明军战败的消息传到北京，举朝大震，百官张皇失措，有人甚至主张迁都南逃。这时主张抗击的大臣于谦挺身而出，被皇太后任为兵部尚书，负责保卫北京。于谦提出了"社稷为重，君为轻"的口号，于九月辅佐英宗的弟弟朱祁钰继位，是为景帝，年号景泰。这使也先企图以英宗作为要挟工具的yīn谋不能得逞。十月，也先bī近京师，于谦率军民抵抗，大败瓦剌军，击毙万余，俘将领几十人，夺回被掠的大批百姓和牲畜。
第二年chūn、夏，也先又对明朝接连進攻，但均遭失败。这时，瓦剌内部脱脱不花汗等不满也先的攻掠政策，主张与明廷议和，放回英宗。八月，英宗被释返京，居皇城南宫，称太上皇。
也先進攻明朝失败后，势力渐衰。1454年(景泰五年)，瓦剌内讧。第二年，也先被杀，蒙古各部陷入分裂状态。明朝北部边境的威胁暂时得以缓解。
1457年正月，在宦官石亨等的帮助下，英宗乘景帝病重，重新登极。史称“南宫复辟”。英宗复位后，于谦遭到杀害。英宗从新做了皇帝后，并无善政。
1464 年，英宗死，儿子宪宗即位，年号成化。宪宗在位期间，宠信宦官汪直。宪宗死后，孝宗即位，政治还算清明。孝宗死，武宗朱厚照即位，年号为正德。这几个皇帝常常深居内宫，不理朝政，很少与大臣商议国事。而朝政基本由宦官操纵，为宦官擅权、厂卫横行提供了条件，先后出现了宦官头目王振、汪直、刘瑾专政的现象，形成了天下人“但知畏汪直而不知畏陛下”的怪事。这样政治日趋腐败，并导致土地兼并严重，使农民的生活开始恶化。
武宗无子，死后由堂弟朱厚熜继位，是为世宗，年号嘉靖。世宗上台后，想尊生父兴献王(朱佑杭)为帝。首辅杨廷和等认为，继统同时要继嗣，应尊孝宗(朱祐樘)为皇考，生父只能为皇叔考。中下级官吏张璁、桂萼、方献夫等为了个人仕途，迎合世宗心意，上疏论应尊兴献王为帝。这就是“大礼议”之争。斗争结果，杨廷和罢官，同派官吏180余人受杖责，134人下狱。张璁当了首辅，恃宠跋扈，颐指百僚。不久，夏言入阁，并为首辅。以后，严嵩攻倒夏言，入为首辅。严嵩操政柄，“遍引私人居要地”。儿子严世蕃任工部左侍郎，因善于揣测皇帝心思，就代严嵩票拟，京师因此有“大丞相、小丞相”之谣。
嘉靖末年，严嵩失宠，御史邹应龙、林润相继弹劾世蕃，世蕃被杀，严嵩也被革职。徐阶继任首辅。
世宗在位期间，虽然没有了宦官专权，但由于世宗醉心于学道成仙，同样不理朝政，出现了严嵩长达二十年的擅权时期。吏治同样腐败。而且此时倭寇大起，沿海七省，无一不遭受倭寇的侵扰。但这一时期，却出了一位留名青史的清官海瑞和抗倭英雄戚继光。
一代清官--海瑞
海瑞(公元1514年～1587年)，字汝贤，一字国开，别号刚峰，世称刚峰先生，广东琼山(今属海南)人，回族。海瑞四岁而孤，家境清寒。母谢氏矢志励节，教训惟严。嘉靖二十八年(公元1549年)中举，三十七年开始步入仕途。
海瑞一生刚直不阿，执法如山。他体察民情，革除弊政，积极反对贪污和奢侈;禁馈赠，惩贪官，秉公执法，铁面无私，审理积抑，昭雪了许多冤狱。
公元1566年，海瑞在京城做官时，曾批评嘉靖皇帝沉迷道教，不理朝政。嘉靖皇帝大怒，命人去抓捕海瑞，处以斩刑。可是海瑞毫无畏惧，并已经准备好了棺材等皇帝赐死。正在此紧要关头，宰相徐阶再三为海瑞求情, 海瑞才免一死。
海瑞到南京做官不久，徐阶被免官回家养老。一天，海瑞收到许多百姓的状纸，状告徐阶的儿子。原来徐阶的儿子是当地有名的恶霸，qiáng占了老百姓很多土地，老百姓恨透了他。
海瑞查明情况后，受到很大的震动。他万万没有想到自己一向敬重的恩人，竟会支持儿子为非做歹，不禁左思右想，思想斗争十分激烈：严肃处理吧，难为了恩人;放任不管吧，违背了国法。他想来想去，还是觉得不能以私恩废了国法，决心依法办事。他毅然亲自来到徐阶家中，说服徐阶正确对待这件事。
徐阶见海瑞竟然来查办自己的儿子，脸上顿时变了色，心里非常气愤。但他自知礼亏，只得忍气说：“我儿子做的事，我一点也不知道，看在过去救过你的面子上，这回就饶了他吧!”
海瑞见徐阶这样讲，便严肃地说：“老相爷当年救过我的命，为的是要我为官公正，多给国家和百姓办好事;现在，我秉公执法，也正是报答老相爷的救命之恩啊!”
对于海瑞的话，徐阶不仅听不進去，反而大动肝火。但海瑞毫不退让，最后终于秉公治了徐阶儿子的罪，并勒令退回霸占的良田。
海瑞不仅为官清廉，生活也十分俭朴，清苦之行举朝第一。万历十五年(公元1587年)十月，七十四岁的海瑞以老病之身卒于官舍后，死后仅余葛帏旧衣，赖同僚捐治葬具才得葬殓。同乡苏民怀检点其遗物，只有竹笼一只，内有俸金八两，旧衣数件而已。故海瑞深得百姓拥戴，发丧之日，市民送者夹岸，酹酒而哭者百里不绝，被百姓呼为“海青天”。时人王世贞以九字评：“不怕死，不爱钱，不立党。”(明.周晖《金陵琐事》卷一)
明代苏州人朱良曾作歌颂海瑞的诗：“披鳞直夺比gān心，苦节还同孤竹清。龙隐海天云万里，鹤归华表月三更。萧条棺外无余物，冷落灵前有草根。说与旁人浑不信，山人亲见类如倾。”(清 ?赵吉士：《寄园寄所寄》卷二引《座右编》)。这首诗与一般颂诗不同，由于朱良亲眼目睹海瑞如此简朴的行囊，以及士大夫凑钱为海瑞买棺的情景，感慨万分，惟恐后世人不相信有这等事，特地写下这首吊海瑞诗，以期与山河作证，让海瑞的两袖清风，长留人间。事实上，海瑞生前俭朴到一般人难以置信的地步。他的私章用泥巴刻成，夏天睡在一张破席上，盖着夫人的旧裙……
海瑞成为后世为官者的榜样。
抗倭英雄戚继光
元末明初，日本处在南北朝分裂时期，一些封建主、没落武士、làng人和走私商人，经常在中国沿海進行武装掠夺和骚扰，历史上称为倭寇。明初，由于国家qiáng盛，重视海防设置，因此倭寇未能酿成大患。正统以后，随着政治的腐败，海防松弛，倭寇盛行。如1439年(正统四年)，倭寇侵扰浙江台州的桃渚村，屠戮人民，烧毁房屋，“积骸如陵，流血成川”。
到了嘉靖时期，东南沿海一带的官僚、豪富地主与倭寇勾结，为患一方。此时，出了一位抗倭英雄戚继光。
戚继光，山东牟平人，曾用“封侯非我意，但愿海波平”来表达自己决心消除倭寇的志向。为了消灭倭寇，他特地招募浙江义乌的矿夫和农民组成“戚家军”。这支队伍经过严格训练，勇敢善战，纪律严明，是抗倭斗争中的主力。
1561年，倭寇几千人焚掠浙江台州一带，在广大人民群众的配合和支持下，戚继光率领jīng锐军队取得决定性胜利，扫除了浙东的倭寇。随后，在福建的倭寇重新猖狂起来。戚继光又奉命率戚家军入闽剿倭，连战皆捷。不久，戚继光和抗倭名将俞大猷一起，再次平定了在福建的倭寇。