因这位“高足”的揭发jiāo待，朱家骅、叶企孙二人的关系变得复杂严重起来。在提审人员冷峻与凌厉的目光bī视下，叶于1968年1月22日，向中央军委专案组就自己与朱家骅的相识与共事经过作了自述式的jiāo待：“1918年8月，我同朱家骅同船赴美国留学。那时吾同朱并不熟识。朱不是清华公费生。到美后，吾同朱并不同学，也不通信。朱留美不久，即转往德国留学。”又说：“在同类地质学家中，吾同丁文江、翁文灏和李四光相熟在前，同朱相熟在后……朱就院长时，总gān事为任鸿隽，不久辞职。1941年chūn，朱来信要吾担任总gān事。吾应允了，但须秋间方能到职。”
中央研究院总gān事(2)
叶的此次jiāo待与他一个月后，即9月7日的说法略有不同，在专案组人员进一步审问中，叶企孙更加详细地说道：“我从1918年同朱家骅认识的，是一同去美国的。1918年8月在南京号轮船上认识的。朱到纽约，我到芝加哥。1924年3月(我)回国在南京东南大学任物理系副教授。1933年在南京中央研究院开评议会时同朱家骅见面。他是地质组，我是评议员，议长是蔡元培，物理组组长是丁燮林(现叫丁西林)或李书华。1941年开始同朱家骅往来多了。1941年chūn夏时期，我在昆明受(收)到朱家骅的来信，叫我到国民党政府中央研究院工作担任总gān事。当时朱家骅是该院院长，又是国民党党内的反动特务，是中央组织部部长。我应允朱家骅的邀请到了重庆作了中研院的总gān事。我管计划、预算、审查著作、聘请人筹备开会等……”
由于叶jiāo待的人员名单中涉及到了翁文灏，专案组人员立即找到时在北京居住的翁，让其写“揭发”材料。在由他人代笔、翁文灏本人阅后签字的材料中，翁文灏说：“叶在清华大学，作物理学系主任。我也在那里教过书。解放以前，听人家说，那时是伪中央研究院，朱家骅想请叶当总gān事。权力第一是院长，第二位就是总gān事。叶去过一下，时间很短，没有做下去，很快就离开了。……朱家骅作过jiāo通部长，北洋军阀时期朱是北大教授，后来做过很多国民党的工作。朱与叶一定认识，否则，朱请不动叶到中央研究院当总gān事。”
听翁文灏的口气，似乎国民党在重庆期间，他没有同朱家骅争夺过中央研究院院长的位子，也不是大权在握的中研院评议会的秘书，更不知朱与叶此前是否相识，只是“听人家说”，那时有个伪中央研究院的机构云云。翁氏真不愧是宦海名宿，从官场名臣李鸿章那里学来的“捣浆糊”的回旋术，可谓至绝至妙矣!
事实上，叶企孙离开清华专任中研院总gān事一职，翁文灏在中间起了相当关键的作用。
当蔡元培去世，朱家骅经过激烈角逐如愿以偿登上中央研究院代院长的宝座后，新内阁总gān事的最佳人选非傅斯年莫属。遗憾的是，傅氏的身体状况实在太差，勉qiáng答应就任后，因体力渐渐不支，朱家骅不得不重新考虑找人顶替。经过与翁文灏、傅斯年反复商量权衡，最后决定请叶企孙出山。
从叶企孙的人生经历和后来他的“高足”与同事们“揭露”的材料看，朱与叶在成为中央研究院同事之前，仅是一般的熟悉而已，并不像后来冯友兰“揭发”材料中所说“关系相当密切”。朱家骅之所以瞄上了叶企孙，除了叶自己所说受到“正统思想”和“欧美资产阶级思想”的双重教育，一个重要原因是叶的学术地位和组织、处世能力非一般人可比。当时中央研究院各所的主要支柱，基本都是清华出身或与清华相关的欧美系统，而叶企孙在这个系统的地位之高、之重是有目共睹的。正如1968年叶企孙被捕后，冯友兰亲笔向中央军委专案组提供的“揭发”材料所言：“叶企孙，按解放前北京教育界的派系说，是清华派的第二号人物(第一号人物是梅贻琦)，在清华几次代理校务，当过理学院院长，负责清华的几个研究所的工作，在清华有很大的影响。”冯友兰此话大致不差，正是缘于这种其他人无法企及的影响力，叶企孙才能做到“对于学者间的纠纷，尚能公平处理”。加之叶是一个无党派人士，以此面目出现，对于各政治派别和学术利益集团的平衡，更有一种无形的亲和力与说服力--这便是朱家骅请其出山的根本动机。
中央研究院总gān事(3)
据可靠的资料显示，朱家骅最初实施这个计划是在1940年夏，身为西南联大常委并主持校务的梅贻琦因公赴渝与朱家骅相见。朱向梅表示，傅斯年因病几次住院，身体越来越差，欲辞职赴李庄史语所静养，自己有意聘叶企孙接替傅担任中央研究院总gān事一职。此前朱家骅与翁文颢、傅斯年已与叶单独做过沟通谈及此事，叶表示“亦未尝不可尽其绵力，逐渐使该院之研究事业更上轨道”云云。但又说要看梅的态度再商定。梅听罢朱家骅的要求，颇感为难，表示清华方面的事务很难离开叶。当时西南联大的情况如冯友兰在回忆中所言：“除了联大的总部外，三校各有其自己的办事处，自己设立一些机构，与联大无gān。清华的办事处最大，自己设立的机构也比较多，主要的是那些原来办的研究所，有农业、航空、无线电、金属和国情普查等研究所，这些所都不招学生，与联大毫无关系。清华还有研究院，招收研究生，他们虽然也往联大听课，可是不算联大的学生。北大办有文科研究所，招收研究生，也与联大无关。”又说：“当时的联大，好像是一个旧社会中的大家庭，上边有老爷爷，老奶奶作为家长，下边又分成几个房头。每个房头都有自己的'私房'。他们的一般生活靠大家庭，但各房又各有自己经营的事业。'官中'、'私房'，并行不悖，互不gān涉，各不相妨，真是像《中庸》所说的'小德川流，大德敦化，此天地之所以为大也。'”
所谓“特种研究事业”，是指清华大学在战前办的农业、航空工业、无线电三个研究所，以及到昆明之后增办的金属学及国情普查等两个研究所。为便于统筹管理，清华校方把五个所组成一个“特种研究事业委员会”，叶企孙为主任，主持全面工作。为了不驳朱家骅的面子，梅贻琦最后答应如果中研院非要叶出山赴重庆就任，最好不脱离清华而两边兼顾。这一条件令朱家骅未置可否，表示与同仁商量后再作决定。
到了这年的9月29日，朱家骅致信梅贻琦，说已同翁文灏与傅斯年二人商量，不同意叶企孙两边兼顾，只能放弃清华而专任中研院总gān事职。其理由是按中研院章程规定，凡院内专任人员不能兼职。为使问题更加清楚明了，在朱家骅的授意下，1940年10月15日，翁文灏以中研院评议会秘书的名义致信梅贻琦：“叶企孙兄至渝后接理中央研究院各事，朱骝先及傅孟真诸君均热诚匡助，可以顺利进行。惟有一事窃愿以友谊奉商者：兄前次至渝时，曾经谈及企孙兄于短时间内暂兼清华教务名义，但可以随时商停。此事固仅为一名义问题，但事实上亦有若gān影响。中研院总gān事一职向为专任，丁在君兄初受院聘时，方任北京大学教授，当经商定，俟功课教毕，完全离开北大(教授名义亦辞卸)，然后方至院内任事。企孙兄最好能免兼大学教授(但如聘为名誉教授则似尚可行)。此事弟与企孙兄面谈时亦经提及，并已奉陈，敬希察照酌采，至为企幸。”梅贻琦接信后，对这种“霸王条款”表示不能接受，遂置之不理，坐看朱、翁等人如何处理。