上海解放初期，市委市政府的工作千头万绪，纷繁复杂，但潘汉年对党的统战工作始终倾注了满腔热情和大量jīng力。正如当年在他领导下工作过的同志所说的那样：“潘汉年同志在解放前地下斗争时期和掌握政权后，长期和民主人士相处。几十年来，这些民主人士虽历经风làng，但仍然坚持跟党走，他们中不少人后来还担任了很重要的领导工作，这是同潘汉年同志的努力工作分不开的。”
上海历来是国民党特务机关的一个重要活动基地。解放以后，在上海潜伏下来的特务有6000余人。此外，台湾国民党还不断派遣特务潜来上海，进行暗杀和破坏活动。潘汉年对上海的反特工作和治安保卫工作抓得很紧，经常听取公安部门的汇报，并及时给予具体指示，有时还亲临第一线指挥战斗。
为了保证上海的公安保卫工作顺利开展，潘汉年很重视公安gān警队伍的思想建设和素质训练，他一再向公安战线的同志指出：要打倒敌人，必须熟悉敌人;要战胜敌人，必须学会敌人的长处。他还反复qiáng调，做好公安保卫工作，一定要坚持广泛深入的调查研究工作，要把专业工作和发动群众有机地结合起来，认真贯彻执行专门机关和群众路线相结合的公安保卫方针，发动群众，依靠群众。
潘汉年不仅为保卫上海倾注了极大的jīng力，而且在改造上海的斗争中作出了突出贡献。近百年来，帝国主义统治上海，培植了一批为它服务的上海流氓势力。他们长期横行上海，给上海人民带来了深重的灾难。如何解决这一问题，是潘汉年长期考虑的问题。他凭借着长期在上海开展对敌斗争的经验，顺利清除了上海流氓势力。当时，上海人民对共产党能不能清除这势力心存疑虑，他们说，“共产党要是能把上海的流氓势力打倒了，才真正称得上翻身”。当他们看到这一要求变为现实时，无不拍手称快。
经过几年坚持不懈的艰苦努力，上海终于初步改变了面貌，以崭新的姿态显现在世人面前。这巨大的变化，凝聚着潘汉年同志的一份辛苦。
九
1955年3月15日，潘汉年主持了在上海新建成的中苏友好大厦落成仪式。这是他有生之年为上海人民所做的最后一件实事。当天晚上，便乘火车去北京，参加中国共产党全国代表会议。
谁也不曾料到，一场灾难向他袭来。
1955年3月21日，中国共产党全国代表会议在北京召开。这次会议的一项重要议题是解决高岗、饶漱石反党联盟问题。在讨论中，一些曾受高、饶影响，或和高、饶有过牵连的人，先后在会上作了自我批评或jiāo代。毛主席对此表示充分肯定，并要求高级gān部本人历史上有什么问题要jiāo代的，应当主动向中央讲清楚。同时，会议印发的材料中，涉及上海市公安局工作中的一些问题。潘汉年看了材料，触发了长期埋藏在心底的一件往事。
那是1943年，他奉命去上海寻找汪伪特工头目李士群，搜集日伪情报。到上海后，潘汉年了解到，此时李士群正在南京，于是，又马上赶到南京与李士群会面。见到李士群后，没想到李士群突然提出，汪jīng卫想要见见潘汉年。对于李士群的要求，潘汉年反复权衡了当时的实际情况，当机立断，决定答应李士群的要求。
潘汉年与汪jīng卫这次会见，是在李士群的挟持下进行的，会见中潘汉年坚持了党的原则。事后，潘汉年回到淮南根据地时，正值整风运动进入gān部审查阶段，潘汉年怕一时讲不清楚情况，便没有向华中局领导汇报南京之行的情况。1945年参加党的“七大”时，他在见到毛泽东时，曾想向毛泽东当面汇报此事，又因毛泽东对他的高度信任与赞扬，咽下了已到嘴边的话语。他不曾料到，这会成为他个人革命生涯的一个重大挫折，造成终生的遗憾和痛苦。
4月2日，潘汉年向参加会议的上海代表团团长陈毅详细汇报了1943年会见汪jīng卫的来龙去脉，并说明了自己长时间未向组织说清楚的原因，同时将他所写的一份有关这件事情的经过情况和检讨jiāo给陈毅，请他转报中央。陈毅听了潘汉年的汇报，觉得事关重大，当天便向毛泽东作了报告。毛泽东迅速作出了立即逮捕审查潘汉年的决定。
4月3日，潘汉年在他下榻的北京饭店被捕。
4月17日，上海报纸公布了潘汉年以“内jian”罪而被捕的消息，在上海市的广大党员gān部和群众中一时掀起轩然大波，一段时间内揭发批判文章连篇累牍。接着，这股批判làngcháo同潘汉年一起，消失在中国大地上，人们渐渐把他遗忘，只有他的一些战友满腹疑惑，在突如其来的打击面前，心头蒙上了层层yīn影。同时，有一大批人因为过去与潘汉年有过工作关系，而受到株连，同样遭受了厄运。
1963年6月，最高人民法院作出终审判决，以“内jian”罪，判处潘汉年有期徒刑15年，剥夺政治权利终身。但不久即被假释，与董慧一起被安置在北京团河农场。
1967年5月22日，在江青、康生一伙的操纵下，潘汉年和董慧被重新收监，关押在北京秦城监狱，又经受了长达5年的“审查”。到1972年，以原来的罪名，报经当时党中央批准，潘汉年被永远开除出党，改判无期徒刑(未办改判的法律手续)。
潘汉年虽身陷逆境，但作为一个老共产党员，在为其他同志写证明材料时，他总是坚持实事求是的原则。如1970年，他为战友刘鼎写了翔实的证明材料，使刘鼎的历史问题得以澄清，免受冤屈。
1975年5月，潘汉年和董慧被安置到湖南省公安厅洣江茶场。这时潘汉年已年近七旬，身心jiāo瘁，步履艰难。
1977年2月24日，潘汉年病情加重，卧chuáng不起。3月24日，董慧用“萧淑安”的化名把潘汉年送到湖南长沙省医学院第二附属医院治疗。4月14日晚上19时54分，潘汉年因病去世，终年71岁。
4月17日，潘汉年的遗体在长沙火化，骨灰埋葬在长沙市南郊金盆岭墓地西侧半山腰。
对潘汉年的问题，在“文革”之前，就有人向党中央写信表示怀疑。但是，由于过去党内存在“左”的思想影响，党内政治生活不正常，他的问题未能得到实事求是的解决。
粉碎“四人帮”以后，特别是党的十一届三中全会以后，恢复了党的实事求是的思想路线，许多当年同潘汉年一起出生入死的老同志纷纷向党中央反映情况，要求复查潘汉年案件。1978年，董慧也曾向有关部门写信，提出申诉。1980年11月3日，在讨论《建国以来党的若gān历史问题决议》时，廖承志在发言中提出：我和刘晓同志商量过，认为潘汉年问题可以说是个冤案。因此，我正式严肃地建议，中央对潘汉年一案要重新审查。
与此同时，潘汉年的亲属也多次上书中共中央纪律检查委员会，希望能对潘汉年一案作重新调查、处理。
廖承志和其他一些同志的意见以及潘汉年亲属的要求，引起了中央领导同志的重视。中央纪委第一书记陈云亲自过问了此事。陈云和潘汉年在十年内战时期，有过两度共事的经历，他对潘汉年有着很好的印象，认为他是白区工作的好代表。解放以后潘汉年在上海的工作情况，特别是潘汉年在担任上海财经委员会主任期间，在处理上海工商界和“三反”、“五反”工作中的谨慎和稳妥的表现，曾受到在中央主管财经工作的陈云的高度重视。他感到有责任把这一案件弄个水落石出。为此，他亲自调阅了潘汉年案件的有关材料。