明廷得到广宁失守的消息后，京城再次震动，市民大为恐俱。皇帝亲临御门处理辽事。兵部尚书张鹤鸣为了掩盖他自己的过失，竭力为巡抚王化贞和他自己开脱，竟说什么：我兵若是过了辽河以东战败，那是主战者的罪过。现今是后金兵过了河西，夺地陷城，罪过难道不在主守的人，而在主战的人吗?这一番话的用意，是把广宁等地失守的责任全部都推到经臣熊廷弼的身上去了。朝廷的众臣明知道是张鹤鸣支持巡抚王化贞造成了广宁失守的败局，竟异口同声地附合张鹤鸣的胡说。有的主张惩治熊廷弼，以正典刑。有的害怕后金兵入关，提出在一片石、古北口等地屯驻重兵，加qiáng防守。兵部尚书张鹤鸣感到罪责难逃，便乘机请求出关视师。皇帝是非不明，毫无主见，只好答应张鹤鸣的请求，给他加太子太保衔，赐予蟒玉、尚方剑，还给他配备了随行的将佐。升任王国梁为总兵官、何栋如加升太仆少卿，赞划军务。发币金三十万两，解送山海关以供使用。
在这人人退缩，个个胆怯的时刻，山东按察司佥事袁崇焕毛遂自荐地说：只要兵马足、钱粮足，我一个人可以挡关。袁崇焕临难挺身而出，取得了大臣的信任。皇帝当即下旨任阎鸣泰、袁崇焕为山海关监军。袁崇焕为人性情豪慡，不怕苦，不畏死，很有实gānjīng神。因此，他得到任命后，既不求奉圣旨，也不告辞朝廷，竟自行直奔山海关而去[3]。
当时的辽河以西，除了从广宁到西宁堡(今辽宁省盘山县东南“西丰古城子”)一线，后金设了哨卒以外，大部分的地区后金还没有力量占领。十三山、大凌河、小凌河等各屯的居民，都不肯归顺后金。义州东南的戚家堡，锦州南的双山堡、十官儿屯等地少的有数千人，多的有数万人，合计起来不下十余万军民占山抗金，等待明军的救援。广宁失守以后已经半个月了，中前所(今辽宁省绥中县前所)只有后金数十名骑兵巡视，前屯卫(今辽宁省绥中县前卫)也只有三百多名八旗兵，城中明军的房屋还都完好无损，大pào还放在原地没动。中后(今辽宁省绥中县县城)、中右(今辽宁省兴城县西南沙后所)、宁远(今辽宁省兴城县县城)、中左(今辽宁省锦西县东北“塔山”)等处，明军退走后，成了无人占有的中间地带[4]。
大英明汗努尔哈赤回兵辽阳以后，命令都堂兼固山额真阿敦、额驸李永芳和阿布图等，在沿边各城堡任命官员，设置边台和哨所[5]。为了都城的安全，努尔哈赤迁都沈阳以前住在辽阳的东城，命令李永芳驻守旧辽阳城。边防的守军分作三路，一路驻守在镇江，防备朝鲜王国进兵。一路驻守在辽南四卫，防备明朝登莱水师。一路驻守在广宁沿边，防备西部蒙古侵犯[6]。从广宁到西宁一线，每二十里设立一个哨所，每个哨所设置大pào四门，所内安排女真兵一个，间置汉军兵卒四人，夜间轮番巡查，警戒搜索[7]。除了哨卒以外，还放有游动哨，这种哨卒可以远到松山、杏山一带进行巡逻。
明军退出广宁地区以后，在右屯卫抛下的粮食有五十多万石。时值辽地年荒，人们都视粮如命。努尔哈赤对此当然十分重视。他除了派兵各处搜集粮食以外，在右屯卫派遣重兵层层防守。先从广宁城推来战车三、四百辆，守卫右屯卫的城门，内驻一名主将，四名游击，统率三千八旗兵。城外有八旗兵中的女真、汉军轻骑两万多人，战车五千多辆，环城防守。同时，由八旗共派出八万多人，出动大轱辘牛车三千三百六十多辆，陆续将右屯卫粮食运往三岔河、牛庄、海州、辽阳等地，前后搬运十个月之久[8]。
当努尔哈赤积极搬运粮食，全力解决国内人民缺粮的困难时候，只有蒙古各部的骑兵不断出来抢些粮食，明军竟然没有出动一兵一卒进行一次象样子的骚扰，致使努尔哈赤得以安然运走右屯卫粮食。
明军为什么不阻止和破坏努尔哈赤的运粮呢?这是因为明朝的兵部尚书张鹤鸣在二月十三日到达山海关后，命令锦衣卫逮捕了王化贞，送入北京。革了熊廷弼经略的职务，命令他回到原籍去，听候处理[9]。这样，辽地的守军失去了指挥的能力，这是原因之一。
明廷命令王在晋为兵部尚书兼都察院右副都御史，经略辽东。王在晋到关以后，认为过去清河、抚顺的失败在于守将轻敌，三路丧师在于统兵将帅轻进，广宁失守在于边将轻易出战。曾说：初坏(即抚顺、清河失守)辽东已经成了“危局”，再坏(即开原、铁岭失守)辽东已经成了“败局”，三坏(失掉沈阳、辽阳)辽地成了“残局”，四坏(失了广宁)，全局都捐弃没了，没有局面可布置了[10]。同时，他又错误地认为，辽地人民畏惧qiáng敌，生来都习惯于散漫，不能吃苦耐劳。辽人若是当兵，不是跑，就是投降等[11]。基于这种认识，尽管山海关内外还有主客官兵六万九千四百多名，新招集的辽兵也有五千六百多人，觉华岛(今辽宁省兴城县南jú花岛)游击金冠还有水兵一千二百七十多名，祖大寿统率的辽兵有八百七十多名。王在晋仍然认为不能动，决定全年修理兵器、制造战具，等元气恢复了，兵力集中，粮食充足，明年可以找机会袭击广宁。在王在晋的这种思想指导下，明关东边塞拥兵七万多人，竟没有派出一队兵卒到右屯卫去主动破坏努尔哈赤的运粮行动，这是原因之二。
王在晋用兵的原则是，没有恢复全辽的力量，不可去恢复广宁，没有具备消灭努尔哈赤八旗兵的力量，不可以去恢复全辽。因此，当前只有守住山海关，不可前进一步[12]。天启二年(公元1622年，天命七年)五月，后金已经进入辽沈一年多了，诸事都已经有了头绪，王在晋还象做梦似地议论说：辽阳不过是努尔哈赤的新居，是个“浮寓”(即临时住所)而已。东有毛文龙牵制其尾，西有蒙古各部控制其头，努尔哈赤必然guī缩起来，以求得自己存身罢了。我军可以乘此机会，进行整顿，并认为明军出山海关三百里既没有谷物可吃，又没有田地可耕。后金军前进没有粮饷，后退没有米食，必然会抛弃广宁，只有明金双方据辽河而守，因此，王在晋在前屯、宁远一带既不派兵驻守，也不命令军士去收取遗失的器械，而是乞求蒙古各部挖掘辽人逃跑时丢弃在各个村屯的窖藏，运到山海关前，再用布匹与蒙古各部jiāo换[13]。宁远城中的卷案、册籍、铜斤、大pào都没有动，而王在晋既不敢派兵驻守，也不敢前去搬运，都是蒙古各部运送到关前，甚至连樵采、烧造砖瓦等杂役，也依赖蒙古各部[14]。王在晋死守关城、坐待时机，是明不派兵骚扰努尔哈赤运粮行动的原因之三。
王在晋守辽三个月以后，感到坐在关上也不放心，长城不一定可靠，于是他又请求在八里铺(今秦皇岛市东北“八里堡”)再筑一个城，宣称建这个城有十二便[15]。就这样，王在晋守辽近八个月，费金多达百万，恢复失地仅有八里，被当时的人当作笑柄，朝廷大臣有时议起这件事来，无不“哄然”[16]，这是王在晋不派兵扰害努尔哈赤运粮行动的原因之四。
然而，王在晋也并不是一件好事也没做，他的功绩在于使用了旧臣王象乾，联合蒙古各部，牵制了后金，使努尔哈赤没有能够得到西部蒙古的帮助，不敢轻易的举兵西进。但从王在晋守辽的全局来说，尽管皇帝认为他是“熟谙韬钤”的人物，实际上他拙于战守是一目了然的。时间过了不久，明廷的阁臣孙承宗巡边，到了中前所，观察了山川形势，认为宁远、觉华岛是天护重关，不能不守，他力劝王在晋发兵驻守宁远、前屯等地。王在晋执意不肯，孙承宗与王在晋谈了七昼夜，说得口千舌燥，王在晋仍无动于衷，guī缩不前。孙阁部毫无办法，只好把王在晋守边的情况向皇上报告。皇帝听了大吃一惊，便借王在晋生病之机，下旨召还。天启二年(公元1622年，天命七年)七月，王在晋接到圣旨以后，竟说：臣见了圣旨，望西遥拜，喜出望外。自从有了辽事以来，守边的大将死的作了沙场的鬼，活着的逮捕成了“缧绁”之囚，我幸而安全得归啊![17]。