1865 年 5 月，清政府的“剿捻”统帅僧格林沁在山东菏泽全军覆没。僧格林沁死在一个十几岁的童子兵张皮梗的手下，场面煞是惊人。清政府马上任命当时为两江总督的曾国藩为钦差大臣北上督师，让李鸿章以江苏巡抚署理两江总督。这意味着李鸿章即将掌握两江的军权和政权。李鸿章在各方面给曾国藩的剿捻活动以支持。首先是在兵力上，湘军已经被裁撤的差不多了，李鸿章调给曾国藩 33 个营的淮军。李鸿章又派出 10 个营的jīng锐部队航海前往天津然后转战到景州、德州。李鸿章在粮饷上也给予曾国藩很多支援。他知道，在“剿捻”的大计面前，湘军和淮军必须团结一致。
曾国藩的此次剿捻，先后调集淮军 6 万。这些淮军一律装备着洋枪洋pào，还有堪称完备的独立pào队。可是，曾国藩在指挥淮军时却很不灵光，因为淮军只听从李鸿章的调遣，而这一点他并不是不知道。曾国藩心中即使有一些怨恨和牢骚，也只好徒自兴叹。他此刻最大的感叹，就是湘军的盛况已去……曾国藩剿捻并不尽如人意，1866 年 9 月，捻军大破开封附近湘军战线。曾国藩得知后，十分忧虑，一下子病倒了。曾国藩给朝廷写了请罪书，还把李鸿章叫到身边帮忙。可是，清廷却发来了圣旨，让曾国藩返回两江总督任内，令李鸿章为新的钦差大臣，接替剿捻重任。曾国藩脸都气紫了，真是太有失颜面了。他为了平衡心态，一再要求留下来维持军心，可是清廷却让他赶快回到两江去。
李鸿章派人到曾国藩那里去取大印，曾国藩本来就生着病，看到此景格外感伤和落寞。他无奈地说，这么快就拿走了?我还以为得办个jiāo接仪式呢!李鸿章接任后，得意忘形，根本没有把捻军放在眼里。不久，他就尝到了接连四次溃败的苦滋味。这四次分别在罗家集、倒树湾、尹隆河、六神港。捻军突破曾国藩的河防之后，在 1866 年 10 月分为东西两部：赖文光和任化邦率东捻军在河南活动，张宗禹率西捻军攻打陕西。
捻军和太平军不同，他们人数较少，没有根据地，作战灵活，采取游击战术。湘淮军则人数众多，调动起来很困难，经常被捻军牵着鼻子走，疲于奔命。和李鸿章jiāo手的东捻军将领赖文光足智多谋，任化邦骁勇善战，二人配合的相当默契。淮军各营统率又各自为政，争功心切，互不相帮。所以，李鸿章吃了不少苦头。李鸿章吸取教训，重新改组队伍。他把淮军改编成四支jīng锐部队，即铭、武毅、鼎、勋四个营。此外，李鸿章还增加骑兵的力量，严加训练。因为捻军在北方平原上惯于骑马，来去无踪，飘忽不定，淮军的骑兵怎么也追不上人家。
为了尽快地训练骑兵，刘铭传采取了一个办法。他把一个金元宝吊在大营门口，并点上一炷香。下令说，在一炷香的时间里绕着营盘骑马跑三圈，谁第一个到达就给谁这块金子。这个办法十分有效，骑兵们奋勇操练。三个月之后，跑的最快的兵士，已经能在一炷香的时间里，绕着十四个营盘跑三圈了。
在对付捻军的战略上，李鸿章采取了“倒守河运”的方法，意图是：捻军已经在 1867 年的夏天突破运河防线，进入山东，李鸿章决定守住运河西线，不让捻军回师。决心已定，李鸿章不顾山东巡抚丁宝桢的不满，把大营搬到济宁。这样，山东就成为主战场。李鸿章还采用了“进扼胶莱”的方针。胶莱河位于山东半岛中部，是元朝时候的一条运河，用于沟通东海和渤海。当时捻军已经进入登州和莱州。李鸿章命淮军各部分守胶莱河。捻军识破李鸿章的意图，多次反扑胶莱河各处，8 月，突破东军王心安部防线。李鸿章别无他法，继续死守运河防线。可是，运河防线却一再被攻破。曾国藩对他这招儿失去了信心，劝李鸿章另想办法。可是，李鸿章却不为所动。他对曾国藩说，我相信，坚持到底一定会胜利。后来，捻军多次想过运河而不成，只好改去鲁南、苏北一带游击。刘铭传买通任化邦手下的一个小头目开枪she死了任，于是捻军大乱。最后，赖文光也英勇就义。
淮军成功地剿灭了东捻军，可是李鸿章和淮军将领并没有得到多大的赏赐。李鸿章只加授一等骑督尉世职，刘铭传只加授三等轻车督尉世职。显然，朝廷有意压制日益壮大的淮军。淮军内部开始怨声载道，刘铭传、郭松林、潘鼎新要求放三个月假回家，刘秉璋和李昭庆要求不再带兵改当文官。有时候，这些将领喝酒之后就找李鸿章吵架，尤其是刘铭传，大骂李鸿章无能，不能为部下讨取赏赐和利禄。在济宁的李鸿章每日被内部矛盾困扰，淮军面临着有史以来最大的危机。
此前，西捻军采用围魏救赵的策略攻打河北，希望解救东捻军的危急。他们冲破壶口河防，进入冀南，再经顺德、保定、易州，直bī北京附近的房山县。但是，他们还是晚来一步，这时的东捻军已经全军覆灭。然而，京师附近没有兵力，防务空虚。捻军北上，顿时让清廷上下一片惊骇。于是，朝廷连下五道诏令，要求李鸿章速来京城保驾。可是，淮军将领们谁也不肯带兵北上。李鸿章因为这次救援不利，受到处罚，被撤销刚刚加封的骑督尉世职，革去双眼花翎。一天晚上，李鸿章正冥思苦想难以入眠，忽然听见外面吵闹喧哗。原来一些淮军将领正在吵吵要带兵北上，拿下京师，造清廷的反。李鸿章听到这里，赶紧跑出来劝他们不能有这种造反的想法，可是没有人理会他。李鸿章十分苦恼，朝廷本来对自己不满，如果淮军再闹下去，真不知该如何收场。即将离营的刘秉璋悄悄对李鸿章说，现在大家都不听你的，你找潘鼎新想想办法。潘鼎新是个读书人，深明大义，又是您的学生，你如果做通了他的工作，其他人就好办了。刘秉璋又去找潘鼎新说，我们是多年的好朋友，你又是老师的学生，如果老师真的被你们闹的倒台了，对你们有什么好呢?你们还有什么前途可言呢?
第二天，李鸿章找到潘鼎新说，你知道我被处罚了吗?潘鼎新说知道了。李鸿章说，你不为我的前途担忧吗?潘鼎新说：这有什么好担忧的，只要以后再立功劳，朝廷还会给你加官进爵的。李鸿章说：那你就赶快带兵北上护驾，帮我将功补过吧!潘鼎新带着人马先走了，于是，其他的人也纷纷跟着北上了。只有刘铭传请了三个月的假回到家里。李鸿章费了一番周折终于将内部矛盾解决。接下来又面临着剿灭西捻军的任务。李鸿章依旧主张重视河防，可是自比“当今诸葛”的左宗棠，却一意主张全力追剿捻军，二人就此争执不下。李鸿章一直看不上左宗棠用兵，他写信给曾国藩说：这个当今的诸葛亮，总是跟着诸多将领后面寻贼。这时，朝廷派来恭亲王督阵，要求他们一个月内必须破贼。
一个月之后，张宗禹率捻军一路攻到天津南郊。李鸿章、左宗棠二人由于作战不力，都遭降职两级处罚。经过这次的教训，李鸿章和左宗棠终于达成一致的战略主张，即河防和追剿并重。可是，前方缺少力敌的主将。当时，刘铭传由于常年的骑马，得了一种病叫“跨马痈”，大腿上长了毒疮。经医治后，虽然病愈，但身体十分虚弱，加上没有得到应有的奖赏，心中总是不平，所以当其他将领都带兵北上的时候，只有他告病在家休息。曾国藩得知情况之后，派人前去慰问，并捎去一封信劝说他：你和李鸿章是人间难遇的知己，你应当早日奔赴前线，帮助他建立这个历史功勋，你自己也会名垂青史。刘铭传看完信后，大为震动，马上奔赴前线，率部杀敌。在剿捻结束之后，刘铭传被授予一等男爵，这正应了曾国藩的预见。