林则徐抵任后，面临的就是这样一种局面。为缓和正在逐步走向激化的阶级矛盾，林则徐运用长期在东南灾歉地区为官的统治经验，一方面对饥民大施仁政，奏请缓征钱粮，又饬令各府、具官吏开仓平粜、收养饿殍，倡捐劝济，要地主豪绅“好义急公 ”，设局散赈。另一方面，则整饬营伍，严厉缉捕“刀客”和造反的饥民，主张“严拿严办，辟以止群，在荒年尤不宜宽 ”。在他的严督下，这年底，渭南等地陆续抓捕“刀客”和其他“案犯”达146名。
这时的陕西，虽然腊月间下了大雪，但“土厚性gān，至今未沛chūn膏，仍是扬尘赤地 ”，林则徐正极力筹划解决这个棘手的问题，5月14日却接到调任云贵总督的命令。
1847年7月9日，林则徐经过月余旅程，来到乌蒙。不久便转入滇疆，月杪抵达昆明，31日受篆上任。28年前，林则徐到这里充任云南乡试正考官，晚年旧地重游，不胜感慨。那时是“承平盛世 ”，现在却是烽烟遍地，残破凋零，等待他处理的是积案如山的文报!
林则徐抵滇后，永昌、顺宁、缅宁、云州一带，“却尚安静 ”，“汉回现尚不斗 ”。 为了稳定局势，防止秋收引起争端，触发起义，林则徐主张首先安顿好保山城大屠杀后流散各地的回民，使之“归复原处，有产者清产还之，无产者量以绝产给种 ”。林则徐不赞成歧视和滥杀回民 ， 不分青红皂白地把回族中的“良民”也一概杀害，也不赞成宽容和放纵汉族中的“莠民 ”， 因为他们的行为触犯了封建法制， 从不同的方面侵害了封建统治的利益。林则徐比前任高明处，首先在于他把汉族和回族中的地主分子或上层头人都当作封建统治的基gān，不加歧视地给以扶植，利用他们的合作，去qiáng化基层组织，有效地消弭各种反清抗官的力量，“以汉保回，以回保汉 ”。 巩固封建王朝的长治久安，必须保证回汉人民的生存和生产条件。实际上这是林则徐“ 安贫保富”、“ 除bào安良”思想在回汉民族杂居地区的具体运用。
11月27日，郑夫人因病去世，给了他一个沉重的打击。“暮年遭此， 其何以堪 !”林则徐悲痛已极。
1848年2月23日，林则徐从昆明起程，预备亲赴大理驻扎督办保山练匪案。3月初，林则徐途经楚雄，得知赵州弥渡回民起事消息，认为“此间直是乱邦，竟不知有国法，只得移兵先往剿捕 ”。镇压弥渡回民起义后，林则徐移驻大理，统兵相机剿办保山练匪，先后逮捕了100多人。3月下旬，林则徐由大理移至永平，一面弹压回民，一面挥兵进入永昌，并先行发出布告，表示对保山练匪决不宽贷。在大军压境的形势下，各哨练匪纷纷向清军缴械投降。4月18日，林则徐自永平至永昌。巡阅营伍后，又至保山城外各哨查看，下令平毁了汉族地主武装乡练在各村寨建立的沟垒。5月，林则徐自永平折回大理，了结丁灿庭等京控案件，惩办了和屠杀回民惨案有关的官弁。但在处理幸存回民的善后上，他却违背本心，顺从旨意，将招复的保山回民200余户，安插到距城200余里官乃山居住，拨把总一弁，兵80名，以资弹压。
林则徐在迤西用兵半载，镇压了云南回民起义和各种形式的反抗斗争，先后处死或惩治的回民达1000余名。通过这次用兵，云南的封建统治得到加qiáng。道光帝以林则徐著有“劳织 ”，加以“太子太保”的头衔，并赏戴花翎，这年年底和1849年2至5月，林则徐又派兵镇压了邓川州倮倮族和腾越厅山地少数民族的反抗斗争。 但是， 人民的起义和反抗是用武力征服不了的，林则徐自己也清楚地看到这一点，他曾说 ：“在鄙意期为一劳永逸之计，但恐无久要长治之方。”他明知不可为而为之， 正是没落的封建地主阶级性在他身上的反映。实际上还不到10年，随着中国近代第一次农民反帝反封建高cháo——太平天国革命的到来， 1855年以后， 云南便形成以大理为中心的回民大起义和以弥渡为中心的彝族大起义，把林则徐苦心弥合的封建统治秩序化为过眼烟云了。
林则徐在陕甘、云贵活动期间，仍然关心时局，寻求富国qiáng兵、抵御外侮的方案。早在林则徐谪戍伊犁期间，银贵钱贱的趋势已在日益加剧，朝廷议论纷纷，束手无策。一系列不平等条约的签订，虽然没有公开宣布清政府鸦片禁令的取消，但在英、美等西方资产阶级政府的庇护和清朝统治集团的放纵下，鸦片走私贸易以更大的规模发展起来。它给中国社会造成的直接经济恶果，便是银贵钱贱问题的日趋严重。银贵钱贱， 影响到劳动人民生活状况的恶化， 也造成“税金不能入库，国家濒于破产 ”。实际上已经放弃禁烟政策的清朝政府，为了摆脱财政枯竭的窘境，除了巧立名目向劳动人民转嫁这个老办法之外，也不得不筹划对策遏止银贵钱贱，或从其他渠道扩大银源。
林则徐不敢像领导禁烟运动那样，理直气壮地坚持禁烟了，这反映战后中国封建主义和外国资本主义从对抗走向结合的政局，给地主阶级改革派、抵抗派没有留下多少回旋的余地。
严禁鸦片既已成为官场禁忌，挽救银荒危机的方案，只能求诸于治标。当时提出的改革方案，重大的有两项。 其一是实行“钱银兼用 ”，“贵钱济银 ”。其基本点是扩大用钱之路，以调剂白银的不足，并压低银价。各地疆吏讨论的结果，这一方案被搁置不用。
其二是开银矿，增加银源。这本来也是地主阶级抵抗派在鸦片战争前就已提出的主张。当时，封建统治集团曾以种种借口抵制和反对，其中一大理由，便是开矿容易“聚众藏jian ”。林则徐在云贵总督任上，从开辟银源的观点出发主张大力开采银矿。
至于开采方式，林则徐主张“招集商民，听其朋资伙办，成则加奖，歇亦不追 ”。除集资朋开新矿外，他还主张整顿老厂，“不得因广采新山， 而转置旧厂于不问 ”。为了鼓励商民开矿冶炼，林则徐还拟订了4条章程：宽铅禁，减浮费，杜诈伪，严法令。
林则徐鼓励商民“朋资伙办 ”，开采银矿，目的在于解决银源问题，并不是提倡在银矿业中发展资本主义。依靠合法商民开采银矿，对解决银贵钱贱危机的作用是极其有限的，林则徐允许商民集资开采银矿的进步意义，在于反映了他“富国富民”的爱国愿望。
林则徐身处僻远的西北、西南边疆，对东南海疆和西陲边境的前途命运时刻悬念，表现了高尚的民族气节和爱国主义jīng神。鸦片战争后，外国资本主义和中华民族的矛盾，在东南地区突出地表现在英国侵略者图谋qiáng入福州、广州城居住和由此引起的人民反入城斗争。林则徐调任陕西巡抚之时，友人王庆云自北京向他报告福州人民反英斗争的情况，并激愤地指出福州“已成腥臊之窟，其失策总在使之入城 ”。广州人民反对英人入城的斗争，在中英《南京条约》签订前就已开始，林则徐在凉州、西宁督办“番务”之时，友人曾写信向他报告广州人民反入城斗争的梗概。