科举考场上的败北，自然不能说明严复智力能力的低下，或者表明他忽视自己的经学修养。它只说明，严复尚无法迎合当时八股文的考试方式，摸透其中的诀窍;陈旧的考试制度亦不能容纳和接受具有“新知”的饱学之士，为其才学的发挥提供用武之地。科举考场将严复摒绝在上层官僚社会之外，也排斥了一批与严复类似经历的知识分子，结果造成了清朝官僚政治机制的萎缩和僵化。就严复个人来说，这些羞rǔ的经历，除了给他带来重重痛苦外，也使他在甲午战争后更为猛烈地攻击这种不合理的考试制度。
在仕途不顺、科举失败的那些暗淡日子里，严复的思想和学术却有幸获得潜滋暗长。北洋水师学堂环境幽雅，设施齐备，“堂室宏敞整齐，不下一百余椽。楼台掩映，花木参差，藏修游息之所，无一不备。另有观星台一座，以备学习天文者登高测望”。[48]在教务之余，严复可静心阅读中西书籍，从事著译活动。这时，他继续追踪西方人文社会科学理论研究的前沿动态，阅读那些能反映时代水平的西方名著。1881年，严复通读了英国学者斯宾塞(Herbertspencer)的《群学肄言》(studyofsociclogy，现译为《社会学研究》，作者注)，对社会达尔文主义经典理论，有了进一步的了解。后来，他在为这部著作的中译本所撰的“译余赘语”中，回顾了自己阅读此书的体会，写下了一段深刻的感言：
不佞读此在光绪七、八之jiāo，辄叹得未曾有。生平好为独往偏至之论，及此始悟其非，以为其书实兼《大学》、《中庸》《jīng义》，而出之以翔实，以格致诚正为治平根本矣。每持一义，又必使之无过不及之差，于近世新旧两家学者，尤为对病之药，虽引喻发挥，繁富吊诡，顾按脉寻流，其意未尝晦也。其《缮性》以下三篇，真西学正法眼藏，智育之业，舍此莫由。斯宾塞氏此书，正不仅为群学导先路也。[49]
由于斯宾塞的著作对严复以后的思想发展有着极为重要的影响，因而我们有必要分析一下他在阅读此著的最初反应。
《群学肄言》是斯宾塞应热情的美国信徒尤曼斯教授的要求所写，原书出版于1873年。斯宾塞在该著中并未合盘托出他的社会学理论体系，他对自己社会学理论的系统阐释是在后来完成的另一部巨著《社会学原理》中，《群学肄言》则可视为《社会学原理》的入门之作。“它为创立社会学(科学的皇后)概述了所有情感的、伦理的、理智的预见。斯宾塞描述了妨碍真正客观的科学的社会学产生的一切主观偏见和客观困难，然而在许多篇章里又错综地jiāo织着无数他自己的偏见。”[50]
严复阅读斯宾塞的《群学肄言》一书时，他的独特感受是什么呢?首先，他惊奇地发现这部书的某些思想命题与中国传统文化有某些相通之处，这就加qiáng了他将斯宾塞的思想理论应用于分析中国文化学术和社会政治的信心。
严复在读斯宾塞的著作以前，他“尝言生平独往偏至之论”，而《群学肄言》一书，则“实兼大学中庸jīng义”。例如，《大学》中有一句名言：“欲正其心者，先诚其意;欲诚其意者，先致其知;致知格物。”这里讨论的是在诚意、正心和致知两者之间的内在关系，它qiáng调道德的发展和完善伴随着知识的进化，道德修养应与知识成熟“同步”。而斯宾塞也认为，追求知识是与克服情感及道德的扭曲，亦即与某种程度的超脱相联系，这种超脱从根本上说是一种道德上的修养。
也许严复当时已认识到，指出西方科学的高度伦理性的基础，可以提高“蛮夷之学”在充满敌意的传统士大夫心目中的地位，可以有助于西学在中国的传输。因此，他不仅肯定斯宾塞的思想与中国儒家经典《四书》有其相同之处，两者之间并不矛盾;而且他还力图证明，真实的知识恰恰是要运用西方科学方法发现的知识。这种知识既是“诚意”的反映，又将人们导向“诚意”。严复在福州船政学堂和留学英国所获得的科学知识，使他自己切身体会到。这些科学知识不仅具有特殊的实践意义，而且还包含着提高人们jīng神境界的作用。在人类获取知识、智慧的道路上只有科学的进化才能真正获取古代圣人所梦想的澄清所有情感蒙蔽的结果。从这个意义上说，贯穿着理性jīng神的西方科学蕴含了道德的品格，坚持了《中庸》中所追求的“中庸”之道。
其次，严复在斯宾塞的思想中找到了解开西方“成功”之迷的线索，发现了西方科学方法与建设近代社会文明的内在联系，这就为他的维新变革思想提供了重要理论基础。
“科学、真诚和正直构成正常社会的基础”。斯宾塞如是说。为此，他探讨了各门具体科学与社会学之间的关系。“因为社会学是一门包括所有其他科学的科学”。每一具体科学则提供一种“特定的思维习惯”，例如，数学和逻辑学“提高关于联系的必然性的不可动摇的信念”，物理学和化学“增qiáng人们对原因、效用和结果的认识”;生物学则教导人们懂得“连续性、复杂性、因果关系的偶然性”等。这种思维习惯对于掌握这一所有科学的最高综合科学(社会学)，是绝对必不可少的。
斯宾塞的上述探讨主要是在该书的第十三至十六章中展开，它们冠以“规范”的章名。由于斯宾塞对社会学的含义所作的宽泛解释，这就不仅为严复提供了一个科学体系的框架，而且为他认识世界提供了一种具有普遍意义的科学方法。正如后来他在《原qiáng》一文中所说：
斯宾塞尔者……宗天演之术，以大阐人伦治化之事。……又用近今之格致之理术，以发挥修齐治平之事。[51]
严复将斯宾塞的思想由一种社会学理论推广到实际的社会生活，视其为变革社会的药方，亦即提供达到国家富qiáng的目标的药方，这与斯宾塞的初衷已相去甚远。斯宾塞当初写作这部书，并不是为那些前近代化的社会而写，而社会学与一般的“应用科学”不同，它不是作为有意识地改造社会的工具而构造出来的。但斯宾塞的社会学理论试图为一个合理化的近代社会发展过程作出解释，仅此一点对严复来说也许就够了。严复的当务之急是要寻找导向西方社会走向近代化的基本线索，并将他所发现的这条基本线索贯穿到中国社会变革中去，斯宾塞的社会学理论能深深吸引和打动他的关键原因就是在此。严复自以为在斯宾塞的社会学理论中已经找到了解开西方成功之迷的线索，找到了能供岌岌可危的国人摆脱困境、“修齐治平”的思想武器。
除了阅读斯宾塞的《群学肄言》一书外，严复还翻译了斯宾塞的《群谊篇》、柏捷特(BagehotWalter，今通译白芝浩)的《格致治平相关论》(PhysicsandPolitics)两书，可惜这两部译稿已佚失。大约在1892年(光绪十八年)，严复认识了一位名叫宓克(Amichie)的英国人。当时长江流域一带“教案蜂起”;宓克“深忧夫民教不和，终必祸延两国;而又悯西人之来华传教者，胶执成见，罕知变道，徒是己而非人，绝不为解嫌释怨之计，”[52]故特著书《支那教案论》(MissionariesinChina，现译为《传教士在中国》)。书分四篇：“首发端，次政治，次教事，终调辑大旨。”[53]宓克的宗教观点是非正统的，写作此书的目的也是为了批评传教士在中国“胶执成见”的做法;另一方面严复翻译此书，则是希望藉一个外国人反对传教士的观点，“为他的知识界同胞提供有威力的新武器”。[54]但他的这一举动，在社会上并没有引起什么反响。