从上海解放那天起，潘汉年就担任上海市人民政府副市长、市政府党组书记、市委副书记、第三书记等重要职务，主持市政府的日常工作，成为陈毅市长的得力助手。
潘汉年协助陈毅领导上海工作是多方面的，搞好城市接管工作是其中的一个重要方面。当时，陈毅是上海市军管会主任，粟裕是副主任。潘汉年兼秘书长，领导军管会的日常工作。当时，在军管会下面，设立了军事、政务、财经和文教4个接管委员会，具体负责各系统各部门的接管工作。潘汉年主要是抓面上的工作，如综合情况，处理问题，协调步骤等，工作千头万绪，任务极其繁重。在两个月的接管工作时间里，潘汉年度过了许多不眠之夜，他经常主持或参加军管工作会议，听取汇报、作出决定。会议每次都开到深更半夜，有时甚至通宵达旦。由于潘汉年长期战斗在上海，对上海各行各业的情况非常熟悉，而且思想敏锐，作风踏实细致，因而对接管工作中出现的新情况新问题都能提出中肯的意见和解决办法。经过两个月的日以继夜的紧张工作，基本上完成了接管任务。
对潘汉年在接管上海的工作中所作出的贡献，当时担任市政府副秘书长的周林作过这样的评价。“他长期在上海从事对敌隐蔽斗争，熟悉上海各方面的情况，在接管上海中立下了汗马功劳，起了别人起不了的作用。”
接管工作完成以后，在市委、市政府的领导下，各个系统重新建立了政权机关。潘汉年领导主持了这项工作，并亲自参加各局和公司的成立大会，代表市委、市政府讲话、作报告、分析上海的形势，号召广大gān部群众为建设新上海而努力。各系统、各部门政权建设工作的完成，有力地保证了上海的经济建设和各项工作的顺利进行。
解放初期，提上市政府议事日程的一个迫切问题是打击金融投机，稳定货币和市场，保障人民生活。国民党统治后期，通货膨胀十分严重，物价指数如天文数字，国民党通用货币金圆券毫无信用可言。一解放，市军管会于1949年5月28日立即颁布金字第一号布告，规定即日起使用人民币，并限期于6月5日禁止使用金圆券，并宣布以人民币1元兑换金圆券10万元的比价。人民币开始进入市场。但一些投机jian商却肆无忌惮地进行银元投机，哄抬银元价格，随后huáng金、外币价格也跟着而起，造成金融市场一股投机làngcháo，带动商品市场物价上涨，有的商店甚至拒收人民币。
面对上述情况，市军管会除了采取必要的经济措施以外，于1949年6月10日，经请示中央同意采取了第一次大规模的行动。经过周密的研究部署，在陈毅、潘汉年、宋时轮等的亲自指挥下，组织了金融、公安、警备区等有关部门的人员，分成5个小组，于6月10民在非法jiāo易最集中的上午10点钟，突然封锁了金融投机的大本营证券大楼，当场逮捕了犯有严重罪行的投机商238人，移jiāo法院审理，并缴获一大批huáng金、银元和美钞。
通过这次斗争，党和人民政府在群众中的威信空前提高。同时彻底消灭了以银元金钞计价的现象，人民币占领了市场，政府完全掌握了金融领导权，对稳定上海的市场、经济发展和人民生活起了重要作用。
金融投机市场被击溃后，投机势力又把投机资金转向了商品市场，从1949年7月到1950年chūn，连续三次掀起“涨价”风cháo。面对这种情况，当时担任上海市财经委员会主任的潘汉年，在中共华东局、上海市委的领导下，领导经济战线的党员gān部，研究各种对策，努力抑制物价上涨风cháo。当时，他几乎天天晚上参加各部门的领导gān部会议，听取汇报，讨论解决的办法。经过几个月的艰苦努力，终于战胜了投机势力的猖狂进攻，巩固了新生的人民政权，稳定了市场物价。
上海解放后，帝国主义和国民党反动派不甘心他们的失败，不断派飞机来上海轰炸。1949年6月23日，美国指使国民党蒋介石公开宣布对上海口岸实行武装封锁，企图切断上海的海上jiāo通运输线，破坏上海的经济建设。1950年2月6日，台湾国民党反动派对上海的发电厂和自来水厂等实施狂轰滥炸，给人民生命财产造成重大的损失。事件发生后，潘汉年立即陪同陈毅亲赴被炸现场视察，慰问工人和灾民，并动员组织各方面力量，全力抢救，恢复生产。
潘汉年在主持市政府日常工作期间，非常重视抓好上海的经济建设工作，他坚决贯彻党中央关于要使上海从消费性城市转变为生产性城市的方针，花大气力抓了上海的经济建设工作。1952年3月，潘汉年在一次gān部会议上的讲话中指出，“改造旧上海为新上海，必须思想上明确以生产为中心，一切为生产服务”。
潘汉年还处处关心人民群众的生活和疾苦。他常对市政府工作的同志说，人民政府的工作千条万条，最重要的一条，就是为人民多办几件好事。1950年初，就决定建造工人新村，逐步改善人民群众的居住条件。为了贯彻落实这一方针，潘汉年领导督促主管部门，组织力量对工人的居住情况进行调查，并多次召开会议，讨论研究工人新村的修建规模、标准等问题，抓紧落实，使解放后第一个工人新村——曹杨新村很快建造完工，一大批工人劳模搬进了新房。曹杨新村的建立，开了上海建造新村工房的先例。
上海解放后，潘汉年除了协助陈毅同志主持市政府工作之外，还担任中共中央华东局统战部副部长兼上海市委统战部部长，主持日常工作。
当时，团结争取爱国的工商界人士，共同建设新上海是一项极其重要而迫切的任务。潘汉年曾经向统战部的同志指出，上海这个大工商业城市，如果工商界人士袖手旁观，隔山观望，光靠党、政府和工人阶级的力量，是不容易迅速把生产和市场搞好的，一定要争取他们站到我们这一边来。
但是，许多工商界人士对中国共产党的政策心存疑虑，解放前夕，纷纷把资金抽调到国外和香港，有的人虽然留在上海，但也是随时准备席卷而走。针对这种情况，陈毅和潘汉年等曾多次召集民主党派和各界爱国人士，特别是工商界人士开会，反复向他们阐述党的城市政策和工商经济政策。同时，潘汉年还充分利用在民主革命时期结识的工商界朋友，广泛深入地开展说服劝导工作，努力争取许多移居海外和港澳的工商界人士重返上海，为新中国的建设事业作贡献。并且动员留在上海的工商界人士从国外和香港调回资金和设备，重新开工生产。
潘汉年在统战工作中坚持实事求是，和党外人士推心置腹的做法，当时受到过一些人的批评，说他是右倾。但他坚信自己的做法是符合党的政策原则和利益的。因而毫不动摇，始终贯彻党的统战政策，和党外人士jiāo朋友，在和谐友好的气氛中开展工作。
潘汉年还注意抓市政府机关内部的统战工作。1952年间，他根据1951年政务院秘书长会议jīng神，主持召开市政府机关内部统一战线工作组成立大会。潘汉年在会上作了《关于进一步加qiáng市府机关内部统一战线工作的报告》，受到与会同志的热烈欢迎。后来，他又对机关统战工作作了批示：“政权中党委及党组应经常讨论本单位的统战情况，支部应将统战工作列入经常议事日程中。”并“要求政府首长综合本单位统战工作情况，将成绩、缺点，联系今后如何提高统战认识，向党外gān部作报告”。他还主张把统战工作贯彻到各个部门，从政权部门到生产部门，都要做好这一工作。他说：凡是统战政策思想贯彻好的部门，工作就搞得好，反之就不会搞好。