万历二十一年(公元1593年)，建州与九部之间的战争爆发了。战争的序幕发生在六月的一天。那一天，那林孛罗、猛骨孛罗、满泰、拜音达哩四部联兵，首先突袭了建州的湖卜察寨。淑勒贝勒努尔哈赤闻讯，亲自统兵前去追击，一直追到哈达部地界，攻破了哈达部的富尔佳寨。当努尔哈赤回兵时，哈达兵随后追来。淑勒贝勒独自殿后。猛骨孛罗等四人见他一个人在后，便猛追过来，其中一个人冲在最前边。努尔哈赤见来人将到近前，回身便是一箭，正中那个人的战马，马中箭后一跃而起，骑者翻身落马。接着猛骨孛罗等三个人也杀过来，淑勒贝勒努尔哈赤回身又是一箭，she中了猛骨孛罗的战马，立即失蹄仆地，猛骨孛罗也滚下马来。他的家仆泰穆布见势危急，扶持主人换上自己的战马，逃命去了。这一战，建州以十五人杀敌十二人，得甲六副，战马十八匹，胜利而归[25]。
海西四部偷袭建州失败，更加恼怒，于是纷纷联兵。至九月份，联兵多达九部，有叶赫部的卜赛、那林孛罗;乌拉部的布占泰;辉发部的拜音达哩;科尔沁部的翁阿岱、莽古斯、明安贝勒;珠舍里路的裕楞额;讷殷路的搜稳、塞克什;锡伯部、卦勒察部等，兵分三路进犯建州。
淑勒贝勒努尔哈赤得到九部联军进犯的消息大吃一惊，终日不宁，积极设防[26]。一天夜里，哨探兀里堪急报说：敌兵于傍晚时分自扎喀(今辽宁省新宾县上夹河公社五龙村西南山上)方向已经来到浑河北岸，营火密集、多似繁星，烟云缭绕，埋锅造饭。现在已经饭后起营，浩浩dàngdàng，越过沙济岭向我而来。淑勒贝勒努尔哈赤得到确实的消息以后，命令加qiáng哨探，增设防备，自己便酣睡起来。他的福金(即夫人)滚代十分惊慌，忙把努尔哈赤推醒，怨恨地说：听了九部发兵，你终日心神不宁，今天已经大军压境，你竟睡起大觉来了。你是昏庸了，还是吓傻了!努尔哈赤qiáng睁开眼睛，笑着说，害怕的人还能如此安睡。前日敌兵来与不来，难以料定，所以心神不定。今天得了实信，敌人又奈我何?为什么不睡呢!说完又呼呼入睡了。
第二天，天明造饭，杀牲祭天。拜过堂子以后，淑勒贝勒努尔哈赤披挂整齐，亲自统兵到拖克索津渡处。
这时扎喀城守官鼐护山坦前来报告说，叶赫兵于辰时已经来到，大批敌军包围了扎喀关，因为地势险峻，不能攻下，又去攻赫济格城。哨探郎塔里也来报告说，敌兵已经扎立营寨，开始搬运粮草了。淑勒贝勒努尔哈赤听后，下令安营扎寨。此时双方对阵。九部联军打前阵的是北关叶赫兵，其攻击方向是立营于浑河北岸，决战于扎喀关至古勒山一带。
当此决战的前夕，叶赫营中有一个人逃跑，向淑勒贝勒努尔哈赤报告了九部联军的内情，即叶赫部的卜寨、那林孛罗贝勒共率领一万兵。哈达部的猛骨孛罗贝勒、乌拉布占泰贝勒、辉发部的拜音达哩贝勒三部合兵一万。蒙古科尔沁贝勒翁阿岱、莽古斯、明安，合锡伯、卦勒察等部率兵共一万。三路共有三万大军。建州众兵、将听了，都惊惧失色。面对这样严重的局势，淑勒贝勒努尔哈赤鼓励大家说：你们不必担忧，我兵将不同他们苦战，我们将以守险待战，诱敌深入。他若来战，我必迎击，他若不来，我将分路袭击。他又分析敌情说：
敌军首领很多，指挥不一，都是一些乌合之众，临战必将退缩不前。领兵在前的必是头目，两军相战，先伤其首，敌兵必然溃散。我兵虽然少，但集中全力，出其不意，攻其不备，必能大获全胜。淑勒贝勒努尔哈赤事先已在赫济格城相对的古勒山上，据险设兵;在诱敌深入的道路两旁埋伏了jīng兵;在山险要地设置滚木、雷石等器械。从建州的军事部署看，是居高临下，依险固守，诱敌深入，以期伏兵致胜。九部联军要实现一举“dàng灭”建州的计划，必须先在古勒山决战，才能向建州都城佛阿拉进军。
两军列阵相待，九部联军在战略上尽管兵力占优势，但临战则处于情况不明，盲目进战的状况。淑勒贝勒努尔哈赤初步掌握了战场上的主动权。jiāo战一开始，建州兵没有全部参战。叶赫部的主帅卜寨、那林孛罗只率兵围攻赫济格城，整整攻了一天，却毫无进展。第二天又进行更激烈地攻击，建州守军将士损失较多，战局不妙。
当此关键时刻，淑勒贝勒努尔哈赤统兵增援，来到了古勒山。面对赫济格城结阵，与各旗贝勒、大臣整兵待战，同时派遣大将额亦都统领jīng锐骑兵百人前去赫济格城下挑战。联军正在攻城不下，兵卒损伤甚众，各部头目竭力保守实力，进退维谷的时候，叶赫卜寨贝勒得知建州出兵挑战，便一马当先，急速率兵迎击。两军各自列队，额亦都冲阵而出，战不几合，拨马佯装败阵而走。联军不识其计，疾驰追杀，一直追到古勒山下。额亦都回马连砍九人，又返身飞速转入山中不见了。联军以为建州兵无力相抗，败阵而逃，便各自争功，蜂拥而上，包围了古勒山，背向浑河，仰面冲击，拚力进攻。建州兵居高临下，全力抵抗，山上滚木雷石齐下，杀喊声震天，战斗进行得十分激烈。
正当两军搏战白热化时，叶赫卜寨、那林孛罗挥军冲向建州阵地，形势相当危急。淑勒贝勒努尔哈赤慌忙命放滚木雷石，于是，山上木石俱下，卜寨不及躲避，战马触木而倒，他还未来得及爬起来，便被建州甲士武谈冲下来，一刀砍倒。那林孛罗看见兄长被杀，惊叫一声也昏倒了。联军各部头目慌忙上前抢下两贝勒。于是，全军斗志大减，无意恋战，在建州兵冲击下，各自夺路奔逃。因为古勒山下临河，两岸一片沼泽，山路崎岖，沿江狭窄，骑不成列。蒙古明安贝勒，由于慌不择路，陷了下去，不得不弃马只身láng狈逃命。败兵三万，拥挤于路，首尾如长蛇。战局霎时起了根本的变化。淑勒贝勒努尔哈赤见联军败退，便令chuī螺号纵兵奋力击杀，沿路伏兵四起，建州兵卒势如猛虎下山，扑向联军。联军在拥挤中纷纷落江而死。其他贝勒都各自逃命，兵卒横尸蔽野，连卜寨的尸体也被建州兵夺了去。追兵直达百里的哈达部柴河寨南的渥黑运地方，由于天黑和叶赫布扬古贝勒的阻截，建州才收兵回营[27]。
第二天，有个兵卒生擒一人前来跪见淑勒贝勒努尔哈赤，报告说：我得了这个人，要杀他。他急忙呼喊;不要杀!不要杀!愿意以财产赎身，因此未杀，绑来见贝勒。淑勒贝勒努尔哈赤问道：你是什么人?那人慌忙叩头说：我恐怕被杀，没敢直说，我是乌拉部满泰贝勒的弟弟布占泰。今天战败被擒到了这里，生死只听贝勒处置。淑勒贝勒努尔哈赤严肃地说：你们会合九部之众，欺凌无辜。昨天，卜寨贝勒已经落入我手，若遇到你也必然如此下场。今天，你既然来见，我怎么能杀你呢?俗话说：“生人之名胜于杀，与人之名胜于取”，赦你不死。于是，下令给布占泰松绑，亲自赐给猞狸狲裘，收养在城中，招为额驸。
这次战役杀死联军四千多人，获得战马三千多匹，盔甲千副[28]，因为战争发生在万历癸巳年，所以称之为癸巳之战。癸巳之战对于女真各部的相互关系来说，是有决定意义的，它是关系到新兴的“女真国”生死存亡的战争，也是对建州实力的一次检验和十年统一战争的总结。这次战争深刻的历史意义还在于，通过战争在女真各部中，不仅确立了淑勒贝勒努尔哈赤在建州的领导地位和与女真各部新关系的开端，而且也将努尔哈赤统一战争推进到了一个新的历史阶段，即向海西以及东海各部进军举行了奠基礼。从此，淑勒贝勒努尔哈赤