然而，这时又遇到了供应问题。人口消灭净尽，自然粮食就越来越难找。数十万军队，没吃没喝，如何行军？张献忠想到了屠杀自己的部下。当然，要杀必先杀那些掳来的四川人，他们虽然被征入伍，心却不附，经常有人开小差。
《蜀碧》载：
“献忠欲此行入陕，恶其党太多，欲止只（留）发难时旧人。”他和汪兆龄等密议如何实行。“兆龄怂恿之曰：‘恐兵知而先噪奈何？不若先立法，责之各将军都督等，多置逻者，以伺察营伍中行偶语者及微过，皆置文法并连坐，如此则杀之令名，无觉者矣。’密议已定，辄收治。”
密议结果，在义军中要“收治”的有三种人：
其一系四川人，有在四川入伍者，有系四川人而在他省入伍者。其二系他省人而在他省入伍者，有系他省人而在四川入伍者。其三系明朝官兵投降过来者，有系阵前俘获者，又有系各地方上的土匪入伙的，俱当尽诛。
其中尤其是四川义军，张献忠认为都是些“剽悍亡命，叵测不轨之徒”，故“恨入骨髓”，必欲除之而后快。
屠杀的办法与杀士子时类似。据《蜀警录》载：
先谎称要从士兵中挑出jīnggān者，成立水师营。因此命令部队在张献忠等军官面前列队而过，过去者生，被‘挑中’者即待死。先在江边建造了一个木栅城，挑出来的数万军人都关进城内，开杀之时，先用枪pào向内轰攻，死伤大半，然后方挥兵入内砍杀。
结果在军中共杀“男妇二十万有奇”，占全军半数，张献忠在自己军中制造的屠杀恐怖，使得幸存者恐为张献忠所屠，大批逃奔“摇huáng十三家”起义军。
张献忠还认为，随营妇女是自己行军作战的累赘，在杀过自己士兵以后，把屠刀探向军中妇女。顺治三年（公元1646年），他离开成都时，首先将自己的三百嫔妃杀掉二百八十名，只留了二十名侍候自己。并命令：
“各营所有妇女，齐集一处，由兵围绕，献忠另选兵人一队为刀斧手。号令一声，乱砍乱杀，叫冤哭惨之声，展动天地。妇女尸身堆积如山，血流成河。”
还有史料记载，由于缺乏军粮，张军曾经把这些死亡者的尸体“剐之割之，制成腌肉，以充军粮”。
收拾gān净之后，张献忠率部启程。开国时的一千多文官，此时被杀剩二十五名，忠心耿耿地跟在身边。士兵人数亦只剩三分之一。张献忠犹满腔豪气。可惜行至西充凤凰山，遭遇清兵。他随即：
骑马出营，未穿盔甲，亦未携长枪，除短矛外，别无他队，同小军七八名，并太监一人，奔出营外，探听满兵虚实。至一小岗上，正探看之际，突然一箭飞来，正中献忠肩下，由左旁she入，直透其心，顿时满地鲜血长流，献忠在血中乱滚，痛极而亡。
其时，张献忠方四十一岁。
第四十节 五重灾难
张献忠的死，并不意味着四川人灾难的结束。甚至可以说，川人的灾难不过刚刚演完第一幕。
三百多年以来，四川一直流传着这样的说法：“张献忠剿四川，杀得jī犬不留。”“八大王（即张献忠）血洗四川，在劫者难逃。”清朝多种史书更是说，张献忠把四川土著几乎杀光。
后来，新一代史学家对于张献忠滥杀无辜的说法深感愤怒。通过深入考证，他们有力地推翻了这一说法。据他们辛勤搜罗，《张献忠屠蜀考辨》等文章证明：
第一，在张献忠走后，四川起码还生存着和张献忠作战的军队数十万。
其中至少杨展有数万，曾英也还有兵二十余万。“其他逃匿山区、结砦依险者更多。如通江县地主朱应先，‘家号素封’，张献忠在蜀时，他‘散财招士，结砦依崖’，‘活者百家，抚流亡者千数’。”
第二，还有一些人（大多是地主），在张献忠起义军占领期间，逃离家乡，以后又陆续返回故里的。
第三，在四川境内留下的传说中，一般也说经张献忠起义之后，每个县都还留了一些人。如灌县的贾、苟、皮、王等姓，郸县的孙、唐、苟、范、徐、马、刘等姓。至今有些地名，如邛崃县石头公社的逃命沟、火升公社的躲兵岩、大邑县服江公社的逃亡坝（唐王坝），均与明末地主逃匿有关。
新一代史学家通过这些有力的证据，证明了“张献忠滥杀无辜”是地主阶级恶毒的反动宣传，张献忠不但留下了一些人不杀，而且这些人还不在少数。
可惜的是，这些幸存下来的人，大多也没有逃过以后连续不断的灾难。
正应了智慧的中国人的老话：“大难将至，善人先死。”盖后死者的使命，只是承受更多的灾难。
第一重灾难是饥荒。
张献忠据蜀期间，破坏了农业生产的正常进行，绝大多数耕地都被撂荒，积存的粮食则被搜掠净尽。所以张献忠部走后，四川遇到了严重的饥荒，粮价大涨。清人费密撰《荒书》记载：
盖自甲申为乱以来，已三年矣。州县民皆杀戮，一二孑遗皆逃窜，而兵专务战，田失耕种，粮又废弃，故凶饥至。此时米皆出土司，米一斗银十余两，嘉定州三十两，成都、重庆四五十两。
家有钱财的人毕竟不多了，于是不可避免地出现了吃人的现象。《五马先生纪年》载，清兵入四川之后，地方秩序恢复，傅迪吉因事由简州赴成都，亲眼看到吃人。他记载，一路都是饥荒景象。
“宿谭家场，这里还有人家。见到有七八个人，饿得将死，睡在板上，时而张（手），时而睁目。明日，翻山到了毛家坡，见沟下有烟，我于是令人到那里讨火，正撞住杀人吃，我的仆人将吃人qiáng盗锁绑来，问他们肉从哪来，他们说从贺家场弄的。让他们带路到贺家场，见有七八人，搜出一大袋人肉包。将一少妇打起，问：‘你们何故杀人吃？’她说：‘我们有何本事杀得人！是公婆将死，去与申从天、申从文弟兄买来。’余问：‘怎么买来？’答以：‘一两银五斤。’”
吃人之事，在彼时的史料中记载甚多。再引欧阳直的亲身经历：
“我在军营中听说外面有吃人的事，我还不信。不久，随抚军马公驻内江，乡绅范文英的弟弟带着他母亲来求粮食，马公给了他几升米，不料回家的当夜就被邻居把粮食抢走，又把范的弟弟杀了吃了。”
及到后来，欧阳直自己也免不了吃人：
“后来我路过威远的时候，遇到十数个饥人。他们叫我们过去和他们同路走，我们不敢过去。他们大声喊叫说：‘你们走也走不远，不如留下两个给我们当粮食吧！’我们继续前行来到一个村子，见一家屋里有冷肉一锅，大家争吃一空。等进厨房看时，才看见烹熟一个无发小儿，人头及人皮和内脏都在一边，原来我们所吃的，是人肉。”
平民如此，军人们何尝不是如此。顺治四年（公元1647年）十二月，清总兵马化豹在报给上级的塘报中说，他带领的清兵：