红十四军失败后，刘瑞龙调入江苏省委，在陈云同志任书记的省委外县工作委员会担任副书记及省农委书记，并在李硕勋同志任书记的军委任委员。1932年秋，因为出现了叛徒，刘瑞龙不能继续留在上海，中央让他选择去苏联学习或者到东北工作。虽然他一直向往能到当时世界的革命中心——苏联学习，但想到灾难深重的祖国，毅然决定留在国内工作。当时红四方面军刚进入四川，急需gān部，他被派到川陕革命根据地。在中央jiāo通员崔逢云同志的护送下，他化装成商人，多次与敌人巧妙周旋，历经了千辛万苦，翻越悬崖绝壁上的栈道才到达汉中。用他的话说，真真切切体味了“蜀道之难，难于上青天”。
到达川陕革命根据地后，刘瑞龙先在红二十九军工作，不久任川陕省委委员、省委宣传部部长，后又调任红四方面军政治部宣传部部长。当时，由于张国焘搞肃反扩大化，关押杀害了党的许多优秀gān部，对于知识分子gān部，更是打击迫害。刘瑞龙是“白腿子”。(知识分子)，他承受了很大的压力，在宣传部长的岗位上，冒着极大的危险，尽了最大的努力，保护了不少同志。
1935年5月，红四方面军开始了艰苦的长征。由于众所周知的原因，红四方面军两次翻越雪山，三次走过草地。刘瑞龙在他的一首诗中写道：“策骑攀北麓，晨雾冷yīn浓。嘘气成冰滴，奋力登顶峰。政雾晴万里，红日浴絮云。万山回吟啸，举首揽太清。”生动地描绘了当时翻越金山遇到的艰难险阻，也抒发了一个革命者勇于战胜困难，对未来充满信心的情怀。42年后，当刘瑞龙的小孙子出世时，他给孩子起了个名叫“草地”，以此来纪念那段永世难忘的历程。
1936年chūn天，红四方面军长征到达了四川北部的藏区计孜。刘瑞龙利用工作间隙，努力研究少数民族问题并亲自参加领导发动组织群众的工作。为了更好地与少数民族群众沟通，在繁忙的公务之余，挤出时间学习藏语和口语。经过深入调查研究，在总结部队开展民族工作经验的基础上，刘瑞龙把党对少数民族的政策和做群众工作应注意的事项归纳起来，制定了《藏回地区工作须知》、《藏区十要十不要》、《回区十要十不要》等简明易行的工作守则，推动了党的民族政策在全军的贯彻执行。刘瑞龙十分注重党的统一战线工作，他拜访了甘孜白利寺的格达活佛，向他表明了共产党北上抗日的主张。经过多次友好互谈，彼此十分融洽，格达活佛认为刘瑞龙博学多识，值得信任，对刘瑞龙宣传的我党政策极为赞赏。在紧要关头，格达活佛带领白利寺的僧俗群众，特地征集了青稞134石，豌豆72石和许多骡马、牦牛来支援红军。
1936年10月，刘瑞龙奉命参加西路军西征。在敌qiáng我弱的情况下，西路军惨遭重创，成千上万的红军战士在与敌军的浴血奋战中献出了宝贵的生命，刘瑞龙也被国民党马步芳残部关押在狱中。后经党中央驻兰州代表谢觉哉、王定国同志的营救，才和其他同志一起回到延安。
刘瑞龙在延安中央党校学习一段时间后，由中央组织部分配到安吴堡战时青年训练班，与胡乔木、冯文斌等同志一起担任领导与教学工作，培养了大批抗日青年gān部。1939年9月，他随刘少奇同志到河南确山竹沟镇。11月份到达了新四军第六支队所在地——豫皖苏边区涡阳县新兴集，在那里刘瑞龙担任了中共豫皖苏区区委副书记。
此时，和他一起在南通参加革命的江上青和顾民元等也在这一带与敌人展开了殊死的斗争。江上青1929年在上海加入中国共产党后以笔为枪，写诗撰文，创办刊物，传播革命火种。江上青两次被捕，在狱中大义凛然，英勇不屈。他创作了大量追求革命理想的诗歌，表达了共产党人矢志不渝追求革命理想的情怀。1938年11月，江上青成功地推动国民党六安县长盛子瑾抗日。刘少奇同志曾高度评价说：抗战初期，我党在皖东北与盛子瑾的统战，是一个成功的范例。1939年8月29日，江上青在率队谈判返回途中，遭反动武装袭击，壮烈牺牲，年仅28岁。
顾民元烈士是刘瑞龙的表弟，1927年加入中国共产党。抗日战争爆发后，担任启东县政府一科长，后来当县长。1941年2月24日，顾民元被误杀。同年4月，被新四军追认为烈士。
1940年，刘瑞龙调任皖东北军政委员会书记。1941年9月，淮北苏皖边区行政公署成立后，刘瑞龙又担任了行署主任的职务。
在抗日战争时期，按照党中央的要求，根据地建立了统一的抗日民主政权，地处淮北的新四军得到发展壮大。根据地政府发动和领导群众减租减息，巩固与扩大抗日民族统一战线，迅速壮大了抗日力量。为了保证军民的物质供给，淮北区党委健全了政府的财政机构，积极发展经济，发行边币，稳定金融，和法币、伪币作斗争。区党委还提倡实行开源节流，严格财经审计，杜绝贪污làng费，边区政府被群众誉为“最廉洁的政府”。刘瑞龙曾经说：“那时，我和彭雪枫同志一个铜板也要掰成两半花。”
在这段时间里，刘瑞龙创作了一批反映革命斗争生活的诗歌，著名的有收在书中的“农民歌”、“革命三字经”，“阶级化分歌”等。这些诗歌传播苏维埃政府的公告，启发劳苦大众的革命觉悟，广泛宣传党的方针政策，揭露地主豪绅残酷剥削农民的本质，号召广大农民团结起来，跟着共产党，造就“世界平等”的新社会。
解放战争时期，刘瑞龙历任华中北线后勤司令部政委、华东野战军第二副参谋长兼后勤司令、豫皖苏分局财经办事处主任、第三野战军后勤司令兼政委等职务，在苏中、涟水、鲁南、莱芜、孟良崮等战役和进军鲁西南、进军豫皖苏以及淮海、渡江、上海等重大战役中，直接指挥和组织后勤支前工作，为前方战斗提供了可靠的后勤保障。
华中《新华日报》的战地记者徐熊同志风趣地说：“刘瑞龙这位战勤司令实际上是一位‘空军司令’，他手下只有一位秘书、两位警卫员、两位副手，他当时主要参与抓了三件大事：一是进行土地改革，充分发动群众，及时有力地支援战争;二是把支前后勤工作由被动转为主动，建立了支前后勤机构——北线战勤司令部和基层支前组织：三是有预见地协助华中分局、华中军区组织敌后武装，就地坚持斗争。”
1949年元月初，我华东、中原两大野战军，在党中央、中央军委和前委的领导下，经过66天激战，歼灭国民党军55.5万余人，取得了淮海战役的辉煌胜利。在战役中，就是这位“空军司令”直接组织和指挥了浩大而复杂的战勤与支前工作。在复杂多变的战争环境中，要保证由数百万民工和民兵组成的支前队伍能够及时地把枪支弹药、后勤补给送到前线，把伤员转移到后方，必须建立一个自上而下、运转灵活的后勤指挥系统。刘瑞龙为此进行了广泛的调查研究，虚心向广大gān部群众请教，找到了战勤支前工作的关键所在，从而悟出了发动群众、指导工作的要诀。在淮海战役和横渡长江两大战役中，刘瑞龙建立了不可磨灭的功勋。后来电影《车轮滚滚》生动地再现了当年民工支前的感人情景。