严复不属于李鸿章嫡系的人物，李自然难以引其为心腹使用;加上严复个性狂傲，不易与人相处，其升迁自然受到影响。早先严复在英留学期间，深谙世情的郭嵩焘对他的个性就颇为担忧，“又陵才才，吾甚爱之，而气性太涉狂易。吾方有鉴于广东生之乖戾，益不敢为度外之论。亦今负气太盛者，其终必无成，即古人亦皆然也。”[35]严复后来在仕途的经历虽然并不像郭氏预言的那样惨，但其“负气大盛”“太涉狂易”的孤傲性格不能不给他带来某些障碍。他在北洋水师学堂的职位是总教习。实际上，却承担了总办(校长)的责任。总办须由候补道一级的官僚充任，而严复当时的资格仅是武职的都司。过了九年，也就是1889年(光绪十五年)，严复37岁时，才连捐带保弄到一个“选用知府”的官衔，由此升任为会办(副校长);1890年(光绪十六年)，再升任总办。又过两年，从“选用知府”擢升到“选用道员”。[36]而这时严复已是40岁的人。
仕途发展不顺，严复的心态自然表现出不满。本来海军是他的专业，在北洋水师学堂供职应说可以施展一技之长。可是，北洋水师学堂在李鸿章及其亲信的严密控制下，严复深感“公事一切仍是有人掣肘，不得自在施行。”[37]因此，他虽在该学堂任职长达20年，只不过是徒具虚名，根本没有实权。诚如陈宝琛后来所言：“文忠大治海军，以君总办学堂，不预机要，奉职而已。”[38]严复对此不免产生苦恼，他在《送陈彤卣归闽》诗中悲叹道：“四十不官拥臬比，男儿怀抱谁人知?”苦闷到极点时，甚至悔恨“当年误习旁行书”，如今落得“举时相视如髦蛮”，[39]觉得自己从西方刻苦钻研所得的一切完全是多余，于仕途无补。不然，自己为什么会被人视如“髦蛮”?在官场上被人轻视，在现实中屡受挫折呢?!
组织关系的疏离，在严复和李鸿章之间横下了一道天然鸿沟。思想观念上的歧异，更使他们变得难以理解。19世纪6o年代至甲午战争前夕，正是打着“自qiáng”“求富”’旗号的洋务运动轰轰烈烈开展之时，严复在英国获得的经验和他个人归国后的遭遇，使他切实意识到李鸿章这位显赫人员“洋务”观的缺陷，他不相信“移花不移木”式的洋务运动可以拯救中国，可以使中国复兴，海军就是一个最典型的例子。洋务派只愿采西方“技艺”之长，建船厂，造军舰，不愿对海军的管理和训练完全接近代化的标准进行，结果新装备的水师都经不起实战的考验。当时在华担任海关总税务司的英国人赫德对严复说：“海军之于人国，譬犹树之有花，必其根gān支条，坚实繁茂，而与风日水土有相得之宜，而后花见焉;由花而实，树之年寿亦以弥长。今之贵国海军，其不满于君子之意者众矣。然必当于根本求之，徒苛于海军，未见其益也。”[40]赫德的这番话对严复刺激很大，他深悉清朝海军内部的腐败情形;中法战争海战的失败，更加qiáng了他这一意识。
洋务运动举步维艰，难期成效。而濒海相望的日本挟持明治维新蒸蒸日上的气势，咄咄bī人。严复“慨夫朝野玩愒”，就常语人，“不三十年，藩属且尽，缳我如悖牛耳!”[41]他的这种愤激言论，自然不为保持谨慎和温和姿态的洋务大僚李鸿章所接受。李“患其激烈，不之近也。”[42]这就无形之中拉开了他和李鸿章的距离。加上中法战争后，李鸿章与法国公使谈判于天津，为广东税务司德璀琳所绐，“皇遽定约，惎言者摘发”，疑忌及严复，他“愤而自{足束}”。双方产生了不解的疙瘩。
在京、津的上层官僚机构中，严复目睹了官场的腐化、糜烂情形，他在给家人的信中不无失望地写道：
自来津以后，诸事虽无不佳，亦无甚好处，至于上司，当今做官，须得内有门马，外有jiāo游，又须钱钞应酬，广通声气，兄(严复)则三者无一焉，何怪仕宦之不达乎?置之不足道也。[43]
官场的黑暗，世态的炎凉，无情地击破了严复的理想之梦，也增添了他几分思乡的忧愁之情。他写信给伯兄观清说：“弟自笑到家时忽忽过日，足履津地，便思乡不置。天下茫茫，到处皆是无形之乱，饥驱贫役，何时休息，兴言至此，黯然神伤;拟二三年后，堂功告成，便当沥求上宪，许我还乡，虽饘粥食苦，亦较他乡为乐。”[44]这些推心置腹的话从一个侧面反映了严复内心孤独、寂寞和怀才不遇的心境。
严复的仕途坎坷，归国的同学平步青云。林永升、方伯谦、林泰曾当上了管带(舰长)，刘步蟾则由参将、副将擢升到北洋水师右翼总兵，即分舰队司令，职位仅次于水师提督丁汝昌。相形之下，严复的失落感可想而知。也就在这时，他染上了鸦片癖，这多少反映了他对国家的苦难和自己的遭际的无奈和消极。的确，当黑暗吞噬整个社会时，自然也可能吞噬它最优秀的jīng英。但是，对于一个已经有幸接受了西方先进科学知识，接近了近代启蒙思想的洗礼，已经打开了面向世界的眼睛，又有志于改造社会的先进分子，这毕竟是一个极大的不幸。
为了寻找个人的出路，从李鸿章的行政走卒的地位中摆脱出来，严复试图另谋出路。他曾与王绶云(慈劭)投资创办河南修武云的煤矿，资本逾万，严复约占其半。这种在私人工矿企业中投资的兴趣，反映了他两重的愿望：一是争取经济上的自立和富足。在北洋水师学堂的20年间，严复的个人生活发生了很大变化，他已成为三个儿子的父亲。原配夫人王氏殁于1892年，续娶了造室江氏，离津前又娶继室朱夫人，这二妻一妾共给他生育了五男四女，组成一个庞大的家庭，成为他一生无时不予操忧的生活负累。二是实现他从英国带回来的价值观，即发展工商业是一个社会近代化的基础。但严复投资工矿业的举措，并无补于他的政治活动，故他仍不得不为跻身上层官僚社会作不懈的努力。他曾听说张之dòng对他“颇有知己之言”，于是打算舍北就南，“冀或乘时建树”;[45]可此事并未如愿以偿。
在另谋发展的尝试中，严复最寄予希望，且费力最勤，而再三碰壁的是科举考试。原来严复学成归国时，“见国人竺旧，图夷新知，于学则徒尚词章，不求真理。每向知jiāo痛陈其害，自维出身不由科第，所言多不见重”。因此，他想博取功名，提高社会地位，“以与当事周旋，既已入其毂中，或者其言较易动听，风气渐开转移”[46]，他自信学问根柢不错，乃“发愤治八股，纳粟为监生”，以为可以在科举考场上打通一条道路，由举人、进士、翰林而至公卿，以实现自己平日的抱负;或至少也可以提高自己言论的社会影响。1885年(光绪十一年)秋，严复回福建原籍参加乡试。遗憾的是，八股文与格林尼治皇家海军学院的高材生没有缘份，严复名落孙山。以后，1889年、1890年又两度参加北京的顺天乡试;1893年，再到福建参加乡试，均——一落第。“荧冥短檠灯，凄惨长屈蠖”[47]的诗句，道出了严复科举失败后那种凄惨的状态。