“威名大震”，原来孤立于各部以外的情况开始改变了，力量对比发生了有利于建州的转变，即从以叶赫那林孛罗为主，各部追随其后的局面，转变为建州、叶赫、乌拉“三足鼎立”的局势[29]。
癸巳之战以后，建州正处在奴隶制国家进一步形成的阶段，国家机器及其附属物还不完备，而以淑勒贝勒努尔哈赤为代表的建州奴隶主阶级却愈加贪婪无厌，垂涎东海和海西四部，以继续完成对女真各部的统一战争。然而，要实现对外的掠夺，必须利用他们已经攫取的国家权力，对内实行统治和镇压，因此，以淑勒贝勒努尔哈赤为代表的建州奴隶主阶级开始整顿内部，加qiáng镇压和奴役已经归服的各族人民。
癸巳之战以前，建州的统一战争已经基本上完成了，只剩卞长白山部的珠舍哩、讷yīn等局部地区了。战后，努尔哈赤的兵势大盛。他首先决定扫平残部，完成建州的统一事业。癸巳战争刚结束，淑勒贝勒努尔哈赤就于十月乘胜招服了珠舍哩部。闰十一月，收服讷yīn部，攻下首城佛多和山(今吉林省安图县二道白河公社宝马)。杀了该部首领搜稳、寨克什等[30]。从此，努尔哈赤被众部誉为王子[31]由于女真人居住地域一般没有明确的划界，明廷所设立的卫、所，多指聚居部落的大体地域，多凭水指山为限，尤其是女真社会是多种经济，居民长期自由生息，出入都没有禁限。这种状况，随着建州统一事业的发展，已经不能继续存在下去了。阶级的对立，国家的产生，统治和剥削被压迫者的时代已经到来，昔日不受约束的社会成员，这时必须承担国家的经济负担或义务。换句话说，女真社会内部已经进入激烈变革的时代了。
努尔哈赤在一个相当长的时期里，由于战争频繁，各个部落居住分散，难以完全控制每个部落成员。有的诸申(自由的部落成员)，依着旧习，借口到朝鲜去“受宴”，常常千百成群，漫山遍野地离开部落[32]。有的借采取人参为名，十百成群的走出，甚至借机对朝鲜或其他各族人民肆行掠夺[33]。有的竟自行投奔朝鲜王国境内乞求定居，不再返乡[34]。这样，使女真人口、劳力、兵源严重的流动，不利于建州农业和其他经济的发展，也不利于集体的军事活动。总之，不利于新兴的建州奴隶主阶级的统治。
对于这些，努尔哈赤采取果断和qiáng有力的措施，即申明法纪，加qiáng统治。对于擅自进入他国边境，肆行掠夺的人，立即捕捉他的家口，判做苦役，或以极刑处斩[35]。规定一人越过边境，罚牛一只或银十八两。凡是家境贫寒，无力承担罚款的人，将其全家降为阿哈，听从奴隶主使唤[36]。在这严刑重法之下，习于涣散生活的女真诸申，只好畏法从命。从此，奴隶主控制了人口流动，稳定和发展了生产，社会秩序大为安定。一位女真人深有体会地说，在“王子”管束以前，出入的人都要身佩弓、矢、刀、剑等武器，以防他人侵掠，自“王子”
管束以来，远近行走的人，只要手提个马鞭子就可以了[37]。凡是已经征服的各部，以都城佛阿拉为中心，分别设立烟火台报警，击木梆子以为信息，社会秩序治理得井然有条[38]在国家职能不断增qiáng的同时，生产、劳役、纳税，在建州社会内部也由国家发挥组织作用了。由努尔哈赤统一下令，各部首领直接组织生产，使建州的农业生产，在短时期内获得了长足的发展。万历二十四年(公元1596年)，在都城佛阿拉城周围一带，土地普遍开垦、耕种，山地也大都种植稷、粟、黍、蜀等作物[39]。亩产达到相当高的水平，良田斗粟下种可以产八、九石，最差的田地斗粟下种也可以收获一石多[40]。
建州生产的发展，生产关系的演变以及与此相适应的社会财富的日益集中，并为奴隶主阶级集团所占有和支配。便于保护奴隶主阶级利益的城市逐日增多。往日自由的社会诸申，今天都被计算人丁数目，分番赴役[41]，为以努尔哈赤为首的少数奴隶主从事劳役，如运木搬石，烧砖制瓦，建筑都城、构建边台等等。他们的生产物也开始以税收的形式上缴了[42]。
建州加qiáng奴隶主阶级的统治、qiáng化国家机器，集中体现在军事方面。为了适应内外发展变化的需要，努尔哈赤在军事上进行了改革，改革过去将不听令，军无法纪的局面。最初在努尔哈赤的军中，凡是有战争，首领带头冲杀，部下愿意进则进，愿意止则止，首领无权也不敢进行gān涉，更没有法制去加以制裁。比如，万历十三年(公元1585年)四月，努尔哈赤率领甲兵八十人，遇见了巴尔达等五个城主率领的八百兵来战，形势相当危险，而族兄弟扎亲、桑古哩却解甲避战，其他七十多人也观望不前，对于这些，努尔哈赤竟毫无办法，只好以四个人去冲八百人的大阵。万历十七年(公元1589年)，兆佳城大战更为明显。当时建州发兵攻打兆佳城主宁古亲，战前努尔哈赤悄悄地伏兵城下，城主一无所知，派兵出城。突然遭到了伏兵的袭击，慌忙退兵。努尔哈赤单身直入百人之中，手斩九个人，余军四散，城门紧闭。建州兵围攻四天，城将陷落的时候，兵不听令，四处掠夺财物和牲畜，相互间大肆争夺。努尔哈赤十分焦急，先解下铁甲给部将鼐护说：兵士争夺这少许的财物，自相残害，你携带我的盔甲前去约束一下[43]。鼎护去后，不但不约束兵卒，反而参与抢夺。努尔哈赤无奈，又解绵甲给巴尔太，让他携带绵甲换铁甲回来，以防城内出兵冲突。巴尔太也没有照办，并且与众人一起进行抢掠。这时，守城兵见到有机可乘，派一哨人马自城中冲出，将努尔哈赤的叔弟旺善冲倒了。敌兵正要行刺，努尔哈赤见此，只好赤身参战，救出旺善，破城杀了宁古亲[44]。
鉴于将不听令，兵不从命，漫无纪律的情况，努尔哈赤采用本民族狩猎生产的传统组织形式，即牛录(即“大箭”之意)制度，对于部民进行编制。这种组织最初在部落中建立起来，部落首领即为牛录额真(额真即“主”之意)。由于居住部落大小不等，人数众寡不一，加上随时有他处部落或个人归附，每个牛录的人数也不尽相同，少的常常是五、七人，十数人或三、四十人不等[45]。
初期，牛录只是比较单一的生产组织形式，女真人不管人数多少，出兵或打猎，都以族寨为组织基础。每行大猎，开围的时候，十个人为一组，各出箭一支，一人为总领，九人跟从，各以定向而行。这个总领就是牛录额真[46]。后来，牛录制度逐渐演变，增加了军事和行政管理职能。到万历二十三、四年，努尔哈赤统兵已经上万[47]。按所使用的武器和技能分为四种，有环刀军、铁鎚军、串赤军、能she军[48]。每军各有旗帜。万历二十四年(公元1596年)所用的旗帜尚未划一，旗色有青、huáng、白、黑、赤等，近于以后的四旗颜色。旗上或画龙，或画马不尽一致。旗宽二幅、长二尺为限。这是八旗制的前身。
军事将领都由在城中的各部首领充任，以一年为限期，期满了更换。守都城的兵车由各个部落临时调用，以十天为限，期满换班。有事还是原始办法，传箭为令。令到则每个兵卒自备军粮、军器，到指定的地点集中[49]。