1941年5月16日，梅贻琦因公再赴重庆，想起几个月来朱、翁二人书信不断，为叶企孙事纠缠不休，便想借此机会就此事来个彻底了结。据梅贻琦日记载：5月21日“六点半至牛角沱资源委员会访翁咏霓，谈企孙就中央研究院总gān事问题”，2日“五点往巴中组织部访朱骝先部长谈企孙问题”，5月30日“十点一刻至中央医院门前，往返园中一刻许，寻得傅孟真所住病室，渠于前日曾割扁桃体腺一半，说话不便，未敢与之多谈”。
傅斯年重病在身，中研院总办事处急需有人接替料理，在朱、翁、傅等人的恳切要求下，梅贻琦终于同意叶企孙以请假的名义离开清华专任中央研究院总gān事职。朱、翁、傅等人听罢，各自长出了一口气。
1941年9月11日，梅贻琦致信叶企孙：“足下之去中研院，在清华为一重大损失，在琦个人尤感怅怅，但为顾国内一重要学术机关之发展起见，不应自吝，乃不得不允君请假，暂就该院职务。”9月底，叶企孙离开昆明飞赴重庆，正式接替傅斯年出任中央研究院总gān事职。傅则于同年12月初，携妻带子离开重庆，迁往李庄史语所。想不到叶企孙上任不久，就因为聘请陈寅恪之事，冷不丁地吃了傅斯年一记闷棍。
雾都遥念陈寅恪(1)
雾都遥念陈寅恪
1939年chūn，陈寅恪被英国皇家学会授予研究员职称，并收到牛津大学汉学教授聘书，请其赴牛津主讲汉学。为陈氏此行，对方已安排该校1939年，陈寅恪与家人在香港
汉学家休斯副教授充任其助手。--这是牛津大学创办三百余年来首次聘请一位中国学者为专职教授。面对这一极具荣誉的礼聘，陈寅恪曾两度辞谢，后考虑一直住在港岛的夫人唐筼患严重心脏病，不能携家抵昆团聚，自己又患眼疾甚重，欲借赴英机会一并医治，遂答应就聘。在得到西南联大常委、主持校务工作的梅贻琦同意后，陈寅恪乘车由安南转往香港作赴英的准备。抵港后，欧洲战火突起，地中海不能通航，何时能够起程，杳无可知。无奈中的陈寅恪只好由香港重返昆明西南联大，等待可行的机会。
1940年暑假，听说欧洲方面战况稍有好转，陈寅恪再返香港等候赴英之机。想不到这次又出了差错，刚到香港不久，忽得中国驻英大使郭复初发来电报，谓因时局关系，赴英之事需延期一年。心灰意冷的陈寅恪欲再次孤身一人返回西南联大。恰在此时，日军为切断广西与越南之间的国际jiāo通线，出兵攻占南宁，昆仑关陷落，滇越jiāo通中断，致使陈寅恪无法回昆，而夫人唐筼除心脏病外又患子宫病。陈氏走投无路，一面写信请傅斯年“如本所及联大有迁地之消息，乞速示知”，一面做携家眷迁川之打算，并通过时在香港大学任中文系主任的许地山，在港大暂时谋得一客座教授职位，以换取微薄的薪金维持生计。
当陈寅恪在势如牢笼的港岛左冲右撞，总是突不出重围之时，1941年12月8日，震惊世界的珍珠港事件爆发了。此时已辞去中央研究院总gān事、刚刚携妻带子乘船抵达李庄的傅斯年为陈寅恪一家的命运忧心忡忡，拖着病体连续拍发电报，请求中英庚款负责人杭立武等人设法营救。经过杭立武、朱家骅等人一番苦心孤诣的秘密筹划，陈寅恪于被困香港近半年后的1942年5月5日，终于突出重围，携家登船逃离坟墓般的孤岛，取道广州湾(即湛江)返内地，一路艰苦跋涉，于6月抵达桂林，落脚于中央研究院物理研究所。1938年初，长沙临时大学与中研院史语所、社会科学研究所等机构撤离长沙迁往昆明时，物理所、地质所、心理所等三个研究所也随之撤离。鉴于各方面原因，三个所抵达桂林后不再前行，在离桂林市40华里外的良丰镇郊外山脚下安营扎寨住了下来。多亏这个营寨的人员鼎力相助，陈寅恪一家于艰难跋涉中暂时有了一个歇脚之地。
按照陈寅恪长女陈流求的说法，“父亲原打算继续上路赴四川李庄历史语言研究所”，而史语所的同仁也翘首以待，渴盼着这位“三百年仅此一人”(傅斯年语)的史学大师到来，为抗战期间中国四大学术中心之一增添新的活力与砝码(另三处学术中心是重庆、昆明、成都)。遗憾的是，陈寅恪夫妇身体状况均不允许继续前行，使这一计划随着岁月的流逝而渐渐偏离了前行的轨道，终致大师的身影与李庄擦肩而过。
1942年8月1日，陈寅恪给傅斯年信中道出了自己不能继续前行的详情：“然二月之久，舟车劳顿，旅舍喧呼，俟到山中，稍获休息。岂知久劳之后，少息之余，忽觉疲倦不堪，旧病如心跳不眠之症，渐次复发。盖神经兴奋既已平静，大病又将到而尚未到矣，此时必须再长期休息，方可渐复健康。若短期内再旅行，重受舟车劳顿之苦(旅费亦将无所出，此姑不论)，必到目的地，恐将一病不起矣!前上一书言，欲与中英庚款会商量，设一讲座于广西大学，即是此旨，想蒙谅解。”信中可见，身心俱疲的陈寅恪极想在桂林这个山清水秀的古城小憩一阵，等身体稍好一些之后再做他图。此前，陈寅恪已致信中英庚款负责人杭立武，商量设讲座事，已蒙同意。所聘薪金由中英庚款与广西大学合出，为两家合聘之局，每周开课三小时。虽“月薪则不多”，但虑及“半年或数月之内，弟个人及全家皆不能旅行，又不可无收入以维持日食，授课之时既少，可整理年来在港大讲授旧稿，藉此暂为休息过渡之计，作渐次内迁之准备”。
雾都遥念陈寅恪(2)
陈寅恪对自己面临的窘境和日后的打算说得极为清楚，只是在此信尚未发出时，重庆方面的中央研究院新上任的总gān事叶企孙，已命人于前一日将聘书匆匆发往桂林，请陈寅恪出任“中央研究院历史语言研究所专任研究员”。而这一切，正在李庄主持工作的史语所所长傅斯年却蒙在鼓里。当得知叶企孙竟瞒着锅台上了炕，置自己这位史语所掌门人于不顾，擅自聘陈寅恪为“专职”后，傅斯年怒火顿起，立即以笔当pào向叶企孙讨伐起来。
陈寅恪与叶企孙在北平清华园时期就来往密切，堪称挚友。卢沟桥事变前后，叶与陈曾就战争局势与南迁之事多有商谈，可谓患难与共，直到迁往长沙、昆明仍保持深厚的jiāo情。当陈氏携家由港抵达桂林的消息报到中央研究院总办事处时，叶企孙遥望东南，以极大的热情和爱心关注着这位史学大师的命运。未等陈寅恪伏笔作书报告详情经过，叶以上海人特有的细腻与jīng明，开始为陈氏一家未来的生活打起了算盘。1942年6月9日，叶致书傅斯年，大意说：陈寅恪已到桂林，史语所是否有聘其为专任研究员的打算?月薪多少?又说：“薪似可从一月份支起，但从六月起实付寅恪，以首五月薪抵销旅费之一部分。以寅恪夫妇之身体论，住昆明及李庄均非所宜，最好办法，似为请彼专任所职，而允其在桂林工作，不知尊意如何?”
傅斯年接信看罢，表示不能同意，因为专职与兼职有根本区别。在复叶企孙的信中，傅说：“陈寅恪来史语所任专职，则是傅氏本人及全所同人渴望日久之事，但由于中央研究院和本所有严格的制度和服务规程，故陈寅恪不能常住在桂林而遥领本所专任研究员之薪水，必须来李庄住在史语所租赁的房中办公，才可以拿专任之薪。如果陈果能来李庄，其薪金自应为六百元又临时加薪四十元。否则，不能为之。”