不过，严复与革命派的实际关系却相对复杂。戊戌以后的几年间，严复在思想上面临着一种两难选择的境地。一方面，清政府对他不信任，他实际上处于闲置的地位;一方面，由于局促于社会渐进论，他恐惧中国出现法国大革命式的流血冲突，对革命派的言行存有保留态度。他不屑于革命党人的肤浅，责备革命派以盲目破坏为能事，“不悟其所从来如是之大且久也”，“顾破坏宜矣，而所建设者，又未必其果有合也，则何如其稍审重，而先咨于学之为愈乎!”[14]严复与革命派的思想差异，在他与孙中山的辩论中得到了充分反映，1905年(光绪三十一年)，严复游访欧美诸国，途经伦敦，孙中山前往拜访，两位著名人物相会，自然谈话离不开中国前途问题。严复认为：“中国民品之劣，民智之卑，即有改革，害之除于甲者将见于乙，泯于丙者将发于丁。为今之计，惟急从教育上着手，庶几逐渐更新也。”[15]孙中山对严复说：“俟河之清，人寿几何?君为思想家，鄙人乃实行家也。”孙中山的结论形象概括了他们之间的区别，严复持“教育救国”论，他注重思想启蒙;孙中山是“民主革命”家，他注重政治革命;两人虽主张有别，但就其最终的目的却是殊途同归。所以严复对于革命派的基本态度是同情而非憎恶。他借所谓“新者”之口说：20世纪之风cháo，是天演之自然。“使天而犹眷中国乎，则立宪革命，二者必居一焉。立宪，处其顺而易者也;革命，为其逆而难者也。然二者皆将有以存吾种。”[16]他虽再三批评革命派肤浅躁进，却又同时赞美他们苦苦追求的共和之制。他甚至认为共和之制是“今世合邦之最为演进者”，且天然适合中国国情：“今夫合众之局何为者，以民族之寡少，必并合而后利自存也。且合矣，虽共和之善制而犹不坚。何故?以其民之本非一种，而于分立故也。天下惟吾之huáng族，其众既足以自立矣，而其风俗地势.皆使之易为合而难为分。”他深情地说：“夫其众如此。其地势如此，其民材又如此，使一旦幡然悟旧法陈义之不足殉，而知成见积习之实为吾害，尽去腐秽，惟qiáng之求，真五洲无此国也，何贫弱奴隶之足忧哉?”[17]
在严复的研究中，有一种意见根据严复的《政治讲议》等言论认为，严复在戊戌变法失败后思想渐趋保守，不仅反对革命，甚至也不赞成立宪。因为他认为中国的“民智”尚未达到一定水平。[18]但从近期发现的材料看，它与严复当时的实际思想状况相悖。严复在《中外日报》等刊发表的《论国家于未立宪以前有可以行必宜行之要政》[19]一文中，即明确指出由专制到立宪是“天演”进化的规律。
依据“优胜劣败”的原理，“无论中国民智幼稚如何，国家旧制严立何若”，要求存图qiáng，就非“变法立宪不可”。尽管中西国情不同，国民智识相差悬殊，但这些都可以通过立宪来逐步改进完善。只要不断总结历史经验教训，经过二三十年的努力，中国就可赶上西方。否则，如果因循守旧，抱残守阙，到二三十年后再谈立宪，那将白白làng费了几十年光yīn，而中国依然落后于西方的情势愈加恶化。因此，他特别qiáng调：“与为因循以愒时，无宁断决而作始。夫曰程度未至，情形不同，此皆畏难苟安者延宕之yín辞。夫非火屋漏舟，急起自救之义明矣。以此故立宪之议，为鄙陋所极表同情者。”可见，严复对拖延施行立宪政制改革的做法不但不表赞成，而且还批驳了那种认为中西情形不同，“中国民智幼稚”而不足以立宪的观点。
当然，严复在《政治讲议》中对卢梭的《民约论》提出批评也是事实，对此我们将在下节详加讨论。在这里，须加指出的是，从严复与卢梭《民约论》的关系看，他有关民主政治的基本立场并没有改变。严复仍然坚持“主权在民”的思想。他在《宪法大义》中即表示：“自吾辈观之，则卢梭书中无弃之言.皆吾国孟子所已发。问古今之倡民权者，有否于‘民为重，社稷次之，君为轻’之三语者乎?殆无有也。卢(梭)谓治国务明主权之谁属，而政府者，主权用事之机关也。
主权所以出治，而通国之民，自其全体诉合而言之，为主权之真主;自其个人一一而言之，则处受治之地位。同是民也，合则为君，分则为臣，此政家所有国民自治之名词也。”[20]明确肯定卢梭“主权在民”的思想为“不弃之言”。严复对自由的向往仍一往情深，他虽不赞成“天赋人权说”，也反对对自由的滥用，但他仍视自由是近代社会一种不可或缺的权利。他在这时期所著的《老子评语》中，写道：“故今日之治，莫贵乎崇尚自由。自由，则物各得其所自致，而天择之用存其最宜，太平之盛世为不期而自至。”[21]基于此，严复要求立宪的初衷自然不会改变。1906年，他在上海等地发表政治演讲，反映了他对实施宪政的热切期望，他不仅欢迎清朝预备改行宪政，“乃今幡然而识立宪，思有以挽国运于衰颓，此岂huáng人之幸福?”[22]而且指出立宪的真义，“顾欲为立宪之国，必先有立宪之君，又必有立宪之民而后可。立宪之君者，知其为天下之公仆，眼光心计，动及千年，而不计一姓一人之私利。立宪之民者，各有国家思想，知爱国为天职之最隆，又济之以普通之知识，凡此皆非不学未受文明教育者之所能辨明矣。”[23]此种见解，已较之国内许多立宪人士更为清晰、明确，表现了其思想识见的深沉。由上可见，20世纪初严复的民主政治思想已超越了他在戊戌时期的高度，他在这时期所取得的成果和达到的思想高度，使其历史地位并未逊色于前一时期。
不过，由于历史上的种种原因，严复没有也不可能割断他与清王朝的依附关系。在各种压力面前，清政府为笼络人心，实施“新政”，推行一系列革新活动，也作出某种姿态，把学界名流、商界新贵、社会贤达一一揽入那些新设的机构之中，试图以这些人装点门面，维持和延续自身的统治。出于这种原因，严复的社会地位又逐渐上升。1906年以前，严复本来游离于官僚机构之外。他应张翼招请赴天津主持开平矿务局工作(1901年)，这不过是一项实业方面的工作;他被管学大臣张百熙聘为京师大学堂编译局总办(1902-1904年)，这只是一个闲差;他担任复旦公学校长(1905-1906年)，这是一所私立学校。当清朝颁布《钦定立宪大纲》，开始大规模改革时，严复自然也成了揽括的人物。1906年，他接受安徽巡抚恩铭的聘请，出任安庆高等学堂监督一职;同年，又受外务尚书唐绍仪的邀请，出任中国留学生回国考试的主考官。1908年他由学部尚书荣庆聘为审定名词馆总纂，他任这个职位一直到辛亥革命止。1909年，他被派充宪政编书馆二等咨议官、福建省顾问官;筹办海军大臣载洵赴欧洲考察海军，亦邀请严复偕行(后因“病辞”，未能成行)。与此同时，清皇钦赐严复以文科进士出身，这象征性地结束了他做“局外人”的处境，对于这一晚到的荣誉，严复本人曾写过一首讽刺诗自嘲：“自笑衰容异壮夫，岁寒日暮且踟蹰。平生献玉常遭刖，此日闻诏本不图。岂有文章资黼黻，敢从前后论王卢。一流将尽犹容汝，青眼高歌见两徒。”[24]1910年，他以“硕学通儒”的资格，进入新设立的资政院;并被海军部授予协都统军衔。这些职位的任命，虽未将严复带进政治核心，但无疑提高了他的社会地位，为他赢得一笔可观的收入和在官场中讨价还价的资本。清政府对严复的笼络，多少牵制了他的思想发展，使严复的思想越来越浓厚地带有改良的色彩。