严复对康有为的做法颇不以为然。他说：“今日更有可怪者，是一种自鸣孔教之人，其持孔教也，大抵于(与)耶稣、谟罕争衡，以逞一时之意气门户而已。不知保教之道，言后行先则教存，言是行非则教废。诸公之所以尊孔教而目余教为邪者，非以其理道胜而有当于人心多耶?……以此而云保教，恐孔子有知，不以公等为功臣也。”[32]他之所以反对设立保教会，主要理由是孔子学说流传至今，已发展成多种流派，可以说纷纭复杂，设立保教会无所适从，不知保那一派。“据史以观，则知历代同奉孔教以为国教。然二千年来，改变极多。西汉之孔教，异于周季之孔教;东汉后之孔教，异于西汉之孔教;宋后之孔教，异于宋前之孔教。国朝之孔教，则又各人异议，而大要皆不出于前数家。故古今以来，虽支派不同，异若黑白，而家家自以为得孔子之真也。夫孔教之行于中国，为时若此之久，为力若此之专，即中国人之斤斤与外人相持，亦均以新法之有碍孔教为辞，若欲以国殉之者。”[33]自然，设孔教又有何益?!
(三)对西学的理解程度和兴趣所在不同。康有为对西学的把握失之肤浅，有时甚至是误解;严复对西学jīng义的阐释相对要全面、深刻。
康有为对于西方近代学术源流缺乏基本的了解，他之寻求“西学”主要是为了变法决策寻找理论依据，因此，他对西学的介绍侧重在政治理论方面。他提出“立宪法，开国会”，“设议院以通下情”，但他对西方的君主立宪制和国会制的实质却欠缺基本的了解。他在替当时的一个内阁学士写了一篇奏稿，内中说：“臣窃闻东西各国之qiáng，皆以立宪法开国会之故。国会者，君与国民共议一国之政法也。盖自三权鼎立之说出，以国会立法，以法官司法，以行政行政，而人主总之，立定宪法，同受治焉。人主尊为神圣，不受责任，而政府代之。东西各国，皆行此政体。故人君与千百万之国民，合为一体，国安不得qiáng?吾国行专制政体，一君与大臣数人共治其国，国安得不弱?盖千百万之人，胜于数人者，自然之数矣。”“伏乞上师尧舜三代，外来东西qiáng国，立行宪法，大开国会，以庶政与国民共之，行三权鼎立之制，则中国之治qiáng，可计日待也。”[34]这里提出的问题是光绪帝如何将政权下放，以求君臣上下同心协力抵抗外rǔ，达到救国qiáng国的目的。有趣的是，康有为当时主张下放政权，但不主张全部下放政权。他所理解的君主立宪并不是西方所已实行的君主立宪制，君主立宪制的实质是君主把统治权全部jiāo给内阁，而自己居于一个有名无实的虚位。最早实施这一制度的是英国，后来日本等国也起而模仿。在戊戌维新时期，康有为还不知道“虚君”是君主立宪制的实质。他虽已提出三权分立、宪法等名词，也仅限于谈谈而已，并无实行之意。他所理解的君主立宪制的真正内容是“君民合治”，所谓“君民合治”，也就是介乎君主和民主之间的君民共主。这也可以说得上是一种中国特色的君主立宪制构想。即使如此，戊戌变法也未做到这一点。民国成立以后，康有为结束在国外的流亡生活，回国参政，提出“虚君共和”，以示与孙中山为代表的民主派相对抗，然而这一口号除了为封建的遗老遗少所利用外，已无任何历史进步意义。
严复对西方近代科学发展背景有比较系统的了解，他之评介“西学”主要是为了更新中国士人的思维方式，所以，他对西学的介绍侧重在哲学理论和科学方法上。
关于西方近代的科学jīng神，他说：“一理之明，一法之立，必验之物物事事而皆然，而后定之为不易。其所验也贵多，故博大;其收效也必恒，故悠久;其究极也，必道通为一，左右逢源，故高明。方其治之也，成见必不可居，饰词必不可用，不敢丝毫主张，不得稍行武断，必勤必耐，必公必虚，而后有以造其至jīng之诚，践其至实之途。”[35]科学jīng神不仅是一种实事求是的jīng神，而且也是对于人的思维的一种严格训练。他说：“且西土有言：凡学之事，不仅求知未知，求能不能已也。学测算者，不终身以窥天行也;学化学者，不随在而验物质也;讲植物者，不必耕桑;讲动物者，不必牧畜。其绝大妙用，在于有以炼智虑而操心思。使习于沉者不至为浮，习于诚者不能为妄。是故一理来前，当机立剖，昭昭白黑，莫使听荧。凡夫恫疑虚揭，荒渺浮夸，举无所施其伎焉者，得此道也。”[36]这里所批评的“恫疑虚揭，荒渺浮夸”正是传统士人治学所存的严重缺失。
严复对近代西方科学发展源流作了回顾。西洋“制器之备，可求其本于奈端(牛顿);舟车之神，可推其原于瓦德(瓦特)。……而二百年学运昌明，则又不得以柏庚氏(培根)之摧陷廊清之功为称首。学问之士，倡其新理，事功之士，窃之为术，而大有功焉。……至于晚近，言学则先物理而后文词，重达用而薄藻饰。且其教学也，尤必使自竭其耳目，自致其心思，贵自得而贱因人，喜善疑而慎信古。其名数诸学，则借以教致思穷理之术;其力质诸学，则假以导观物察变之方，而其本事，则筌蹄之于鱼免而已矣。”[37]严复当时所具备的这些近代科学知识不仅康有为不能及，而且在同时代人中也是凤毛麟角。
关于西方近代的科学方法，严复指出：“大抵学以穷理，常分三际。一曰考订，聚列同类事物而各著其实。二曰贯通，类异观同，道通为一。”考订或称“观察”，或称“演验”。在聚列同类事物的时候，有些“非人力所能变换者，如日星之行，风俗代变之类”，对于这些事物只能用“观察”之法;有些“可以人力驾御移易者，如炉火树畜之类”，对于这些事物只能用“演验”之法。“考订既详，乃会通之以求其所以然之理，于是大法公例生焉。”古代中西学术大致只做到考订和贯通这两步，“故所得之大法公例，往往多误”，近代科学发明了一补救方法——试验。“试验愈周，理愈靠实矣”。上述科学方法的三个层次从逻辑上来说就是“内导”和“外导”，也就是现代人们所说的归纳法和演绎法。“内导者，合异事而观其同而得其公例”，这就包括考订和贯通两层;“外导”则是用一个已有的公例作为前提，“合例、案、断三者，于名学中成一联珠”，由此推出“断案”，如果这个断案合乎事实，这就证明公例是正确的，所以外导是“印证愈多，理愈坚确也。”[38]这实际上指的是试验。
严复上述对西方科学方法的介绍，可以说是抓到了近代科学的实质。在中国传统学术中，人们一般注意到“考订”(搜集材料)和“贯通”(寻求规律)，但很少能进入第三层——“试验”。因而近代科学实验法与“中学”无缘。鉴于清代士人钻故纸堆的倾向，严复还特别qiáng调，研究科学“第一要知读无字之书”。他说：“赫胥黎言：‘能观物观心者读大地原本书。徒向书册记载中求者，为读第二手书矣’。读第二手书者，不独因人作计，终当后人;且人心见解不同，常常有误。而我信之，从而误矣。”[39]他这里所说的“无字之书”，就是自然和社会本身。