1938年5月20日，蔡元培应宋庆龄邀请，同港督罗富国爵士等人一道，出席由“保卫中国同盟”及“香港国防医药筹赈会”于圣约翰大礼堂举行的美术展览会，并公开发表演说。--这是蔡元培在港期间唯一的一次公开演讲，其意本为向同胞和国际友人话别，离港前往昆明或重庆，奈何因身体衰弱不堪，未能成行，最终病逝港岛。
1940年早chūn，73岁的蔡元培步入了贫病jiāo加的人生暮年，他的生命之火即将熄灭。而此时，偏又遭逢流亡昆明的爱女蔡威廉死于难产的致命一击。蔡威廉作为一位留法归国的杰出美术家，自和法国归来的林文铮结婚后，一直致力于杭州国立艺专的艺术教学工作，满腹才华和理想尚未来得及施展和实现，就于抗战流亡途中撒手人寰。蔡威廉一家在昆明生活得极其艰难，而她本人则死得更加悲惨，在咽下最后一口气之前还用手在墙上反复疾书“国难，家难……”其撕心裂肺之状，闻者无不为之动容。
白发人送走了黑发人，而白发人也将寻着女儿的背影飘然而去。1940年3月3日晨，蔡元培起chuáng后刚走到浴室，忽然口吐鲜血跌倒在地，继之昏厥过去。两天后，医治无效，溘然长逝。
巨星殒落，举国震惊。全中国不分政治派别，各界人士均表深切哀悼。国民政府发布褒扬令，以“道德文章，夙孚时望”、“推行主义，启导新规，士气昌明，万流景仰”来烘托蔡元培高山仰止的人格光辉与民族气节。国民党在重庆举行公祭，由党总裁蒋介石亲自主持，接着举行追悼大会，以表达对死者的追念与哀思。远在延安窑dòng里的中共领袖毛泽东闻讯，也向这位对自己当年进北京大学谋到图书管理员差事有知遇之恩的故校长发表了“孓民先生，学界泰斗，人世楷模”的唁电，同时发动延安各界举行追悼大会，发表悼念文章以示尊崇与纪念。一代名流许崇智、廖承志分别受国共两党委托，亲赴香港致祭，香港各界为之执绋者5000多人。蔡氏遗体于7日下午在香港湾仔摩利臣山道福禄寿殡仪馆入殓，10日举殡，港岛各学校及商号均下半旗致哀。蔡元培灵柩初移厝于东华义庄七号殡房，以待运回故乡浙江绍兴安葬。后因战事迭起，pào火连绵，未能成行，遂移葬香港华人永远坟场。从此，这位“五四元老”、“中国新文化运动之父”、“学界泰斗”，告别了他为之奋斗的事业，长眠于香江之岸。
蔡元培在民族危急的“大风雪”中走来，又在山河破碎的bào风骤雨中离去;在他到来和离去之后，世界已经不再是原来的世界，中国也不再是原来的中国，他所开创的经国之大业，自由之思想，科学、民主之理念，囊括、兼容之jīng神，将作为一座屹立在岚烟雾海中不灭的灯塔，指示着天下儒林士子读书治学，脱心志于俗谛之桎梏，将真理发扬光大。
群英会陪都(1)
群英会陪都
1940年3月，蔡元培在香港去世的消息传到昆明，抗战中由南京至长沙，再由长沙迁到昆明的中央研究院各所、中央博物院筹备处与西南联大同仁无不同声悲泣。傅斯年在昆明郊外龙头村旁边山中史语所租住的弥陀殿大殿前，专门组织召开追悼会，除史语所与中央博物院筹备处人员外，中国营造学社的梁思成、林徽因夫妇及学社同仁也前往参加。史语所所长傅斯年在讲述故校长、院长兼恩师蔡元培的生平、特别是上海沦陷前后一段经历时，泪如雨下，几度哽咽而不能语。
此时中国的抗战正陷入低cháo，日军攻势凌厉，中国东部最丰腴的国土尽失，国际社会无一援手。国民政府几乎陷入外无救兵、内无粮草的绝境。蔡元培去世，令迁往昆明的中央研究院各研究所同仁心头蒙上了一层挥之不去的yīn影。追悼会后，傅斯年与史语所考古组主任李济均流露出“树倒猢狲散”的悲情。当时在座的西南联大历史系教授兼秘书长郑天挺事后颇为感慨地语人：“孟真、济之皆目前国内一流的学者，尚且如此，真是国家学术机构之不幸。”
当然，作为幸存者，不会真的因蔡元培这棵大树的倒掉而四散湮灭，每一个具有血性的中华儿女都深知，在如此严峻的历史转折关头，只有一条路可供选择，这就是咬紧牙关挺过艰难的时局，积蓄力量，与中国军民一道实现战略反攻，赢得抗战的最后胜利。为使中央研究院各个系统不致因其缔造者蔡元培去世而在战火中瘫痪，院长继任人选很快被提上议事日程。这个时候，中央研究院还没有后来的院士制度;中央研究院成立之初，在蔡元培、杨杏佛、傅斯年等人的努力下，创立了一个评议会作为全国最高学术评审机构，这一机构除负责联络国内各研究机关，决定研究学术方针，促进国内外学术研究合作互助外，还握有推举院长候补人的权利。评议会以院长为议长，设秘书一人，负责日常事务。评议会的评议员以中央研究院各研究所所长以及重量级的研究员为当然人选，另有部分知名大学教授和教育、科学界杰出人士组成--这便是中国院士制度的雏形。
按既定章程，中央研究院院长产生实行“提名制”，即由该院评议会通过聘请的评议员以投票方式，选出三位候选人呈报国民政府，由政府最高决策者从三位被提名的候选人中圈定一人，有幸被圈定者，就是合法的中央研究院院长。
1940年3月中旬，评议会秘书、地质学家翁文灏在与中央研究院总gān事任鸿隽，前总gān事朱家骅，教育部长王世杰等人沟通后，呈报国民政府批准，召集散落在全国各地的评议员赴重庆开会，选举新一届院长。
在昆明的中央研究院各所所长与著名学者傅斯年、陶孟和、李济、竺可桢、李四光、丁西林，以及西南联大的蒋梦麟、周炳琳、陈寅恪等人接到通知，纷纷向国民政府陪都重庆云集而来，每个评议员都渴望自己看好的对象能够当选。鉴于复杂的政治人事关系，由谁来坐中央研究院第一把jiāo椅，评议员们皆心中无数。即使是神通广大、霸气十足，具有国民政府参政员身份的史语所所长傅斯年，对此次选举前景究竟如何，也是雾中看花，不甚明了。有人主张既然蔡元培是由北大校长转为大学院和中研院院长，现任北大校长、西南联大常委蒋梦麟就应该名正言顺地继任，中央研究院社会科学研究所所长陶孟和对郑天挺试探性地说：“看来这次梦麟先生应当出来了。”郑天挺深知此事远没有如此简单，不置可否。
果然不出所料，到达重庆后，有相当一部分评议员并未把蒋梦麟放在眼里，反而“谈到此事，都说(胡适)先生一票不可少”。身为评议员的学界重量级大腕、中央研究院史语所历史组主任、西南联大历史和中文两系合聘教授陈寅恪公开放言：“本人不远千里来重庆，只为了投胡适先生一票。”按照众评议员的私下议论，时正担任驻美大使的胡适得了头彩，属于担任院长的最佳人选。只是，同中国所有地方的官场一样，由于各方面的明争暗斗，导致选举事项横生枝节，顿起波澜。
推选程序尚未开始，整个氛围已如浓雾弥漫的山城重庆，令初来乍到者晕头转向，拿捏不稳。大幕遮掩下的评议行动，首先是翁文灏、朱家骅、王世杰、任鸿隽等在民国政坛、儒林这道星河中最明亮、庞大的四只“海guī”暗中叫起劲儿来。且看四人的非凡经历：