6月7日，林则徐来到浙江肖山县义桥坝，这时他才知道裕谦已于半个多月前由镇海回苏接两江总督新任，而刘韵珂则从杭州至镇海驻节。省里已没有可以代奏之人，于是他临时作出决定，眷属继续前进，在杭暂住，自己取道径往镇海军营。
6月10日，林则徐至宁波，急切地向他们询问前线铸pào备战情形，委托冯登府代为搜集铸pào的文献资料。下午，与前来迎接的巡抚刘韵珂、提督余步云等在舟上见面，并一道抵达镇海。他不因自己“悬而无薄”而置身局外，第二天便登上招宝山，察看新旧pào位，第三天即到镇海pào局“与局员议铸pào演pào事”，并把他从广东带来的《pào书》，“检讨此间pào局，以资参考 ”。
14日，刘韵珂把裕谦请旨给林则徐差使的奏稿，jiāo给林则徐阅看。林则徐对裕谦派给他的差使是心满意足的。虽然道光帝的旨意如何尚未可知，他还是积极地参予策划镇海的防堵事务。连日来，他“日乘竹兜，渡大浃，登高陟险，指画守御之方 ”，与刘韵珂等“将镇海口内外情形历勘详度 ”，着重考察各pào台地利形势，检查添筑防御工事。林则徐还积极参加研制大pào、战船。
6月30日，林则徐接到裕谦来信，信中录寄一道“廷寄 ”，廷寄宣布了道光帝本月15日的命令，这道谕令清楚地表明，道光帝虽然在抵抗派的要求下，把林则徐派到浙江，但仍无意重新起用他。尽管如此，林则徐仍一如既往，jīng心组织备战活动。
林则徐身在镇海军营，心里念念不忘广东的抗英斗争。到镇海的第三天，接到广东友人来信，获悉5月21日夜，广州大获全胜，十分高兴。6月17日，他接到怡良的来信， 才知道5月22日以后， 英军“复肆猖獗，继仍乞和 ”，不过，由于关山的阻隔，林则徐此时不可能了解奕山指挥的清军在这次战役中大遭惨败的真相，不清楚怡良所称的英军乞和实际上是奕山投降，也不知道三元里人民奋起抗英，狠揍了英国侵略者，更想不到这个战役的结果，还会对他的前途和命运发生重大影响。
7月13日清晨，裕谦刚刚从江苏赶回镇海，准备从容布置防剿事宜。他“意中将倚(则徐)为左右手，一到便找林则徐商议。林则徐对老朋友的到来，极为兴奋，和裕谦放怀痛叙衷肠。就在这天下午，道光帝将林则徐流放伊犁的谕旨送达镇海军营。裕谦被这突如其来的悲讯怔往了，他为老朋友的境遇痛感婉惜和同情，为自己“失谋主”而心怀惆怅。林则徐在傍晚从刘韵珂处得知这一旨意。 献身无路， 报国无门，此景此情，除了悲愤，还是悲愤!
第二天，他乘舟告别了披沥奔驰了整整33个昼夜的镇海，结束了令人难忘的军营生活。
1841年7月14日，林则徐踏上赴戍途程，17日，到杭州，准备稍事停留，等到伏尽，再启程赴戍。
这一次，他的老战友邓廷桢也被放逐伊犁。共同的遭遇，把他俩的心紧紧地连结在一起了。他俩相互通信，倾吐心怀。约定守候秦中，同行出关。
林则徐滞留杭州，故友、旧属纷纷赠诗相送，jīng神上得到莫大的慰藉。
张珍臬10年前曾被谪戍新疆，绘有《梦月听诗图》， 曾向林则徐索题， 因政事繁忙，“冗中仅题额应之 ”。此时重晤，同病相怜之感油然而生。这一次，林则徐把自己的情感溶化在题诗中：
……
诗梦俄惊梁月堕，边心遥逐塞云愁。
谁知卷里濡墨客，垂老凭君问戍楼!
林则徐还向他询问西陲的许多情况，张珍臬“以和泰庵尚书在伊犁著《三洲辑略》稿本”借予林则徐随带出关，并赠诗6章，林则徐和诗感谢，并抒发自己对国事的忧虑：
不信玉门成畏道，欲倾珠海洗边愁!
临歧极目仍南望，蜃气连云正结楼。
8月暑退伏尽，林则徐带着眷属从杭州动身，拟由江苏、河南经西安，西行出关。途经京口时，巧遇老友魏源。魏源对老朋友壮志未酬、无端被贬感到无比愤慨，在著名的《寰海》组诗中，他怒斥投降派对林则徐的诬陷、迫害：
谁奏中宵秘密章，不成荣虢不汪huáng。
已闻狐鼠凭城社，安望鲸鲵戮场疆!
孰使卉皮轻节钺，只因薏苡似珠琪。
不诛夏览惩贪师，枉罢朱纨谢岛夷。
林则徐和魏源自江苏话别，已易6个寒暑。此次相见，他俩对榻叙怀，披肝沥胆地jiāo换意见，举杯消解郁积的忧思。他们情投意合，聚jīng会神地jiāo谈，直到东方发白。在依依惜别之际，魏源赋诗二首，赠给正在走向戍途的林则徐：
万感苍茫日，相逢一语无。风雷憎蠖屈，岁月笑龙屠。方术三年艾，河山两戒图。乘槎天上事，商略到鸥凫。
聚散凭今夕，欢愁并一身。与君宵对榻，三度雨翻萍。去国桃千树，忧时突再薪。不辞京口月，肝胆醉轮□。
几天之后，林则徐来到扬州。这时，他接到道光帝8月19日的谕令，要他从遣戍途中折回开封祥符工地，襄办河工，“效力赎罪 ”。奔腾咆哮的huáng河， 又制造了一次大水患!8月2日黎明，冲决了开封府城西北10余里南厅祥符讯31堡的堤防。滔滔洪水，一泻千里，开封府护城堤被冲溃，水发第8天，城墙坍塌，动逾数十丈，“城中万户皆哭声 ”， 消息传到京师，朝廷震惊。道光帝命林则徐折回东河效力。
新任东河河道总督王鼎没有治水经验，他顾不得林则徐日夜兼程，事事找其面商，林则徐“追随星使(王鼎)，朝夕驻坝 ”，“日夜坐于士卒同畚锸 ”， 以致“奔驰成疾，既发鼻衄，又患脾泄 ”，但王鼎极需他的襄助，“遂不得不勉qiáng支持 ”。
正当林则徐全神贯注于堵口工程的时候，英国侵略者又气势汹汹地挑起战火，前线失利的军报一次又一次传到工地。厦门、定海、镇海、宁波连连失陷。闽、浙沿海的失事，故人、僚属的阵亡，令林则徐悲痛欲绝。他多么殷切地希望能够重返抗英前线啊!但是，他也明白这只是一个空想。这年冬天，林则徐上书新任两江总督牛鉴，“ 力陈船pào水军之不可已 ”，但牛鉴仅以空言敷衍，并不采纳实行，他伤心已极，决定守口如瓶，不再言事。
然而，林则徐在东河工地的处境也是十分困难的，作为“效力赎罪”的“罪臣 ”，他的地位很低，更谈不上有决策的权力。虽然王鼎信得过他，但是工地上的贪官污吏对他的诽谤攻击有增无减，他眼巴巴地看着贪污横行而无权制止。王鼎对林则徐在祥符大工合龙工程中所起的作用，当然十分明白，他奏报道光帝：“林则徐襄办河工，深资得力 ”，希望能按往常惯例，论功行赏，重新起用，最少也可以将功折“罪 ”，赦免流放。可是，早已倒向主和派阵营的道光帝，根本不理会王鼎的奏荐。在庆贺祥符堵口河工告成的宴会上，王鼎请林则徐居首座，一起放怀痛饮。忽传旨到，“林则徐于合龙后，着仍往伊犁 ”，王鼎和其他正直的官吏都为这不公道的处置忿忿不平，林则徐镇静自若，他抱着“君恩难忘”的观点，承受了这一打击。