此时北伐的太平军已进入山西，京畿告警。接到奏疏，咸丰立刻谕令四川、湖南、湖北三省速制战船：“贼匪自攻陷金陵、扬、镇三城以来，掳掠民船数已逾万。我军攻剿未能得手，皆由战船无多，致令长江天堑无所控扼。……著裕瑞(时为四川总督)、张亮基(署湖广总督)、崇纶(湖北巡抚)、骆秉章(湖南巡抚)等，于四川、湖广等处仿照广东拖罟船式，即雇觅工匠，共制战船百余只，每船约载兵五十名。均著剋期三月，一律齐备，以资调遣。”41由这道上谕我们知道，筹建水师的责任是三省督抚的，本来没曾国藩什么事。但他一感于老友的期望，二是他勇于任事负责的个性，三是他也确实意识到了水师的重要。练再多的乡勇，若无水师，也只能让独擅舟船之利的太平军拖垮，累垮。“现在两湖地方，无一舟可为战舰，无一卒习于水师，今若带勇但赴鄂省，则鄂省已无贼矣;若驰赴下游，则贼以水去，我以陆追，曾不能与之相遇，又何能痛加攻剿哉?再四思维，总以办船为第一先务。”42
揽上这个差事，是在十月二十四日，之前他研究制作木排，目的在于防堵太平军由水路入湘。十月初五，因湖北形势危急，上谕命他“赶紧督带兵勇船pào，驶赴下游会剿，以为武昌策应”。43在回复的奏折中，其论战守形势曰：“长江千里，任其横行，我兵无敢过而问者。前在江西，近在湖北，凡傍水城池，莫不残毁，皆由舟师未备，无可如何。今若为专保省会之计，不过数千兵勇即可坚守无虞;若为保卫全楚之计，必须多备pào船，乃能堵剿兼施。”而田家镇一役，“一切战船pào位，尽为贼有，现在两湖地方，无一舟可为战舰，无一卒能习水师”。“再四思维，总以办船为第一先务。臣现驻衡州，即在衡城试行赶办。……如果舟师办有头绪，即行奏明，臣亲自统带驶赴下游。”44这个话一说，督办水师的责任就转到他身上来了。
这道奏折到咸丰手中，已经是十一月初七日，皇帝对他的见解很满意，称赞他“所虑俱是，汝能斟酌缓急，甚属可嘉”。45但情势的紧急却由不得他从容行事。九月二十七日，北伐的太平军前锋已抵达天津静海、独流、杨柳青一带;十月二十八日，湖北方面，太平军卷土重来，石贞祥部再占huáng州;二十九日，安徽方面，胡以晄、曾天养部攻占舒城，国藩故友，督办安徽团练大臣、在籍工部侍郎吕贤基战死，太平军进bī临时省城庐州(原省城安庆已被攻占)。十一月十日，江忠源赶到庐州布防，可带去的兵勇仅二千七百人。清廷正以全力堵截北上的太平军，极为担忧安徽的太平军与河南的捻军合流，与天津的太平军相呼应。十一月十一日，咸丰皇帝接受礼部左侍郎宋晋建议，以六百里加急的速度再下谕旨，指名要曾国藩率领已经招募的楚勇六千，“乘船顺流东下，与江忠源会合，水陆夹击，以期收复安庆及桐(城)、舒(城)等城，并可牵制贼匪北蹿之路”。46
江忠源手中有多少兵，曾国藩此时募了多少湘勇，水师组建起来没有，宋晋不明就里;西征的太平军兵力有多少，47他也不清楚。既不知己，亦不知彼，而是一厢情愿地要二人收复安徽。可“现在两湖地方，无一舟可为战舰，无一卒习于水师”的状况，皇帝是知道的。曾国藩纵有天大的本事，也不可能在半个月内赶办出一支水师来，拿什么“将皖省沿江贼船大加剿洗”呢?只能说明皇帝在危笃的形势面前，已经乱了方寸，急火攻心，说胡话了。截至十一月底，曾国藩督造成的快蟹船，仅有十艘，而且油漆未gān，捻灰未固，根本还下不了水;而由广东采购的船pào、招募的造船工匠，还在路上。至于所谓六千练勇，乃是先前为江忠源做的打算，48训练、军饷等还远远没有跟上;且船只短少，水勇亦无从招募训练。故安徽事态再急，湖南也只能先派江忠浚带楚勇一千赴援。曾国藩也只能硬着头皮复奏：“统计船、pào、水勇三者，皆非一月所能办就。……事势所在，关系甚重，有不能草草一出者，必须明chūn乃可成行。且广东购备之pào，张敬修雇募之勇，皆系奉肃清江面之旨而来者，臣若不督代同行，则殊失皇上命臣统筹全局之意，亦非臣与吴文镕等四省合防之心。臣之斟酌迟速，规划大局，不得不一一缕陈。”
看了曾国藩的复奏，明知他在理，咸丰无可如何，仍不免就其奏章的用词，揶揄一番，以发泄满肚子的闷气。“今观汝奏，直以数省军务，一身克当，试问汝之才力能乎?否乎?平时漫自矜诩，以为无出己之右者，及至临事，果能尽符其言甚好，若稍涉张皇，岂不贻笑于天下!着设法赶紧赴援，能早一步即得一步之益。汝能自担重任，迥非畏葸者比，言既出汝口，必须尽如所言办与朕看。钦此。”
其实，“统筹全局”云云，乃皇帝的指示，并非国藩自大。譬如，十月初二致骆秉章的上谕中便有“两湖唇齿相依，汉(口)、huáng(州)一带，尤为鄂省门户，该抚等自应不分畛域，一体统筹也”。51这个“等”里面，自然也包括曾国藩。又如十一月十二日的上谕中，则明确说：“该侍郎忠诚素著，兼有胆识，朕所素知，谅必能统筹全局，不负委任也。”52
曾国藩见到皇帝的朱批，心里的委屈、不平可想而知，他那“湖南骡子”式的倔劲儿又上来了，五天后便给皇帝上了道折子，据理力争，分五点为自己抗辩。
一、赶办水师的谕旨，限期三个月，自己并未逾期。“自兴工之日起，统计不满八十日，昼夜催赶，尚不迟缓。”53已新造战船九十号，改造百余号，加上雇载的民船总计四百号，可于正月中旬完毕，所差者是在广东购办的船pào，船pào不到，不能起行。言外之意，即使逾时，责任在广东而不在湖南。
二、扫dàng江面，克服安庆的谕令不现实，不可能。“查现在huáng州以下，节节被贼占据，修城浚壕，已成负隅之势，……若舟师东下，必须克复huáng州，攻破巴河，扫清数百里江面贼踪，乃克达于皖境，此则万难之事，微臣实无把握。”54江忠源兵单势危，自己则等候船、pào，沿途又必会遭太平军的节节顽抗，“何能遽行扫清，直抵安徽?”球抛回给了皇帝，暗喻他不明形势，一厢情愿。
三、通盘筹划数省军务者，是各省督抚，而非他欲以一身克当。“三省合力防堵之说，系臣骆秉章与臣函内言之;四省合防之说，系臣江忠源与臣函内言之;待南省船pào到鄂，即与北省水师合力进剿，系臣吴文镕与臣函内言之;……臣之才力固不能胜，臣之见解亦不及此，此系吴文镕、骆秉章、江忠源三臣之议论。然舍此办法，则南数省殆不可问矣。”55
四、湖南练勇，正在湘南剿匪，不可能马上撤回。“目下桂属正在搜捕之际，未便遽行更换;郴州、永兴正在危急之际，不能不星速进剿。且待船将办齐，pào将到齐，再将各勇撤回，带赴下游。”56断然回绝了皇帝要求他撤回剿匪的湘勇，进军安徽的要求。暗喻皇帝不顾轻重缓急，在瞎指挥。