雄争挽鲁阳戈”，“前仆后继人应在，如君不愧轩辕孙”。
转眼间已到了十一月，冬天的脚步渐渐bī近了，尽管寒气日重，东京的人们却似乎仍旧无所顾及。终日穿着单衣，低着头穿梭于各个街道，与此相比，中国留学生们的生活显得窘迫难熬得多，他们时时在寓所里咒骂着湿冷的天气，或者gān脆就将书桌上几十位天才的思想送到废品站，换回一瓶烧酒，来麻醉一下无奈的神经。他们碌碌地上学，碌碌地奔波，就像一些仓皇的蝇虫，在凄厉的秋风中寻找栖身的暖地。至于革命，在这个时候似乎又只成了饭后的谈资。