可见克公事事皆呵护公，于公绝无私怨隐恨，凡此皆误认公为有才所致。公若尚有一息之天良，清夜自思，何以为人？……来电不敢转达克公，望公明白见示，以便于克公前代公解释，全公与克公之jiāo谊。临电惶惑，立盼电复。”
直接成为唐内阁的催命符是“直隶都督”问题。早在唐南下接收政府时，顺直议会（包括顺天府在内的直隶议会）根据革命时期各省都督由咨议局推选的惯例，推举直隶人王芝祥为直隶都督，唐绍仪应允由政府加以任命。在唐回北京时，就向袁报告，袁也点头表示同意。岂知在袁内心则完全不同意，因为他有一个旧观念，认为直隶都督就是北洋大臣，而王芝祥是一个亲同盟会的军人，在南京留守府当军事顾问，把这样一个人放在心腹之地，袁是不放心的。同时袁认为任免军政大员是总统的职权，决不可再让给民意机构。在唐来说，不相信袁会出尔反尔，所以电召王来北京。就在这时，忽然有直隶五路军人通电反对王做直隶都督，袁遂以此为根据撤回他的同意，并且与唐商量，打算派王为南方军的宣慰使。唐大受刺激，认为这不仅是个人面子问题，也与内阁职权和政府威信有关，袁可以失信于唐，唐却不可失信于顺直议会和同盟会，因此唐表示无法接受袁的改变。6月15日袁把没有经唐内阁副署的“任命王芝祥为南方军宣慰使”的命令公布，这显示总统与内阁已经正面开火。根据《临时约法》，没有内阁副署的人事命令是不生效的。唐绍仪对于袁不经内阁总理副署而发表人事命令感到非常痛苦，同时又使他失信于顺直议会，人无信不立，何况他是内阁总理。这天他乘坐马车由办公室回家，忽然迎面来了两个开道的士兵，手中挥舞着鞭子，唐总理的御者几乎挨了他们一鞭。唐急忙吩咐把马车让到路旁，注意一看，一辆漂亮的马车里，坐的不是别人，正是总统府拱卫军统领段芝贵。待到这辆车子过去了，总理的马车才缓缓前驶，他事后对人说：
“好大的威风，只有前清摄政王才够得上这样威风呢。”由于双重的刺激，使他顿萌退意。6月15日他悄悄留下一张假单，“国务总理唐绍仪为呈请事：绍仪现因感受风热，牵动旧疾，恳请给假五日，赴津调治。惟总理职务关系重要，不容一日旷废，并乞大总统于国务员中简派一员暂行代理。”然后乘了一辆人力车至火车站，搭头等火车赴天津。
唐走后，北洋系的人们拊掌称快，认为去了眼中之钉。袁世凯接到唐的请假条，对于唐的不辞而别，心中亦颇不舒服，但究竟袁、唐两人共事jiāo友数十年，不能太贸然决裂，所以仍派秘书长梁士诒专程前往天津慰留。唐绍仪和梁士诒两人私jiāo本笃，而且意气相投，梁来津晤唐后，除传递袁意外，复谈及袁、唐两人的jiāo谊。唐、梁抵足通宵，唐把自朝鲜和袁订jiāo经过，两人在北洋共事凡20余年种种，娓娓向梁详述，至于为何演变到如此地步，唐曾感慨地说：“我和项城的jiāo谊，君最深知，公谊私情我本不该挂冠，甚至不辞而别。可是观察今天国家局势，欲求统一中国，非项城不可，欲求治理中国，则非项城诚心和革命党合作不可。三个月来，我首当冲要，处理这个问题，仔细深入来看，觉得项城和革命党的合作，中间阻碍甚多，此点君必有同感。既然我的理想无法达到，则不如早作退路，免得将来焦头烂额。因此，我与项城今日的分手，是公义。”唐言下不胜唏嘘。
第二天一早，梁士诒返北京复命。接着唐的辞呈亦送达。袁知唐意已不可挽回，遂由总统发布准许唐辞职的命令。唐于民国元年3月13日由袁世凯任为国务总理，至6月28日辞职获准，前后不过一百零几天。这是中华民国的第一届内阁，竟如此短命。显示出民国初年的中国政治特色是多难的。
唐绍仪在天津小住数日，即乘轮赴上海，以远离北方是非之地。他上船后遇见了一个神气十足的汉子，大声地斥骂他不该弃职逃走，越说越生气，后来竟拿出盒子pào来，像是要施放的样子。唐弄得丈二金刚摸不着头脑，以为是袁的特务来追踪他，因唐早知袁有特务组织会杀人，于是便陪着笑脸解释自己不能不辞职的苦衷。这汉子才回嗔作喜，和他拉手，并且说出自己的来历。原来他不是袁的特务，而是一个相当出名，自称“游侠”，可是举动冒失的荒唐鬼——huáng桢祥。
唐绍仪的辞职，显露了《临时约法》已被破坏，因为总统不经内阁总理副署而发布人事命令，是违反《约法》的。可是当时大家都不在《约法》上争论，而在人事上争论，这当然是因为对于法治和民主还不熟练的缘故。
当唐宣布辞职后，造成了一连串的纠纷，这些纠纷可以从当时往来的文件中看出。
唐绍仪的辞呈：“为病难速痊，呈请解职医治事。窃绍仪因病请假，赴津就医，荷蒙大总统允准在案。连日延医诊视，旧病转剧。回思去年迭遭家难，闭户养疴，乃已无志于宦途，自分沉埋而没世。嗣奉派充议和代表，痛时局之阽危，哀民生之dàng析，不敢自逸，力疾驰驱。数月之间，寝食失常，忧劳过甚，jīng力愈惫，犹幸战祸已息，国事聿新，冀可葆素休神，从容调摄。讵意百废待举之余，忽受总揽政纲之命，自揣病躯，敢膺重寄，徒以南北初合，政府未成，勉竭愚庸，罔辞劳怨。视事以来，夜不成寐，日必发寒，竭蹶以从，未敢言疾。然而蒲柳之质，非可御疾风，驽骀之材，不足致千里，驰至今日，惧膏肓之渐入，捐顶踵而何裨？惟有恳请大总统俯鉴愚忱，准免国务总理本官，迅简贤能接任，以维大局，俾获乞灵药石，退处清闲，冀得痼疾之稍疗，长享共和之幸福。”
袁批复：“……该总理于共和宣布以前，南北奔驰，为民国效劳备至。及就任总理，经营擘划，错节盘根，困苦艰难，非可言喻。民国举创，正赖长才，岂容听其退休，失其臂助。特以情词恳挚，出于至诚，不得不谅其苦衷，遂厥初志，应即准允请免国务总理本官，任为政府高级顾问……”
同时袁为唐辞职事，向黎元洪及各省作一jiāo代：“前据国务总理唐绍仪呈称，因病请假，赴津调治，当经本大总统给假五日，并任命外jiāo总长陆徽祥暂行代理国务总理事务，一面派员络绎赴津，慰留再四，竟难转圈。兹据该总理呈称：连日延医诊视，病转剧，惧膏育之渐入，捐顶踵而何裨？恳请准免国务总理本职，迅简贤能以维大局等语。
该总理情词恳切，势难挽回，爱惜国家与爱惜人才之心，二者jiāo战于中，难求两全之道。
为唐君个人计，只可暂令养疴，以资将息。为国家全部计，总理一席万难久悬。自民国肇兴，百端待举，边方有骚动之情形，友邦无正式之承认，必须富有经验中外翕服之人始堪继唐君之任……”
唐绍仪辞职后，属于同盟会的蔡元培（教育）、王宠惠（司法）、宋教仁（农林）、王正廷（工商）四阁员联袂请辞。袁在总统府召见他们，会面时，袁用低沉的语调，作出一副极诚挚的态度对蔡等说：“我代表四万万国民慰留你们。”蔡也很郑重地说：